DNA fingerprinting of eucalyptus clones using microsatellite markers
DOI:
https://doi.org/10.14456/tjg.2010.10Keywords:
eucalyptus, microsatellite markers, duplex PCRAbstract
Microsatellite marker was used to verify eucalyptus clones. Thirty nine primer pairs were selected. Twenty eight primer pairs could amplify DNA in which 18 of them showed polymorphic band pattern among 25 eucalyptus clones. One hundred and fifty-two distinct DNA bands were scored and calculated for the genetic similarity and cluster analysis using simple matching and unweighed pair group method using arithmetic average (UPGMA). From the phylogenetic tree, these eucalyptus clones were divided into four clusters. Two sets of primer pairs, namely EMBRA 2 and EMBRA 22, EMBRA 2 and EMBRA 63, EMBRA 22 and EMBRA 69 or EMBRA 63 and EMBRA 69 were combined and able to simultaneously amplify DNA in a duplex PCR reaction which made fingerprinting of eucalyptus clones easier and less expensive.
References
กรมป่าไม้. 2542. ยูคาลิปตัส คามาลดูเลนซิส. พิมพ์ครั้งที่ 3. ส่วนปลูกป่าภาคเอกชน สำนักส่งเสริมการปลูกป่า กรมป่าไม้.
เกษมสุข เกษสกุล. 2533. ยูคาลิปตัสพันธุ์ไม้เศรษฐกิจที่มีค่าทั้งปัจจุบันและอนาคต. กองอนุรักษ์ต้นน้ำ กรมป่าไม้ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์, กรุงเทพฯ.
ฐิติพร สายมณี. 2551. การวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของ Eucalyptus camaldulensis โดยใช้เครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์. วิทยานิพนธ์ปริญญาโท, มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
นฤมล ธนานันต์. 2547. การตรวจสอบยูคาลิปตัสด้วยเครื่องหมายดีเอ็นเอและการถ่ายยีน HAL2 เข้าสู่ยูคาลิปตัสลูกผสม Eucalyptus camaldulensis x Eucalyptus tereticornis. วิทยานิพนธ์ปริญญาเอก, มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์.
สมคิด สิริพัฒนดิลก และ สุธีร์ ดวงใจ. 2543. การปรับปรุงผลผลิตเนื้อไม้ยูคาลิปตัสโดยการสร้างลูกผสม. ภาควิชาชีววิทยาป่าไม้ คณะวนศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์.
Agrawal, G.R., Pandey, R.N. and Agrawal, V.P.A. 1992. Isolation of DNA from Choerospondias asillaris. Biotech Biodiv Lett 2: 19-24.
Benbouza, H., Jacquemin, J.M., Baudoin, J.P. and Mergeai, G. 2006. Optimization of a reliable, fast, cheap and sensitive silver staining method to detect SSR marker in polyacrylamide gels. Biotechnol Agron Soc Environ 10: 77-81.
Brondani, R.P.V., Brondani, C., Tarchini, R. and Grattapaglia, D. 1998. Development, characterization and mapping of microsatellite markers in Eucalyptus grandis and E. urophilla. Theor Appl Genet 97: 816-827.
Brondani, R.P.V., Brondani, C., Tarchini, R. and Grattapaglia, D. 2002. Towards a genus-wide reference linkage map for Eucalyptus based exclusively on highly informative microsatellite markers. Mol Genet Genomics 267: 338-347.
Clauss, M.J., Cobban, H. and Mitchell-Olds, T. 2002. Cross-species microsatellite markers for elucidating population structure in Arabidopsis and Arabis (Brassicaeae). Mol Ecol 11: 591-601.
Grattapaglia, D., Ribeiro, V.J. and Rezende, G.D.S.P. 2004. Retrospective selection of elite parent trees using paternity testing with microsatellite markers: an alternative short term breeding tactic for Eucalyptus. Theor Appl Genet 109: 192-199.
Juillet, N., Freymond, H., Degen, L. and Goudet, J. 2003. Isolation and characterization of highly polymorphic microsatellite loci in the bladder campion, Silene vulgaris (Caryophyllaceae). Mol Ecol Notes 3: 358-359.
Kirst, M., Cordiero, C.M., Rezende, G.D.S.P. and Grattapaglia, D. 2005. Power of microsatellite markers for fingerprinting and parentage analysis in Eucalyptus grandis breeding populations. J Hered 96: 161-166.
Ottewell, K.M., Donnellan, S.C., Moran, G.F. and Paton, D.C. 2005. Multiplexed microsatellite markers for the genetic analysis of Eucalyptus leucoxylon (Myrtaceae) and their utility for ecological and breeding studies in other Eucalyptus species. J Hered 96: 445-451.
Rocha, R.B., Abad, J.I.M., Pires, I.E. and Araujo, E.F. 2002. Fingerprint and genetic diversity analysis of Eucalyptus spp. genotypes using RAPD and SSR markers. Scientia Forestalis 62: 24-31.
Santos, K.L., Welter, L.J., Dantas, A.C., Guerra, M.P., Ducroquet, J.P. and Nodari, R.O. 2007. Transference of microsatellite markers from Eucalyptus spp. to Acca sellowiana and the successful use of this technique in genetic characterization. Genet Mol Biol 30: 73-79.
Sneath, P.H.A. and Sokal, R. R. 1973. Numerical Taxonomy. W. H. Freeman and Company,
San Francisco.
Soliva, M., Gautshi, B., Salzmann, C., Tenzer, I. and Widmer, A. 2000. Isolation and characterization of microsatellite loci in the orchid Ophyrus araneola (Orchidaceae) and a test cross-species amplification. Mol Ecol 9: 2178-2179.
Steane, D.A., Vaillancourt, R.E., Russell, J., Powell, W., MarShall, D. and Potts, B.M. 2001. Development and characterisation of microsatellite loci in Eucalyptus globulus (Myrtaceae). Silvae Genetica 50: 89-91.
Yu, K., Park, S.J. and Poysa, V. 1999. Abundance and variation of microsatellite DNA sequence in beans (Phaseolus and Vigna). Genome 42: 27-34.
Zucchi, M.I., Brondani, R.P.V., Pinheiro, J.B., Brondani, C. and Vencovsky, R. 2002. Transferability of microsatellite markers from Eucalyptus spp. to Eugenia dysenterica (Myrtaceae family). Mol Ecol Notes 2: 512-513.
