Genetic diversity of edible galanga (Alpinia spp.) using AFLP technique
DOI:
https://doi.org/10.14456/tjg.2010.12Keywords:
galanga, Alpinia spp., AFLP, genetic diversityAbstract
Genetic diversity of 30 galanga (Alpinia spp.) accessions in Thailand was assessed using amplified fragment length polymorphism (AFLP) technique. Fifteen EcoRI-MseI primer combinations were used and 403 DNA bands/markers were produced. Two hundreds and sixty-four markers (65.51 %) were polymorphic. Polymorphic information contents (PICs) ranged from 0.00-0.50, with an average of 0.18. Phylogenetic tree was constructed using unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA). All galanga samples could be classified into 3 major clusters. Principal coordinate analysis (PCoA) was also performed and the result was rather consistent with phylogenetic analysis. The values of similarity coefficient varied from 0.56 to 0.97, with a mean of 0.81. This background genetic information will be useful to galanga improvement project in the future.
References
กฤษณา วงค์ปัญญา. 2548. การจำแนกสายพันธุ์ข่าโดยเทคนิคเอเอฟแอลพี. วิทยานิพนธ์ปริญญาโท, มหาวิทยาลัยเชียงใหม่.
ชยันต์ พิเชียรสุนทร แม้นมาส ชวลิตร และ วิเชียร จีรวงส์. 2544. ตำราพระโอสถพระนารายณ์ สำนักพิมพ์อมรินทร์ กรุงเทพฯ.
เดชา ศิริภัทรง. 2546. สมุนไพรจากครัวไทย. สำนักพิมพ์หมอชาวบ้าน กรุงเทพฯ.
รุ่งรัตน์ เหลืองนทีเทพ. 2540. พืชเครื่องเทศและสมุนไพร. โอ.เอส.พริ้นติ้ง เฮ้าส์ กรุงเทพฯ.
สุพจน์ คิลานเภสัช. 2543. สมุนไพรเครื่องเทศและพืชปรุงแต่งกลิ่นรส. สำนักพิมพ์ประพันธ์สาร์น จำกัด กรุงเทพฯ.
สุรินทร์ ปิยะโชคณากุล. 2545. จีโนมและเครื่องหมายดีเอ็นเอ: ปฏิบัติการอาร์เอพีดีและเอเอฟแอลพี. สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ กรุงเทพฯ.
อุไร จิรมงคลการ. 2547. ผักพื้นบ้าน เล่ม 1. สำนักพิมพ์บ้านและสวน กรุงเทพฯ.
Agrawal, G.K., Pandey, R.N. and Agrawal, V.P. 1992. Isolation of DNA from Choerospondias asillaris leaves. Biotech Biodiv Lett 2: 19-24.
Blum, B., Beter, H. and Gross, H. 1987. Improved silver staining of plant proteins, RNA and DNA in polyacrylamide gels. Electrophoresis 8: 93-99.
Efron, B. 1979. Bootstrap methods: another look at the jackknife. Annual Stat 7: 1-26.
Itokawa, H., Morita, H., Sumitomo, T., Totsuka, N. and Takeya, K. 1987. Antitumour principles from Alpinia galangal. Planta Med 54: 32-33.
Jaccard, P. 1908. Nouvelles recherches sur la distribution florale. Bull Soc Vandoise des Sci Nat 44: 223-270.
Janssen, A.M. and Scheffer, J.I.C. 1985. Acetoxychavicol acetate an antifungal component of Alpinia galanga. Planta Med 51: 507-511.
Lee, C.C. and Houghton, P. 2005. Cytotoxicity of plants from Malaysia and Thailand used traditionally to treat cancer. J Ethnopharmacol 100: 237-243.
Rohlf, F.J. 2005. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System 2.2 ed. Exeter Software. Setauket, New York.
Saensouk, S. 2006. Taxonomy and Biology of the Genus Alpinia Roxb. (Zingiberaceae) in Thailand. Ph.D. Thesis, Khon Kaen University.
Saritnum, O. and Sruamsiri, P. 2003. Random amplified polymorphic DNA analysis of galangal (Alpinia spp.) accessions. CMU J 2: 159-164.
Sirithunya, P., Roumn, E., Mongkolsamrit, S., Sriprakhon, S., Hutamekalin, P., Mayteeworakoon, S. and Sreewongchai, T. 2001. Molecular Genetic Analysis of Diversity of Blast
Pathogen in Thailand. Yothee Laboratory Unit, Bangkok.
Vos, P., Hogers, R., Bleeker, M., Reijans, M., van de Lee, T., Hornes, M., Frijters, A., Pot, J., Peleman ,J., Kuiper, M. and Zabeau, M. 1995. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucl Acids Res 23: 4407-4414.
