Microsatellite markers development and the confirmation test based on parentage analysis in Macrobrachium rosenbergii (DE MAN, 1879)
DOI:
https://doi.org/10.14456/tjg.2010.6Keywords:
Macrobrachium rosenbergii, microsatellite marker, confirmation test, parentage analysisAbstract
Fifteen microsatellite markers in Macrobrachium rosenbergii were developed from 2 oligonucleotides, (AG)10 and (TG)10, which were used as probes in enrichment process. Three types of the repeat motifs including perfect, imperfect and compound repeats were found. All 15 microsatellite primers were tested and optimized for the best reaction in PCR process. Genetic diversity data of the 15 loci, including allele number (Na = 3–11), observed heterozygosity (Ho = 0.4444–0.9444) and expected heterozygosity (He = 0.5381–0.9190), were reported by the analysis with a number of 18 Macrobrachium rosenbergii individuals from hatchery stock. Of the 15 loci, 4 loci were significantly different from Hardy-Weinberg equilibrium (PHWE<0.05) as heterozygote deficiency, which would be very commonly found in hatchery stocks. From a confirmation test based on analyses of 9 father-mother-offspring Macrobrachium rosenbergii families, the “Principle of Segregation” of Mendel was proved to be true for the 15 microsatellite loci. This makes all the 15 microsatellite loci become highly reliable and suitable to be utilized for any further purposes.
References
บุญเสริม วิทยชำนาญกุล สุภัค เล้าอรุณ อัญชลี ทัศนาขจร กัลยาณ์ ศรีธัญญลักษณา และ Gary Nash. 2547. การนำ microsatellite markers ไปใช้ในการคัดเลือกสายพันธุ์กุ้งกุลาดำ. ใน: รายงานการประชุมวิชาการกุ้งทะเลแห่งชาติ ครั้งที่ 5. โรงแรมมิราเคิลแกรนด์คอนเวนชั่น กรุงเทพฯ. 29-30 มีนาคม 2547. หน้า 132.
ศรีรัตน์ สอดศุข. 2547. การวิเคราะห์ความเป็นพ่อแม่ลูกของกุ้งกุลาดำโดยใช้เครื่องหมายพันธุกรรมไมโครแซททัลไลท์. เอกสารวิชาการฉบับที่ 2/2547 สถาบันวิจัยและพัฒนาพันธุกรรมสัตว์น้ำ กรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์.
ศรีรัตน์ สอดศุข และ พนม กระจ่างพจน์ สอดศุข. 2548. การพัฒนาเครื่องหมายพันธุกรรมไมโครแซททัลไลท์ในปูทะเล. เอกสารวิชาการฉบับที่ 1/2548 สถาบันวิจัยและพัฒนาพันธุกรรมสัตว์น้ำ กรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์.
สมพงษ์ สุวรรณทศ. 2546. กลวิธีการเพาะและอนุบาลลูกกุ้งก้ามกรามในประเทศไทย. เอกสารแนะนำ กรมประมง.
วัฒนะ ลีลาภัทร. 2553. การผลิตกุ้งก้ามกรามปลอดโรคไวรัส Macrobrachium rosenbergii Noda และ Extra small virus. Available Source: http://www.arda.or.th/pdf/BIOSECURITY.pdf (28 December 2010).
Allendorf, F.W. and Ryman, N. 1987. Genetic management of hatchery stocks. In: N. Ryman and F. Utter (eds.). Population Genetics and Fisheries Management. University of Washington Press, Seattle. pp. 141-159.
Auburn. 2010. Microsatellites. The Fish Molecular Genetics and Biotechnology Laboratory. Available Source: http://www.auburn.edu/academic/agriculture/fisheries/genomics/ FISH7660%202006/14.%20Marking%20the%20genome-microsatellites.pdf (16 June 2010).
Bhassu, S., See, L.M., Hassan, R., Siraj, S.S. and Tan, S.G. 2008. Isolation and characterization of microsatellite loci in the Malaysian giant freshwater prawn, Macrobrachium rosenbergii. Mol Ecol Res 8: 983-985.
Bhat, S., Patel, A., Das, P., Meher, P.K., Pillai, B.R. and Jayasankar, P. 2009. Isolation and characterization of microsatellite loci in giant freshwater prawn, Macrobrachium rosenbergii. Conserv Genet 10: 1473-1475.
Botstein, D., White R.L., Skolnick, M. and Davis, R.W. 1980. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am J Hum Genet 32: 314-331.
Chand, V., de Bruyn, M. and Mather, P.B. 2005. Microsatellite loci in the eastern form of the giant freshwater prawn (Macrobrachium rosenbergii). Mol Ecol Notes 5: 308-310.
Charoentawee, K., Poompuang, S. and Na-Nakorn, U. 2006. Isolation and characterization of microsatellites in giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii. Mol Ecol Notes 6: 823-825.
Charoentawee, K., Poompuang, S., Na-Nakorn, U. and Kamonrat, W. 2007. Genetic diversity of hatchery stocks of giant freshwater prawn (Macrobrachium resenbergii) in Thailand. Aquaculture 271: 121-129.
Divu, D., Karunasagar, I. and Karunasagar, I. 2008a. Microsatellite DNA markers in the giant freshwater prawn, Macrobrachium rosenbergii: a tool for genetic analysis. Mol Ecol Res 8: 1040-1042.
Divu, D., Khushiramani, R., Malathi, S., Karunasagar, I. and Karunasagar, I. 2008b. Isolation, characterization and evaluation of microsatellite DNA markers in giant freshwater prawn, Macrobrachium rosenbergii, from South India. Aquaculture 284: 281-284.
Goudet, J. 1995. Fstat version 1.2: a computer program to calculate Fstatistics. J Hered 86: 485-486.
ITIS. 2010. Macrobrachium rosenbergii (DE MAN, 1879). ITIS Report. Available Source:
http://www.itis.gov/servlet/SingleRpt/SingleRpt?search_topic=TSN&search_value=96343& (25 February 2010).
Liu, Z.J. and Cordes, J.F. 2004. DNA marker technologies and their applications in aquaculture genetics. Aquaculture 238: 1-37.
SAS Institute Inc. 2000. SAS OnlineDoc, Version 8. SAS Institute Inc., Cary, NC. USA.
See, L.M., Tan, S.G. and Hassan, R. 2009. Development of microsatellite markers from an enriched genomic library for the genetic analysis of the Malaysian giant freshwater prawn, Macrobrachium rosenbergii. Biochem Genet 47: 722-726.
Tassanakajon, A., Tiptawonnukul, A., Supangul, P. and Rimphanitchayakit, V. 1998. Isolation and characterization of microsatellite markers in the black tiger prawn Penaeus monodon. Mol Mar Biol Biotechnol 7: 55-61.
Wuthisuthimethavee, S., Lumubol, P., Vanavichit, A. and Tragoonrung, S. 2003. Development of microsatellite markers in black tiger shrimp (Penaeus monodon Fabricius). Aquaculture 224: 39-50.
