Study of genetic diversity of Thai native buffaloes using mitochondrial DNA marker
DOI:
https://doi.org/10.14456/tjg.2010.3Keywords:
genetic diversity, Thai native buffalo, mitochondrial DNAAbstract
The aim of this study was to study diversity and genetic classification of Thai native buffaloes using mitochondrial DNA marker. From 165 buffaloes of 6 different habitats of Thailand represented by Chaingrai (C, n=30), Khon Kaen (K, n=39), Surin (S, n=29), Uthaithani (U, n=26), Nakhon Si Thammarat (N, n=17) and Trang province (T, n=24), 300 bp fragments of mtDNA (D-loop) were successfully amplified. Analysis of mtDNA (D-loop) sequences revealed 7 different haplotypes resulting from 32 polymorphic sites and one insertion-deletion. This result showed that Thai native buffaloes have flourishing of genetic diversity. The phylogenetic tree analysis from Nei’s genetic distance and characteristics of habitat revealed that Thai native buffaloes could be classified into 3 groups: (1) mountain buffalo: the Chiangrai native buffaloes, (2) ocean buffalo: the Trang native buffaloes, and (3) river basin buffalo: the Khon Kaen, Surin, Uthaithani, Nakhon Si Thammarat native buffaloes. The analysis of genetic structure showed moderate genetic differentiation between six groups (Gst = 0.257). The information generated by this study will greatly aid in the establishment of effective breeding programs and conservation genetics of Thai native buffaloes.
References
กิตติ กุบแก้ว และ มนต์ชัย ดวงจินดา. 2553. การศึกษาความหลากหลายและการจำแนกกลุ่ม พันธุกรรมของกระบือไทยในพื้นที่ลุ่มน้ำโขงจากข้อมูลไมโครแซทเทิลไลท์. วารสารแก่นเกษตร มข. 38: 65-76.
จินตนา อินทรมงคล. 2548. กระบือไทยเพื่อการพัฒนาอย่างยั่งยืน. กองบำรุงพันธุ์สัตว์ กรมปศุสัตว์ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์.
ประสบ บูรณมานัส. 2520. กระบือ (Bos bubalis). สำนักพิมพ์ ไทยวัฒนาพานิช จำกัด. กรุงเทพฯ.
วิสุทธิ์ ใบไม้. 2538. สถานภาพความหลากหลายทางชีวภาพในประเทศไทย. สำนักกองทุนสนับสนุนการวิจัย. กรุงเทพฯ.
สุทธิพงศ์ อุริยะพงศ์สรรค์. 2545. การเพิ่มประสิทธิภาพการผลิตกระบือ. วารสารวิจัย มข. 4: 5-7.
อลงกลด แทนออมทอง และ เรืองวิทย์ บรรจงรัตน์. 2543. แนวทางการศึกษาความหลากหลายทาง ชีวภาพของสุกรพื้นเมืองไทย. วารสารสัตวบาล. 10: 18-22.
Amano, T., Miyakoshi, Y., Takada, T., Kikkawa, Y. and Suzuki, H. 1994. Genetic variants of ribosomal DNA and mitochondrial DNA between swamp and river buffaloes. J. Anim. Genet. 25: 29-36.
Goodwin, W., Adrian, L. and Sibte, H. 2007. An Introduction to Forensic Genetics. John Wiley & Sons, Oxford.
Groeneveld, L.F., Lenstra, J.A., Eding, H., Toro, M.A., Scherf, B., Pilling, D., Negrini, R., Finlay, E.K., Jianlin, H., Groeneveld, E., Weigend, S. and The GLOBALDIV Consortium. 2010. Genetic diversity in farm animals – a review. J. Anim. Genet. 41: 6-31.
Kim, E., Cheong, H.S., Bae, J. S., Chun, J., Park, T.J., Lee, K., Yun, Y. and Shin, H.D. 2010. Identification of genetic polymorphisms in bovine mitochondrial deoxyribonucleic acid. J. Anim Sci. 88: 2551-2555.
Lau, G. H., Drinkwate, R.D., Yusoff, K., Tan, S.G.D., Hetzel, J.S. and Barker, J.S.F. 1998. Genetic diversity of Asian water buffalo (Bubalus bubulis): mitochondrial DNA D-loop and cytochrome b sequence variation. Anim. Genet. 29: 253-264.
Nei, M. 1978. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics 89: 583-590.
Parfitt, S. C. and Huismans, H.H. 1998. Mitochondrial DNA analysis of two Southern African indigenous cattle breeds. J. Anim Sci 28: 67-73.
Vincze, T., Posfai, J. and Roberts, R.J. 2003. NEBcutter: a program to cleave DNA with restriction enzymes. Nucleic Acids Res. 31: 3688-3691.
Zhang, G X., Chen, W., Xue, M., Wang, Z., Chang, H., and Han, X. 2008. Analysis of genetic diversity and population structure of Chinese yak breeds (Bos grunniens) using
microsatellite marker. J Genet Genomics 35: 233-238.
