การเปรียบเทียบการแสดงออกของยีนในดอกอ่อนตัวผู้และดอกอ่อนตัวเมียในสบู่ดำ (Jatropha curcas L.) โดยใช้เทคนิค cDNA-AFLP
DOI:
https://doi.org/10.14456/tjg.2014.22Keywords:
DNA marker, flower developmentAbstract
เพื่อค้นหายีนที่มีการแสดงออกที่ต่างกันในดอกเพศผู้ ดอกเพศเมีย ที่ไม่แสดงออกในยอดอ่อนหรือใบของสบู่ดำ วิธี cDNA-AFLP ได้ถูกนำมาใช้ โดยทำการตัดด้วยเอนไซม์ EcoRI และ MseI และใช้ 64 คู่ไพรเมอร์ พบว่าสามารถให้ชิ้นดีเอ็นเอที่ชัดเจนและทำซ้ำได้เหมือนเดิมจำนวน 41 คู่ไพรเมอร์ โดยให้ชิ้นดีเอ็นเอ (transcript derived fragment-TDF)ทั้งหมด 730 ชิ้น โดยแบ่งเป็น TDFs ที่พบเฉพาะในใบอ่อนจำนวน 367 ชิ้น ที่พบเฉพาะในยอดอ่อนคือ 357 ชิ้น ที่พบเฉพาะในดอกอ่อนเพศผู้ 106 ชิ้น และที่พบเฉพาะในดอกอ่อนเพศเมียคือ 67 ชิ้น โดยเฉลี่ยแล้วจะพบ 17.8 TDFs ต่อ 1 คู่ไพรเมอร์ ไพรเมอร์ A4C (M-CAT/E-AAC) เป็นคู่ไพรเมอร์ที่ให้ TDFs มากที่สุดคือ 30 ชิ้น ส่วนไพรเมอร์คู่ A3C (M-CAG/E-AAC) ให้ TDFs น้อยที่สุดคือ 9 ชิ้น เมื่อตัดชิ้นดีเอ็นเอที่แตกต่างระหว่างดอกเพศผู้และเพศเมียไปหาลำดับเบสและค้นหาใน Expressed sequence tags database พบว่าเป็น TDFs ที่เกี่ยวข้องกับการสร้างดอกในดอก tomatillo (Physalis philadelphica) และโสมตังกุย (Angelica sinensis) แต่ในสบู่ดำเป็น TDFs ที่เกี่ยวข้องกับการสร้างเมล็ด นอกจากนี้ยังพบ TDFs ที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการอื่น ๆ ของพืชด้วย
References
Bachem C.W.B, Van der Hoeven R.S, Bruijn S.M, Vreugdenhil D, Zabeau M, Visser R.G.F (1996) Visualization of differential gene expression using a novel method of RNA fingerprinting based on AFLP; analysis of gene expression during potato tuber development. Plant J. 9:745-753.
Makkar H. P. S, Becker K, Sporer F, Wink M (1997) Studies on Nutritive Potential and Toxic Constituents of Different Provenances of Jatropha curcas. J. Agric. Food Chem. 45: 3152-3157.
Gübitz G.M, Mittelbach M, Trabic M (1999) Exploitation of the tropical oil seed plant Jatropha curcas L. Bioresource Technol. 67: 73-82.
Openshaw K (2000) A review of Jatropha curcas: an oil plant of unfulfilled promise. Biomass Bioenerg. 19: 1-15.
Baryeh Edward A (2001) Effects of palm oil processing parameters on yield. J. Food Eng. 48: 1-6.
Sambrook J, Russell DW (2001) Molecular Cloning: A laboratory manual, 3rd ed, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
Augustusa G.D.P.S, Jayabalan M, Seilerb G.J (2002) Evaluation and bioinduction of energy components of Jatropha curcas. Biomass Bioenerg. 23: 161 – 164.
Mao C, Yi K, Yang L, Zheng B, Wu Y, Liu F, Wu P (2004) Identification of aluminium-regulated genes by cDNA-AFLP in rice (Oryza sativa L) aluminium-regulated genes for the metabolism of cell wall components. J. Exp. Bot. 55:137-143.
Leymarie J, Bruneaux E, Gibot-Leclerc S, Corbineau F (2007) Identification of transcripts potentially involved in barley seed germination and dormancy using cDNA-AFLP. J. Exp. Bot. 58: 425–437.
Achtena W.M.J, Verchotb L, Frankenc Y.J, Mathijs E., Singhe V.P, Aertsa R, Muysa B (2008) Jatropha biodiesel production and use. Biomass Bioenerg. 32: 1063–1084.
King A.J, He W, Cuevas Jesus A, Freudenberger M, Ramiaramanana D, Graham Ian A (2009) Potential of Jatropha curcas as a source of renewable oil and animal feed. J. Exp. Bot. 60: 2897–2905.
Causier B, Schwarz-Sommerb Z, Daviesa B (2010) Floral organ identity: 20 years of ABCs. Sem. Cell Dev. Biol. 21: 73–79.
Alvarez-Buyllaa E.R, Azpeitiaa E, Barriob R, Benteza M, Padilla-Longoriac P (2010). From ABC genes to regulatory networks, epigenetic landscapes and flower morphogenesis: Making biological sense of theoretical approaches. Sem. Cell Dev. Biol. 21: 108–117.
Yu G, Duan J, Yan H, Song B, He Z (2011) cDNA-AFLP analysis of gene expression differences between the flower bud and sprout-shoot apical meristem of Angelica sinensis (Oliv.) Diels. Genet. Mol. Biol. 34: 274-279.
Negussie A, M Wouter, Achten J, Verbiven Hans A. F, Hermy M, Muys B (2014) Floral display and effects of natural and artificial pollination on fruiting and seed yield of the tropical biofuel crop Jatropha curcas L. GCB Bioenergy 6: 210–218.
