การจัดจำแนกกล้วยไม้สกุลกุหลาบด้วยเทคนิคพีซีอาร์-อาร์เอฟแอลพีบริเวณดีเอ็นเอในคลอโรพลาสต์ (Identification of Aerides orchids using polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) based on chloroplast DNA)

Abstract

Identification of 7 Aerides species using polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism (PCR-PFLP) of 2 chloroplast DNA regions revealed that 5 out of 14 restriction enzymes could digest DNA in psbA-trnH intergenic spacer region; however, only the EcoRI could give polymorphism. On the other hand, total of 7 enzymes could digest DNA in trnL-trnF region, while only 6 enzymes could reveal polymorphism. The total of 52 bands ranging between 100–1,200 bp were scored. The similarity index in interspecific level ranged from 0.481 to 1.000. Cluster analysis using unweighted pair group method with arithmetic average (UPGMA) algorithm produced a dendrogram with 2 main clusters of Aerides which was in good agreement with their morphology and distribution data.

บทคัดย่อ

การจัดจำแนกกล้วยไม้สกุลกุหลาบ 7 ชนิด ด้วยเทคนิคพีซีอาร์-อาร์เอฟแอลพีในบริเวณดีเอ็นเอของคลอโรพลาสต์ 2 บริเวณ พบว่าจากเอนไซม์ตัดจำเพาะ 14 ชนิด มีเอนไซม์ที่สามารถตัดชิ้นส่วนดีเอ็นเอบริเวณระหว่างยีน psbA-trnH ได้ 5 ชนิด โดยที่เอนไซม์ EcoRI สามารถตัดและทำให้เกิดความแตกต่างในแต่ละตัวอย่างได้ ขณะที่มีเอนไซม์ตัดจำเพาะ 7 ชนิดที่สามารถตัดชิ้นส่วนดีเอ็นเอบริเวณอินทรอนของ trnL ร่วมกับบริเวณระหว่างยีน trnL-F ได้ โดยมีเอนไซม์ 6 ชนิดที่สามารถตัดและเกิดรูปแบบดีเอ็นเอที่แตกต่างกัน เมื่อทำการวิเคราะห์พบว่ามีชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่เกิดจากการตัดทั้งหมด 52 แถบ ซึ่งมีขนาดอยู่ระหว่าง 100 ถึง 1,200 คู่เบส และมีค่าดัชนีความเหมือนระหว่างชนิดอยู่ระหว่าง 0.481 ถึง 0.962 จากนั้นเมื่อนำมาวิเคราะห์สายสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการแบบ UPGMA พบว่าสามารถแยกกล้วยไม้สกุลกุหลาบออกได้เป็น 2 กลุ่มใหญ่ ซึ่งสอดคล้องกับลักษณะทางสัณฐานวิทยาและการกระจายพันธุ์ด้วย