ระดับความแปรปรวนทางพันธุกรรมประชากรปลาเลียหินในลำน้ำย่าง (ลำน้ำสาขาแม่น้ำน่าน) กรณีศึกษาน้ำตกศิลาเพชร จ.น่าน
คำสำคัญ:
ปลาเลียหิน, พันธุกรรม, ไมโครแซทเทลไลท์, ลำน้ำย่าง, แม่น้ำน่านบทคัดย่อ
การศึกษาระดับความแปรปรวนทางพันธุกรรมของปลาเลียหินในลำน้ำย่างเกิดจากข้อสังเกตที่พบปลาเลียหินในน้ำตกศิลาเพชรมีขนาดเล็กกว่าลำน้ำอื่นและคาดว่าเป็นผลจากพันธุกรรมเนื่องจากประชากรที่อยู่ในพื้นที่จำกัดอาจมีประชากรขนาดเล็กส่งผลให้เกิดเลือดชิดอาจจะแสดงออกมาในลักษณะของการถดถอยทางพันธุกรรมซึ่งการมีขนาดตัวที่เล็กของปลาเป็นลักษณะหนึ่งที่อาจสะท้อนถึงการมีเลือดชิดในประชากร การศึกษานี้จึงวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของปลาเลียหินจาก 3 จุดรวบรวมตัวอย่าง ได้แก่ น้ำตกศิลาเพชร บ้านดอนมูล และบ้านยู้ ซึ่งเป็นเส้นทางที่ลำน้ำย่างไหลผ่านก่อนบรรจบกับแม่น้ำน่าน โดยใช้ไมโครแซทเทลไลท์ดีเอ็นเอ 5 ตำแหน่ง ผลการศึกษาพบความหลากหลายทางพันธุกรรมภายในของปลาทั้ง 3 กลุ่มไม่ต่างกัน (p>0.05) ค่า Effective population size (Ne) ของทั้ง 3 กลุ่มตัวอย่างมีขนาดใหญ่และไม่พบสภาวะคอขวดในทุกกลุ่ม พบความแตกต่างทางพันธุกรรมของกลุ่มตัวอย่าง (ค่า Global FST = 0.01189; AMOVA, p=0.01466) ระยะห่างทางพันธุกรรมมากที่สุดระหว่างน้ำตกศิลาเพชรกับบ้านดอนมูล มีค่าเท่ากับ 0.241 เช่นเดียวกับค่า pairwise FST พบความต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติระหว่างกลุ่มตัวอย่างนี้ ผลการจัดกลุ่มและการถ่ายเทยีนพบสมาชิกของทั้ง 3 กลุ่มมีการปะปนในระดับ พันธุกรรมและไม่แยกออกจากกัน พบความสัมพันธ์ระหว่างความต่างทางพันธุกรรมระหว่างประชากรกับระดับเครือข่ายแม่น้ำ (stream tree) R2 = 0.728 แสดงถึงอิทธิพลของโครงข่ายแหล่งน้ำมีผลต่อความแปรปรวนทางพันธุกรรม
References
Aljanabi, S.M. and Martinez, I. 1997. Universal and rapid salt-extraction of high quality genomic DNA for PCR-based techniques. Nucleic Acids Research 25(2): 4692-4693.
Barson, N.J., Cable, J. and Van Oosterhout, C. 2009. Population genetic analysis of microsatellite variation of guppies (Poecilia reticulata) in Trinidad and Tobago: evidence for a dynamic source-sink metapopulation structure, founder events and population bottlenecks. Evolution Biology 22: 485-497.
Do, C., Waples, R.S., Peel, D., Macbeth, G.M., Tillett, B.J. and Ovenden, J.R. 2014. NeEstimator v2: reimplementation of software for the estimation of contemporary effective population size (Ne) from genetic data. Molecular Ecology Resources 14: 209-214.
Excoffier, L., Laval, G., Schneider, S. 2005. Arlequin (version 3.0): an integrated software package for population genetics data analysis. Evolutionary Bioinformatics Online 1:47-50.
Francis, R.M. 2017. POPHELPER: an R package and web app to analyse and visualize population structure. Molecular Ecology Resources 17(1): 27-32.
Frankham, R., Ballou, J.D. and Briscoe, D.A. 2010. Introduction to conservation genetics. Cambridge, United Kingdom.
Goudet, J. 2003. FSTAT (version 2.9.4), a program (for Windows 95 and above) to estimate and test population genetics parameters. FSTAT. Available Source: http://WWW.unil.ch/popgen/softwares/fstat.htm, January 14, 2021.
Guo, S.W. and Thompson, E.A. 1992. Performing the exact test of Hardy-Weinberg proportions for multiple alleles. Biometrics 48: 361-372.
Hedrick, W.P. 2011. Genetics of Populations. Jones and Barttett Publishers, USA.
Jaisuk, C., Lothongkum, A., Keereelang, J. and Sriyam, S. 2014a. Development of microsatellite primers for genetic diversity assessment of local fishes in Nan river. Rajabhat journal of Science, Humanities & Social Sciences 15(2): 12-22. (in Thai)
Jaisuk, C., Lothongkum, A. and Wongsongkram, M. 2014b. Research Report on Evaluation of genetic variation of wild population Garra cambodgiensis in Kon River (tributary of Nan River) using microsatellite DNA markers for management and conservation. Rajamangala university of technology Lanna, Nan. (in Thai)
Jaisuk, C., Lothongkum, A. and Sriyam, S. 2015. Research Report on Genetic diversity of wild population Stone lapping minnow (Garra cambodgiensis) in the Nan River watershed using microsatellite DNA markers. Rajamangala university of technology Lanna, Nan. (in Thai)
Jaisuk, C. and Senanan, W. 2018a. Effects of physical barriers on genetic variation of populations of Stonelapping minnow, Garra cambodgiensis (Tirant, 1883), in Wa River, Nan Province, Thailand. Journal of fisheries and environment 42: 53-65.
Jaisuk, C. and Senanan, W. 2018b. Effects of landscape features on population genetic variation of a tropical stream fish, Stone lapping minnow, Garra cambodgiensis, in the upper Nan River drainage basin, northern Thailand. PeerJ 6: 1-29.
Kalinowski, S.T., Meeuwig, M.H., Narum, S.R. and Taper, M.L. 2008. Stream trees: a statistical method for mapping genetic differences between populations of freshwater organisms to the sections of streams that connect them. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 65: 2752-2760.
Kirchner, S., Weinmaier, T., Rattei, T., Sattmann, H. and Kruckenhauser, L. 2014. Characterization of 19 new microsatellite loci for the Omani barb Garra barreimiae from 454 sequences. BMC Research Notes 7: 1-6.
Leclerc, E., Mailhot, Y., Mingelbier, M. and Bernatchez, L. 2008. The landscape genetics of yellow perch (Perca flavescens) in a large fluvial ecosystem. Molecular Ecology 17: 1702-1717.
Neville, M.H., Dunham, J., Rosenberger, A., Umek, A. and Nelson, B. 2009. Influences of wildfire, Habitat Size, and Connectivity on Trout in Headwater Streams Revealed by Patterns of Genetic Diversity. Transactions of the American Fisheries Society 138: 1314-1327.
Peakall, R. and Smouse, P.E. 2006. GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes 6: 288-295.
Pe´rez-Figueroa, A., Ferna´ndez, C., Amaro, R., Hermida, M. and San Miguel, E. 2015. Population structure and effective/census population size ratio in threatened three-spined stickleback populations from an isolated river basin in northwest Spain. Genetica 143: 403-411.
Piry, S., Luikart, G. and Cornuet, J.M. 1999. BOTTLENECK: a computer program for detecting recent reductions in the effective population size using allele frequency data. Journal of Heredity 90: 502-503.
Pritchard, J.K., Stephens, M. and Donnelly, P. 2000. Inference of Population Structure Using Multilocus Genotype Data. Genetics 155: 945-959.
Rice, W.R. 1989. Analyzing tables of statistical test. Evolution 43(1): 223-225.
Rousset, F. 2008. GENEPOP’007: a complete re-implementation of the GENEPOP software for Windows and Linux. Molecular Ecology Resources 8: 103-106.
Su, W.L., Liu, Z.Z., Wang, T.C., Zhen, Z., Liu, Y.A., Tang, Q.W. and Yang, Q.J. 2013. Isolation and characterization of polymorphic microsatellite markers in the fish Garra orientalis (Oriental sucking barb). Conservation Genetics Resource 5: 231-233.
Yamamoto, S., Morita, K., Koizumi, I. and Maekawa, K. 2004. Genetic differentiation of white-spotted charr (Salvelinus leucomaenis) populations after habitat fragmentation: Spatial-temporal changes in gene frequencies. Conservation Genetics 5: 529-538.
Downloads
เผยแพร่แล้ว
How to Cite
ฉบับ
บท
License
เนื้อหาและข้อมูลในบทความที่ลงตีพิมพ์ในวารสารวิจัยมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลศรีวิชัย ถือเป็นข้อคิดเห็นและความรับผิดชอบของผู้เขียนบทความโดยตรง ซึ่งกองบรรณาธิการวารสารไม่จำเป็น ต้องเห็นด้วย หรือร่วมรับผิดชอบใดๆ
บทความ ข้อมูล เนื้อหา รูปภาพฯลฯ ที่ได้รับการตีพิมพ์ในวารสารวิจัย มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลศรีวิชัย ถือเป็นลิขสิทธ์ของวารสารวิจัย มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลศรีวิชัย หากบุคคลหรือหน่วยงานใดต้องการนำทั้งหมดหรือส่วนหนึ่งส่วนใดไปเผยแพร่ต่อหรือเพื่อการกระทำการใดๆจะต้องได้รับอนุญาตเป็นลายลักษ์อักษรจากวารสาร มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลศรีวิชัยก่อนเท่านั้น
