การคัดเลือกดีเอ็นเอแอปตาเมอร์ที่จำเพาะต่อโปรตีน CP4 EPSPS เพื่อการตรวจสอบถั่วเหลืองดัดแปลงพันธุกรรม

บทคัดย่อ

ถั่วเหลืองดัดแปลงพันธุกรรมต้านทานสารกำจัดวัชพืชไกลโฟเสท ซึ่งมียีน cp4 epsps (5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase) ที่ได้จากแบคทีเรีย Agrobacterium tumefaciens สายพันธุ์ CP4 มีการปลูกมากที่สุดในโลก การตรวจติดตามที่แม่นยำ และรวดเร็วจึงเป็นสิ่งจำเป็น เพื่อป้องกันการแพร่กระจายของพืชดัดแปลงพันธุกรรม งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อคัดเลือกดีเอ็นเอแอปตาเมอร์ที่จำเพาะต่อโปรตีน CP4 EPSPS เพื่อนำไปพัฒนาเป็นชุดตรวจสอบถั่วเหลืองดัดแปลงพันธุกรรม โดยนำลำดับกรดอะมิโนของโปรตีน CP4 EPSPS (accession No. AAL67577.1) จากถั่วเหลืองดัดแปลงพันธุกรรม มาแปลงลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนให้มีโคดอนที่เหมาะสมกับการแสดงออกในเซลล์แบคทีเรีย พบว่า โปรตีนลูกผสม CP4 EPSPSที่ผลิตได้ยังคงอิพิโทปที่สามารถทำ ปฏิกิริยากับแอนติบอดีทางการค้า จึงนำ ไปใช้เป็นแอปตาเจนในการคัดเลือกดีเอ็นเอแอปตาเมอร์ด้วยวิธี
Systematic evolution of ligands byexponential enrichment (SELEX) การทดสอบปฏิกิริยากับน้ำคั้นจากเมล็ดถั่วเหลืองดัดแปลงพันธุกรรม คัดเลือกดีเอ็นเอแอปตาเมอร์ ได้ 2 โคลน คือ AptRR-A3 และ AptRR-A5 เมื่อนำ ไปพัฒนาวิธีตรวจสอบแบบ indirect enzyme-linked aptamer assay (ELAA) พบว่า โคลน AptRR-A3ให้ค่า S/N ratio สูงที่สุด คือ 1.56 ส่วนการพัฒนาวิธี sandwich ELAA โดยใช้โคลน AptRR-A5 เป็น capture aptamer และ AptR-A3 เป็น detecting aptamer ให้ค่า S/N ratio สูงที่สุด คือ 1.64 เมื่อนำ วิธี sandwich ELAA ที่พัฒนาขึ้นไปตรวจสอบโปรตีน CP4 EPSPS ในถั่วเหลืองดัดแปลงพันธุกรรมจำนวน 3 ตัวอย่าง เปรียบเทียบกับชุดตรวจสอบทางการค้า พบว่า วิธี sandwichELAA ให้ผลที่สอดคล้องกัน แต่ยังคงต้องปรับปรุงประสิทธิภาพให้มีความไวสูงขึ้นต่อไป