ความหลากหลายทางพันธุกรรมและการจัดทำลายพิมพ์ดีเอ็นเอของมันสำปะหลัง โดยใช้เครื่องหมายโมเลกุลชนิด SSR
DOI:
https://doi.org/10.14456/thaidoa-agres.2022.21คำสำคัญ:
มันสำปะหลัง, เครื่องหมายโมเลกุลชนิด SSR, ความหลากหลายทางพันธุกรรม, ลายพิมพ์ดีเอ็นเอบทคัดย่อ
ความหลากหลายทางพันธุกรรมในระดับดีเอ็นเอของมันสำปะหลัง เป็นข้อมูลที่มีความสำคัญต่อการวิจัยและพัฒนาพันธุ์มันสำปะหลัง เพื่อให้ได้พันธุ์ดีและมีคุณภาพสูง การวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมในระดับดีเอ็นเอ และจัดกลุ่มแสดงความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของพันธุ์มันสำปะหลัง จำนวน 270 ตัวอย่างพันธุ์ ที่เก็บรวบรวมไว้ ณ ศูนย์วิจัยพืชไร่ระยอง กรมวิชาการเกษตร โดยการใช้เครื่องหมายโมเลกุลชนิด SSR ที่ติดฉลากสีฟลูออเรสเซนต์ จำนวน 16 คู่ไพรเมอร์ พบว่า ไพรเมอร์ทั้ง 16 คู่ไพรเมอร์ สามารถจำแนกความแตกต่างทางพันธุกรรมของพันธุ์มันสำปะหลังได้ดี โดยพบอัลลีลที่เกิดขึ้นทั้งหมด 88 อัลลีล มีจำนวน 3 – 9 อัลลีลต่อตำแหน่ง มีค่าเฉลี่ย 5.5 อัลลีลต่อตำแหน่ง อัลลีลทั้งหมดมีแสดงความแตกต่างกันคิดเป็น 100 % แถบดีเอ็นเอที่ได้มีขนาดตั้งแต่ 100 – 418 คู่เบส มีค่า Polymorphism Information Content (PIC) อยู่ระหว่าง 0.38 – 0.78 มีค่าเฉลี่ยเท่ากับ 0.63 เมื่อทำการจัดกลุ่มความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมด้วยวิธี Unweighted pair group method with arithmetic averages และวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมด้วยโปรแกรม NTSYSpc 2.10e พบว่า ค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนทางพันธุกรรม อยู่ระหว่าง 0.10 – 1.00 สามารถจัดกลุ่มความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของพันธุ์มันสำปะหลังได้เป็น 3 กลุ่มหลัก ซึ่งสอดคล้องกับประวัติพันธุ์และแหล่งกระจายพันธุ์ โดยมีค่า cophenetic correlation (r) เท่ากับ 0.70 จากการศึกษาแสดงให้เห็นว่าเครื่องหมายโมเลกุลชนิด SSR มีความเหมาะสมสำหรับนำไปใช้จำแนกความแตกต่างทางพันธุกรรมเพื่อระบุเอกลักษณ์ประจำพันธุ์ของมันสำปะหลัง และข้อมูลความหลากหลายทางพันธุกรรมในระดับดีเอ็นเอของมันสำปะหลังที่ได้ สามารถนำไปเป็นข้อมูลพื้นฐานในการคัดเลือกพ่อแม่พันธุ์ในงานด้านการปรับปรุงพันธุ์มันสำปะหลังต่อไป
เอกสารอ้างอิง
สุภาวดี ง้อเหรียญ จีราพร แก่นทรัพย์ บุญเรือนรัตน์ เรืองวิเศษ วิภาวี ชั้นโรจน์ สุวลักษณ์ อะมะวัลย์ และประพิศ วองเทียม. 2562. การศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของมันสำปะหลังโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุลชนิด SSR. วารสารวิชาการเกษตร. ปีที่ 37(1): 2-13.
Botstein, D., R.L. White., M. Skolnick and R.W. Davis. 1980. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am. J. Hum. Genet. 32(3): 314-331.
Dellaporta, S.L., J. Wood and J.B. Hicks. 1983. A plant DNA minipreparation: Version II, Plant Mol. Biol. Rep. 1(4): 19-21.
Elias, M.; O. Panaudà and T. Robertà. 2000. Assessment of genetic variability in a traditional cassava (Manihot esculenta Crantz) farming system, using AFLP markers. The Genetical Society of Great Britain. 85(2000): 219 – 230.
Hokanson, S.C.; A.K. Szewc-McFadden.; W.F. Lamboy and J.R. McFerson. 1998. Microsatellite (SRR) markers reveal genetic identities, genetic diversity and relationships in a Malus x domestica borkh. core subset collection. Theor. Appl. Genet. 97: 671–683.
Jorge, V.; M.A. Fregene.; M.C. Durque.; M.W. Bonierbale.; J. Tohme and V. Verdier. 2000. Genetic mapping of resistance to bacterial blight disease in cassava (Manihot esculenta Crantz). Theor. Appl. Genet. 101(5): 865 – 872.
López, C.; B. Piegu.; R. Cooke.; M. Delseny.; J. Tohme and V. Verdier. 2005. Using cDNA and genomic sequences as tools to develop SNP strategies in cassava (Manihot esculenta Crantz). Theor. Appl. Genet. 110(3): 425 – 431.
Pillai, S.V., S.P. Manjusha and S. Sundaresan. 2004. Molecular diversity in the land races of cassava in India based on RAPD markers. In the Sixth International Scientific meeting of the Cassava Biotechnology Network. CIAT, Cali, Colombia, March 8-14. 45 p.
Rohlf, F.J. 2000. NTSYS-pc: Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System Version 2.1. Exeter Publishing Setauket, New York.
Sirithunya, P.; E. Roumen.; S. Mongkolsomrit.; S. Sriprakhon.; P. Hutamekalin and T. Sreewongchai. 2001. Instruction manual workshop on molecular genetic analysis on diversity of blast pathogen in Thailand. Yothee laboratory Unit Bangkok, Thailand.
Vásquez A. and C. López. 2014. In Silico Genome Comparison and Distribution Analysis of Simple Sequences Repeats in Cassava. Int. J. Genomics. 2014: 471461. 9 p.
Yu, J.Z., D.D. Fang, R.J. Kohel, M. Ulloa, L.L. Hinze, R.G. Percy and D.C. Jones. (2012). Development of a core set of SSR markers for the characterization of Gossypium germplasm. Euphytica. 187(2): 203-213.
ดาวน์โหลด
เผยแพร่แล้ว
รูปแบบการอ้างอิง
ฉบับ
ประเภทบทความ
สัญญาอนุญาต
ลิขสิทธิ์ (c) 2022 วารสารวิชาการเกษตร

อนุญาตภายใต้เงื่อนไข Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
วารสารวิชาการเกษตร