ความหลากหลายทางพันธุกรรมของของปลาทรายแดง (Nemipterus hexodon) ในภาคใต้ตอนล่างของประเทศไทย
คำสำคัญ:
ไมโทคอนเดรียลดีเอ็นเอ, ความหลากหลายทางพันธุกรรม, ปลาทรายแดง, ภาคใต้ตอนล่างบทคัดย่อ
ศึกษาโครงสร้างพันธุศาสตร์ประชากรของปลาทรายแดง (Nemipterus hexodon) ในภาคใต้ตอนล่างของประเทศไทย วิเคราะห์จากลำดับนิวคลีโอไทด์ในไมโทคอนเดรียลดีเอ็นเอของยีน cytochrome oxidase subunit I ขนาด 443 คู่เบส โดยเก็บตัวอย่างปลาทรายแดงจำนวน 80 ตัว จากฝั่งทะเลอันดามัน 2 จังหวัดคือ จังหวัดสตูล จำนวน 21 ตัว กับจังหวัดกระบี่ จำนวน 18 ตัว และฝั่งทะเลอ่าวไทย 2 จังหวัดคือ จังหวัดสงขลา จำนวน 21 ตัว กับจังหวัดนครศรีธรรมราช จำนวน 20 ตัว พบว่ามีตำแหน่ง polymorphic site จำนวน 33 ตำแหน่ง ซึ่งแสดงว่าประชากรปลาทรายแดงในภาคใต้ตอนล่างมีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูง ค่า haplotype diversity และ nucleotide diversity มีค่า 0.687+0.050 และ 0.011+0.002 ตามลำดับ ผลการวิเคราะห์โครงสร้างพันธุศาสตร์ประชากรด้วยวิธี Analysis of Molecular Variance และ Pairwise FST พบว่าเกิดโครงสร้างพันธุศาสตร์ประชากร โดยแบ่งเป็นประชากรจากฝั่งทะเลอันดามันและฝั่งทะเลอ่าวไทย ซึ่งการเกิดโครงสร้างพันธุศาสตร์ประชากรน่าจะเกิดจากปัจจัยทางภูมิศาสตร์คือคาบสมุทรมลายูที่ขัดขวางการผสมพันธุ์ระหว่างประชากรปลาทรายแดงที่อาศัยระหว่าง 2 พื้นที่จนทำให้เกิดความแตกต่างทางพันธุกรรม ผลการวิเคราะห์ประวัติประชากรจากการทดสอบ mismatch distribution ด้วยพารามิเตอร์ SSD และ Harpending Raggedness index, การทดสอบ neutrality test ด้วยวิธี Tajima’s D test และ Fu’ Fs test , การประเมินขนาดประชากรด้วยพารามิเตอร์ θ0 และ θ1 , การวิเคราะห์แผนผังความสัมพันธ์ระหว่างแฮโพลไทป์ (MSN) ให้ผลการทดลองในทิศทางที่แสดงว่าประชากรปลาทรายแดงในภาคใต้ตอนล่างเคยมีการขยายขนาดประชากร ผลการศึกษาครั้งนี้สามารถนำมาใช้เป็นข้อมูลในการจัดการปลาทรายแดงในภาคใต้ตอนล่างได้
เอกสารอ้างอิง
Boore, J. L. (1999). Survey and summary animal mitochondria genome. Nucleic acids research. 27(8), 1767-1780.
Chenna, R., Sugawara, H., Koike ,T., Lopez, R., Gibson, T.J., Higgins, D.G. & Thompson,D.(2003). Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs.Nucleic Acids Research. 31, 3497–3500.
Excoffier, L. & Lischer, H.E.L. (2010). Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Molecular Ecology Resources. 10, 564-567.
Fishery Statistics Analysis and Research Group. 2017. Fisheries Statistics of Thailand 2010, No. 5/2017. Department of Fisheries, Ministry of Agriculture and Cooperatives. (in Thai)
Fu, F.X. (1997). Statistical tests of neutrality of mutations against population growth, hitchhiking and background selection. Genetics. 147, 915–925.
วารสารวิจัยราชภัฏพระนคร สาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ปี ที่ 15 ฉบับที่ 1 (มกราคม - มิถุนายน 2563)
Harpending, H.C. (1994). Signature of ancient population growth in a low-resolution mitochondrial DNA mismatch distribution. Human Biology. 66, 591-600.
Hastuti, K.S., Yonvitner, Y. & Boer, M. (2017). Indicator parameters population for the management of Threadfin Bream (Nemipterus spp.) in the inshore Java Sea,Indonesia. International Research Journal of Applied and Basic Sciences. 33(3), 35-51.
Hung, K., Russell, B.C. & Chen, W. (2017). Molecular systematics of threadfin breams and relatives (Teleostei, Nemipteridae). Zoologica scripta. 46(5), 536-551.
Janthawong, K., Ruksain, P., Supmee, V. & Suppapan, J. (2018). Population genetic structure of Donkey croaker (Pennahia anea) in Southern Thailand. Proceeding in The 6th Marine Science Conference, 18-20 June 2018 Chonburi, Thailand, pp: 583-593. (in Thai).
Lewontin, R.C.(1974). The genetic basis of evolutionary change. New York: Columbia University Press.
Librado, P. & Rozas, J. (2009). DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics. 25, 1451-1452.
Nei, M. (1987). Molecular Evolutionary Genetics. New York: Columbia University Press.
Panithanarak, T., Karuwancharoen, R., Na-Nakorn, U. & Nguyen, T. T.T. (2010). Population genetics of the Spotted seahorse (Hippocampus kuda) in Thai waters:Implications for conservation. Zoological Studies. 49(4), 564-576
Panithanarak, T. (2017). Population genetic structure of marine organisms within the Gulf
of Thailand. Burapha Science Journal. 22(3), 481-499. (in Thai)
Ramirez-Soriano, A., Ramos-Onsins, S.E., Rozas, J., Calafell, F. & Navarro, A. (2008). Statistical power analysis of neutrality tests under demographic expansions,contractions and bottlenecks with recombination. Genetics. 179, 555-567.
Russell, B.C., (1990). FAO Species Catalogue. Vol. 12. Nemipterid fishes of the world.(Threadfin breams, whiptail breams, monocle breams, dwarf monocle breams,and coral breams), Family Nemipteridae. An annotated and illustrated catalogue of nemipterid species known to date. FAO Fish. Synop. 125(12), 149.
Slatkin, M. & Hudson, R. R. (1991). Pairwise comparisons of mitochondrial DNA sequences in stable and exponentially growing populations. Genetics. 129, 555-562. 55 Phranakhon Rajabhat Research Journal (Science and Technology) Vol.15 No.1 (January - June 2020)
Sukumaran, S., Sebastian, W. & Gopalakrishnan, A. (2016). Population genetic structure of Indian oil sardine, Sardinella longiceps along Indian coast. Gene. 576, 372- 378.
Supmee, V. (2015). Population genetic structure and demographic history of Spotted scat (Scatophagus argus) in Southern of Thailand. Phranakhon Rajabhat Research Journal. 10(2), 38-56. (in Thai)
Suppapan, J. (2015). Population genetic structure of Greenback Mullet (Liza subviridis) in Gulf of Thailand : Implication for conservation. Phranakhon Rajabhat Research Journal. 10 (1), 118-130. (in Thai)
Tajima, F. (1989). Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA
polymorphism. Genetics. 123, 585–595.
Wang, W., Ma, C., Chen, W., Zhang, H., Kang, W., Ni, Y. & Ma, L. (2017). Population genetic
diversity of Chinese sea bass (Lateolabrax maculatus) from southeast coastal regions of China based on mitochondrial COI gene sequences. Biochemical Systematics and Ecology. 71, 114-120.
Watterson, A. (1984). Allele frequencies after a bottleneck. Theoretical Population Biology.26, 387-407.
Wellington, G.M. & Victor, B.C. (1989). Planktonic larval duration of one hundred species of Pacific and Atlantic damselfishes (Pomacentridae). Marine Biology. 101(4), 557-567.
Xu, Q., Liu, R. & Liu, Y. (2009). Genetic population structure of the swimming crab, Portunus
trituberculatus in the East China Sea based on mtDNA 16S rRNA sequences. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology. 371, 121-129.
Yang, Z. (2006). Computational molecular evolution. New York: Oxford University Press.
Zhang, Y., Yang, F., Wang, Z., You, Q., Lou, B., Xu, D., Chen, R ., Zhan, W. & Liu, F. (2017).
Mitochondrial DNA variation and population genetic structure in the small yellow croaker
at the coast of Yellow Sea and East China Sea. Biochemical Systematics and
Ecology. 71, 236-243.
ดาวน์โหลด
เผยแพร่แล้ว
ฉบับ
ประเภทบทความ
สัญญาอนุญาต
โปรดกรอกเอกสารและลงนาม "หนังสือรับรองให้ตีพิมพ์บทความในวารสารวิจัยมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนคร สาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี" ก่อนการตีพิมพ์
