วารสารสัตวแพทย์มหานครสาร ได้รับการประเมินคุณภาพวารสารรอบที่ 5 ในปี พ.ศ. 2568 โดย "ศูนย์ดัชนีการอ้างอิงวารสารไทย หรือ Thai-Journal Citation Index Center (TCI)" ให้อยู่ในฐานข้อมูลของ TCI ใน กลุ่มที่ 3 (จากทั้งหมด 4 กลุ่ม) ในสาขาชีววิทยาศาสตร์ ซึ่งมีระยะเวลาการรับรองคุณภาพวารสารเป็นเวลา 5 ปี คือตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2568 ถึง 31 ธันวาคม พ.ศ. 2572