ดีเอ็นเอบาร์โค้ดเพื่อการจำแนกชนิดปลาในพื้นที่ปกปักพันธุกรรมพืช มหาวิทยาลัยพะเยา

Authors

  • ดุจฤดี ปานพรหมมินทร์ 1 สาขาวิชาการประมง คณะเกษตรศาสตร์และทรัพยากรธรรมชาติ มหาวิทยาลัยพะเยา จังหวัดพะเยา 56000 2 ศูนย์ความเป็นเลิศด้านเทคโนโลยีชีวภาพเกษตร สำนักพัฒนาบัณฑิตศึกษาและวิจัยด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา กรุงเทพฯ 10900
  • ศิริภรณ์ อ่วมเจริญ สาขาวิชาการประมง คณะเกษตรศาสตร์และทรัพยากรธรรมชาติ มหาวิทยาลัยพะเยา จังหวัดพะเยา 56000

Keywords:

ดีเอ็นเอบาร์โค้ด, ยีนไซโตโครมซีออกซิเดสหน่วยย่อยที่ 1, การจำแนกชนิด, ปลา, มหาวิทยาลัยพะเยา, DNA barcoding, cytochrome c oxidase I, species identification, fish, University of Phayao

Abstract

การศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อจำแนกชนิดปลาที่รวบรวมได้จากแหล่งน้ำในพื้นที่ปกปักพันธุกรรมพืช มหาวิทยาลัยพะเยาโดยใช้ดีเอ็นเอบาร์โค้ดหรือลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนไซโตโครมซีออกซิเดสหน่วยย่อยที่ 1 (ยีน COI) พบว่า ดีเอ็นเอบาร์โค้ดสามารถจำแนกชนิดปลาจำนวน 11 ชนิดที่รวบรวมได้อย่างถูกต้อง โดยมีความยาวเฉลี่ยของลำดับนิวคลีโอไทด์ประมาณ 625 คู่เบส อยู่ในช่วง 591-639 คู่เบส และปลาชนิดเดียวกันมีลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน COI เพียง 1 รูปแบบเท่านั้น ในการศึกษาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการของลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน COI ทั้งหมดในปลาทั้ง 11 ชนิด พบว่า สามารถแบ่งกลุ่มของปลาได้เป็น 3 กลุ่มใหญ่ๆ ตามระบบอนุกรมวิธาน คือ กลุ่มของปลาในอันดับเพอร์ซิฟอร์เมส ไซพรินิฟอร์เมส และซิลูริฟอร์เมส ซึ่งข้อมูลที่ได้จากการศึกษาครั้งนี้รวบรวมไว้เป็นฐานข้อมูลดีเอ็นเอบาร์โค้ดของปลาในพื้นที่ปกปักพันธุกรรมพืช มหาวิทยาลัยพะเยาต่อไป

 

DNA barcoding for the species identification of fish in plant genetic conservation area, University of Phayao

Dutrudi  Panprommin1*,2  and  Siriporn  Oumcharoen1

1 Fisheries, School of Agriculture and Natural Resources, University of Phayao, Phayao Province 56000

2 Center of Excellence on Agricultural Biotechnology: (AG-BIO/PERDO-CHE), Bangkok 10900

The objective of this investigation was to identify the species of fish collected from water sources in plant genetic conservation area, University of Phayao by using DNA barcodes or the partial of COI nucleotide sequences. A total of 11 fish species were correctly identified through DNA barcoding. The average of COI sequence length was 625 bp, ranging from 591 to 639 bp. Fish of the same species revealed only one haplotype of COI sequence. Systematics and phylogenetics studies of nucleotide sequence in COI gene among 11 fish species indicated that the nodes of phylogenetic tree were typically divided fishes into 3 separated groups; Perciformes, Cypriniformes and Siluriformes. Collective data was conducted to store in database containing DNA barcodes for all fish in water sources in the plant genetic conservation area of the University of Phayao.

vol7No3

Downloads

Published

2014-11-30

How to Cite

1.
ปานพรหมมินทร์ ด, อ่วมเจริญ ศ. ดีเอ็นเอบาร์โค้ดเพื่อการจำแนกชนิดปลาในพื้นที่ปกปักพันธุกรรมพืช มหาวิทยาลัยพะเยา. Health Sci Tech Rev [Internet]. 2014 Nov. 30 [cited 2024 Jul. 18];7(3):226-32. Available from: https://li01.tci-thaijo.org/index.php/journalup/article/view/42694

Issue

Vol. 7 No. 3 (2014): September - December

Section

Research articles

License

ผู้นิพนธ์ต้องรับผิดชอบข้อความในบทนิพนธ์ของตน มหาวิทยาลัยพะเยาไม่จำเป็นต้องเห็นด้วยกับบทความที่ตีพิมพ์เสมอไป ผู้สนใจสามารถคัดลอก และนำไปใช้ได้ แต่จะต้องขออนุมัติเจ้าของ และได้รับการอนุมัติเป็นลายลักษณ์อักษรก่อน พร้อมกับมีการอ้างอิงและกล่าวคำขอบคุณให้ถูกต้องด้วย

The authors are themselves responsible for their contents. Signed articles may not always reflect the opinion of University of Phayao. The articles can be reproduced and reprinted, provided that permission is given by the authors and acknowledgement must be given.