ดีเอ็นเอบาร์โค้ดในปลาและการประยุกต์ใช้

Abstract

การจำแนกชนิดปลาจากลักษณะภายนอกบางครั้งอาจประสบกับปัญหาตัวอย่างไม่สมบูรณ์ หรืออยู่ในช่วงพัฒนาการต่างๆ หรือผ่านขบวนการแปรรูปแล้ว ทำให้ต้องอาศัยวิธีการทางอณูชีววิทยาที่เรียกว่า ”ดีเอ็นเอบาร์โค้ด” มาใช้ร่วมในการศึกษา ซึ่งดีเอ็นเอบาร์โค้ดคือ ลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วนทางด้านปลาย 5’ ของยีน cytochrome c oxidase I (COI) ที่มีขนาดประมาณ 650 คู่เบส สามารถเพิ่มปริมาณยีนดังกล่าวด้วยไพรเมอร์ที่มีลักษณะเป็น universal primers จำเพาะต่อยีน COI ในปฏิกิริยา PCR (Polymerase Chain Reaction) ทำให้ทราบชื่อของชนิดปลาได้โดยนำลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน COI ที่ได้ไปเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลที่มีรายงานลำดับนิวคลีโอไทด์ของสิ่งมีชีวิตที่ทราบชื่อแล้ว เทคนิคนี้เหมาะสำหรับนักอนุกรมวิธานและนักวิทยาศาสตร์ที่ไม่มีความชำนาญทางด้านนี้โดยเฉพาะ ดีเอ็นเอบาร์โค้ดในปลานอกจากใช้ในการจำแนกชนิดแล้ว ยังสามารถประยุกต์ใช้ในงานด้านต่างๆ ได้อีกด้วย ได้แก่ การศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพ การจัดการทรัพยากรประมงและการอนุรักษ์ การจำแนกชนิดลูกปลาวัยอ่อน การจำแนกปลาชนิดใหม่ และความปลอดภัยในอาหาร

DNA barcoding of the fish and its application

Dutrudi Panprommin^{1*, 2}

^1*Fisheries, School of Agriculture and Natural Resources, University of Phayao, Phayao Province 56000

² Center of Excellence on Agricultural Biotechnology: (AG-BIO/PERDO-CHE), Bangkok 10900, Thailand

Fish identification sometimes faced with incomplete and inaccurate samples, various stages of development, or fish processed make use of the so-called ”DNA barcodes” to participate in the study. DNA barcode is partial nucleotide sequence of the 5’ end of cytochrome c oxidase I (COI), which is approximately 650 bp. The fragment is amplified by using PCR (Polymerase Chain Reaction) technique with the universal