การพัฒนาเทคนิคสำหรับการตรวจจับความแตกต่างของไวรัสชิคุนกุนยาสายพันธุ์ East/Central/ South Africa
คำสำคัญ:
ไวรัสชิคุนกุนยา, สายพันธุ์ East/Central/South Africa , Multiplex PCRบทคัดย่อ
โรคชิคุนกุนยาเป็นโรคที่เกิดจากไวรัสชิคุนกุนยาโดยมียุงลายเป็นพาหะ ในแต่ละปีจะมีผู้ป่วยติดเชื้อไวรัสชิคุนกุนยา มากกว่าหนึ่งล้านคน สำหรับในประเทศไทยไวรัสชิคุนกุนยาถูกค้นพบครั้งแรกเมื่อปี 1958 หลังจากนั้นในปี 2008-2009 เกิดการระบาดอย่างรุนแรงของไวรัสชิคุนกุนยาสายพันธุ์ East/Central/South Africa ที่มีการกลายพันธุ์ในยีน E1 เป็นแบบ A226V ในการศึกษาครั้งนี้เพื่อวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของไวรัสชิคุนกุนยาที่พบประเทศไทย พร้อมทั้งพัฒนาวิธีการตรวจหาการกลายพันธุ์ของสายพันธุ์ ECSA ที่มีการระบาดอย่างรุนแรงด้วยวิธี multiplex PCR จากผลการวิเคราะห์ Phylogenetic tree พบว่าสายพันธุ์ของไวรัสชิคุนกุนยาที่พบในปี 2018-2019 ของประเทศไทยยังคงเป็นสายพันธุ์ ECSA ซึ่งเป็นแบบการกลายพันธุ์พร้อมกันสองตำแหน่งของ A226 กับ K211E ในยีน E1 นอกจากนี้ยังพบการกลายพันธุ์ในโปรตีน E2 เป็นแบบ V264A ดังนั้นทางคณะผู้วิจัยจึงได้ทำการออกแบบไพรเมอร์และหาสภาวะที่เหมาะสมในการทำ multiplex PCR เพื่อตรวจสอบ E1:A226, E1:K211E และ E2:V264A พบว่าสภาวะที่เติม 50, 100 หรือ 200 ng/µl DNA template, 1.5 mM MgCl2, 10 mM Tris-HCL (pH 9.1), 0.2 mM dNTP, 0.25 µM of primer mix และ 2.5 Units DNA polymerase เป็นสภาวะที่เหมาะสมในการเพิ่มจำนวนชิ้นส่วนของ A226, K211E และ V264A ในขั้นตอนเดียว ซึ่งจากผลการทดลองนี้ชี้ให้เห็นว่าสามารถนำไปใช้ในการตรวจหาสายพันธุ์ ECSA ที่มีการระบาดอย่างรุนแรงได้อย่างง่ายและรวดเร็ว
เอกสารอ้างอิง
Agarwal, A., Gupta, S., Yadav, A.K., Nema, R.K., Ansari, K., & Biswas, D. (2019). Molecular and phylogenetic analysis of Chikungunya virus in Central India during 2016 and 2017 outbreaks reveal high similarity with recent New Delhi and Bangladesh strains. Infection, Genetic and Evolution, 75.
Agarwal, A., Sharma, A.K., Sukumaran, D., Parida, M., & Dash, P.K. (2016). Two novel epistatic mutations (E1:K211E and E2:V264A) in structural proteins of Chikungunya virus enhance fitness in Aedes aegypti. Virology, 497, 59-68.
Burt, F.J., Chen, W., Miner, J.J., Lenschow, D.J., Merits, A., Schnettler, E., . . . Mahalingam, S. (2017). Chikungunya virus: an update on the biology and pathogenesis of this emerging pathogen. The Lancet Infectious Diseases, 17(4), e107-e117.
Chansaenroj, J., Wanlapakorn, N., Ngamsaithong, C., Thongmee, T., Na Nakorn, N., Siriyasatien, P., . . . Poovorawan, Y. (2020). Genome sequences of chikungunya virus isolates from an outbreak in southwest Bangkok in 2018. Archives of Virology, 165(2), 445-450.
Bureau of vetor bone disease (2018). Annual report 2018 Retrieved from 15 November 2021 https://ddc.moph.go.th/uploads/ckeditor/6f4922f45568161a8cdf4ad2299f6d23/files/Report/Annual%20Report/2561.pdf.
Bureau of vetor bone disease. (2021). Annual report 2021. Retrieved from 15 November 2021 https://drive.google.com/file/d/1TwANFg78Y5jx_PTNwMWMdedn07tU2GqX/view.
Chansaenroj, J., Wanlapakorn, N., Ngamsaithong, C., Thongmee, T., Na Nakorn, N., Siriyasatien, P., Poovorawan, Y. (2020). Genome sequences of chikungunya virus isolates from an outbreak in southwest Bangkok in 2018. Archives of Virology, 165(2), 445-450.
Ganesan, V.K., Duan, B., & Reid, S.P. (2017). Chikungunya Virus: Pathophysiology, Mechanism, and Modeling. Viruses, 9(12).
Intayot, P., Phumee, A., Boonserm, R., Sor-Suwan, S., Buathong, R., Wacharapluesadee, S., . . . Siriyasatien, P. (2019). Genetic Characterization of Chikungunya Virus in Field-Caught Aedes aegypti Mosquitoes Collected during the Recent Outbreaks in 2019, Thailand. Pathogens (Basel, Switzerland), 8(3), 121.
Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., & Tamura, K. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. Molecular Biology and Evolution, 35(6), 1547-1549.
Markoulatos, P., Siafakas, N., & Moncany, M. (2002). Multiplex polymerase chain reaction: a practical approach. Journal of Clinical Laboratory Analysis, 16(1), 47-51.
Patil, J., More, A., Patil, P., Jadhav, S., Newase, P., Agarwal, M., Cherian, S.S. (2018). Genetic characterization of chikungunya viruses isolated during the 2015-2017 outbreaks in different states of India, based on their E1 and E2 genes. Archives of Virology, 163(11), 3135-3140.
Pongsiri, P., Praianantathavorn, K., Theamboonlers, A., Payungporn, S., & Poovorawan, Y. (2012). Multiplex real-time RT-PCR for detecting chikungunya virus and dengue virus. Asian Pacific Journal of Tropical Medicine, 5(5), 342-346.
Pulmanausahakul, R., Roytrakul, S., Auewarakul, P., & Smith, D. R. (2011). Chikungunya in Southeast Asia: understanding the emergence and finding solutions. International Journal of Infectious Diseases, 15(10), e671-676.
Rianthavorn, P., Prianantathavorn, K., Wuttirattanakowit, N., Theamboonlers, A., & Poovorawan, Y. (2010). An outbreak of chikungunya in southern Thailand from 2008 to 2009 caused by African strains with A226V mutation. International Journal of Infectious Diseases, 14 Suppl 3, e161-165.
Sharif, N., Sarkar, M.K., Ferdous, R.N., Ahmed, S.N., Billah, M.B., Talukder, A.A., . . . Dey, S.K. (2021). Molecular Epidemiology, Evolution and Reemergence of Chikungunya Virus in South Asia. Frontiers in Microbiology, 12(1411).
Silva, L.A., & Dermody, T.S. (2017). Chikungunya virus: epidemiology, replication, disease mechanisms, and prospective intervention strategies. The Journal of Clinical Investigation, 127(3), 737-749.
Staples, J.E., Breiman, R.F., & Powers, A.M. (2009). Chikungunya fever: an epidemiological review of a re-emerging infectious disease. Clinical Infectious Disease, 49(6), 942-948.
Suangto P., U.T. (2009). Chikungunya fever Annual Epidemiological Surveillance Report Retrieved from http://www.boe.moph.go.th/Annual/Annual%202552/Main.html. Retrieved 22 June 2019
Yactayo, S., Staples, J.E., Millot, V., Cibrelus, L., & Ramon-Pardo, P. (2016). Epidemiology of Chikungunya in the Americas. Journal of the Infectious Diseases, 214(suppl 5), S441-s445.
ไฟล์ประกอบ
เผยแพร่แล้ว
รูปแบบการอ้างอิง
ฉบับ
ประเภทบทความ
สัญญาอนุญาต
ลิขสิทธิ์ (c) 2022 วารสารมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์
อนุญาตภายใต้เงื่อนไข Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
