การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลหวาย หมู่แคลิสตาด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และ matK

Main Article Content

นฤมล ธนานันต์
ฐิตาพร มณีเนตร
ภัทรพร คุ้มภัย
ธีระชัย ธนานันต์

Abstract

บทคัดย่อ


กล้วยไม้สกุลหวายเป็นกล้วยไม้สกุลใหญ่ที่นิยมปลูกเลี้ยงกันเป็นจำนวนมากและมีความสำคัญทางเศรษฐกิจ ปัจจุบันการจำแนกชนิดของกล้วยไม้ด้วยลักษณะสัณฐานทำได้ยากและสามารถเกิดการผิดพลาดสูง จำเป็นต้องใช้ผู้เชี่ยวชาญในการจำแนก งานวิจัยนี้จึงใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และ matK เพื่อประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและจำแนกกล้วยไม้สกุลหวาย หมู่แคลิสตา 17 ชนิด โดยเพิ่มปริมาณชิ้นดีเอ็นเอของยีน rpoC1 และ matK ด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส ตรวจสอบลำดับนิวคลีโอไทด์ และวิเคราะห์ด้วยโปรแกรม ClustalW แล้วสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมด้วยโปรแกรม MEGA7 ผลการศึกษาพบว่าลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และ matK สามารถจำแนกชนิดของกล้วยไม้สกุลหวายหมู่แคลิสตา 8 และ 11 ชนิด ตามลำดับ เมื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของทั้ง 2 ยีน ร่วมกัน พบว่าจำแนกกล้วยไม้สกุลหวายหมู่แคลิสตาได้ 15 ชนิด


คำสำคัญ : กล้วยไม้สกุลหวาย; หมู่แคลิสตา; ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม; ยีน rpoC1; ยีน matK


 


Abstract


Dendrobium is the largest genus of orchid. Currently, identification of orchid species based on morphology is difficult, high error and need the specialists to identify. This research, the nucleotide sequences of the specific sites of plastid genes were used to identify 17 species of Dendrobium Section Callista. The plastid genes, rpoC1 and matK were amplified and sequenced, after those nucleotide sequences of 17 species of Dendrobium were analyzed by ClustalW and MEGA7. The phylogenetic tree constructing based on the nucleotide sequences of rpoC1 and matK could distinguish 8 and 11 out of 17 species, respectively. However, when analyzing both genes together, we found that 15 out of 17 species were differentiated. 


Keywords: Dendrobium; Callista; genetic relationship; rpoC1; matK

Downloads

Download data is not yet available.

Article Details

How to Cite
ธนานันต์ น., มณีเนตร ฐ., คุ้มภัย ภ., & ธนานันต์ ธ. (2017). การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลหวาย หมู่แคลิสตาด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และ matK. Thai Journal of Science and Technology, 7(1), 81–88. https://doi.org/10.14456/tjst.2018.12
Section
วิทยาศาสตร์ชีวภาพ
Author Biographies

นฤมล ธนานันต์

คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยราชภัฏวไลยอลงกรณ์ ในพระบรมราชูปถัมภ์ ตำบลคลองหนึ่ง อำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี 13180

ฐิตาพร มณีเนตร

สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์รังสิต ตำบลคลองหนึ่ง อำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี 12120

ภัทรพร คุ้มภัย

สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์รังสิต ตำบลคลองหนึ่ง อำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี 12120

ธีระชัย ธนานันต์

สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์รังสิต ตำบลคลองหนึ่ง อำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี 12120

References

เกียรติชัย แซ่ไต่, นฤมล ธนานันต์ และธีระชัย ธนานันต์, 2557, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สิงโตกลอกตาหมู่สิงโตสยามโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนจำเพาะ, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 22: 523-530.
จุฑามาศ เจียมเจือจันทร์, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลก้านก่อด้วยลาดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol. 6: 324-337.
ทีปกา มีเสงี่ยม, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลรองเท้านารีกลุ่มใบลายด้วยลาดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol. 6: 347-357.
นฤมล ธนานันต์, จินต์ ทองสม, ชนิตโชต ปิยพิทยานันต์ และธีระชัย ธนานันต์, 2559, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและจำแนกชนิดของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มโดยใช้ลำดับ นิวคลีโอไทด์ของยีน matK และ rpoC1, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 24: 599-612.
นฤมล ธนานันต์, ภัทรา หงษ์ทองดี, วรุณธร เชื้อบุญมี และธีระชัย ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการระบุชนิดของกล้วยไม้สกุลเอื้องเทียนด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol. 6: 22-32.
นฤมล ธนานันต์, วริสรา แทนสง่า และธีระชัย ธนานันต์, 2557, การจาแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบด้วยลาดับนิวคลีโอไทด์ของตำแหน่งจำเพาะ, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 22: 664-673.
นฤมล ธนานันต์, วิภาวรรณ ประสิทธ์ และธีระชัย ธนานันต์, 2555, การจำแนกข้าวพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 และพันธุ์ปรับปรุงจากพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 1: 169-179.
ปิยดา บุสดี, นฤมล ธนานันต์ และธีระชัย ธนานันต์, 2559, การจำแนกพันธุ์มะม่วงในประเทศไทยจากลำดับดีเอ็นเอของยีน rpoC1 และ rbcL, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 983-993.
พรประภา ศิริเทพทวี, ธีระชัย ธนานันต์และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลรองเท้านารีกลุ่มใบสีเขียวด้วยลาดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol. 6: 338-346.
มาลินี อนุพันธ์สกุล, 2538, กล้วยไม้, พิมพ์ครั้งที่ 1, สำนักพิมพ์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, กรุงเทพฯ.
Barthet, M., 2006, Expression and Function of the Chloroplast-encoded Gene matK, Ph.D. Thesis, Virginia Polytechnic Institute and State University, Virginia.
Chase, M.W., Cowan, R.S., Hollingsworth, P.M., van der Berg, C., Madrinan, S., Petersen, G., Seberg, O., Jorgsensen, T., Cameron-Kenneth, M., Carine, M., Pedersen, N., Hedderson-Terry, H., Conrad, F., Salazar-Gerardo, A., Richardson-James, E., Hollingsworth-Michelle, L., Barraclough-Timothy, G., Kelly, L. and Wilkinson, M., 2007, A proposal for a standardized protocol to barcode all land plants, Taxon 56: 295-299.
Doyle, J.J. and Doyle, J.L., 1987, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull. 19: 11-15.
Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L. and Deward, J.R., 2003, Biological identifications through DNA barcodes, Proc. Royal Soc. B. 270: 313-321.
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1626 p.
Serino, G. and Maliga, P., 1998, RNA polymerase subunits encoded by the plastid rpo genes are not shared with the nucleus-encoded plastid enzyme, Plant Physiol. 117: 1165-1170.