การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลหวาย หมู่แคลิสตาด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และ matK
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
บทคัดย่อ
กล้วยไม้สกุลหวายเป็นกล้วยไม้สกุลใหญ่ที่นิยมปลูกเลี้ยงกันเป็นจำนวนมากและมีความสำคัญทางเศรษฐกิจ ปัจจุบันการจำแนกชนิดของกล้วยไม้ด้วยลักษณะสัณฐานทำได้ยากและสามารถเกิดการผิดพลาดสูง จำเป็นต้องใช้ผู้เชี่ยวชาญในการจำแนก งานวิจัยนี้จึงใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และ matK เพื่อประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและจำแนกกล้วยไม้สกุลหวาย หมู่แคลิสตา 17 ชนิด โดยเพิ่มปริมาณชิ้นดีเอ็นเอของยีน rpoC1 และ matK ด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส ตรวจสอบลำดับนิวคลีโอไทด์ และวิเคราะห์ด้วยโปรแกรม ClustalW แล้วสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมด้วยโปรแกรม MEGA7 ผลการศึกษาพบว่าลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และ matK สามารถจำแนกชนิดของกล้วยไม้สกุลหวายหมู่แคลิสตา 8 และ 11 ชนิด ตามลำดับ เมื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของทั้ง 2 ยีน ร่วมกัน พบว่าจำแนกกล้วยไม้สกุลหวายหมู่แคลิสตาได้ 15 ชนิด
คำสำคัญ : กล้วยไม้สกุลหวาย; หมู่แคลิสตา; ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม; ยีน rpoC1; ยีน matK
Abstract
Dendrobium is the largest genus of orchid. Currently, identification of orchid species based on morphology is difficult, high error and need the specialists to identify. This research, the nucleotide sequences of the specific sites of plastid genes were used to identify 17 species of Dendrobium Section Callista. The plastid genes, rpoC1 and matK were amplified and sequenced, after those nucleotide sequences of 17 species of Dendrobium were analyzed by ClustalW and MEGA7. The phylogenetic tree constructing based on the nucleotide sequences of rpoC1 and matK could distinguish 8 and 11 out of 17 species, respectively. However, when analyzing both genes together, we found that 15 out of 17 species were differentiated.
Keywords: Dendrobium; Callista; genetic relationship; rpoC1; matK
Article Details
บทความที่ได้รับการตีพิมพ์เป็นลิขสิทธิ์ของคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ข้อความที่ปรากฏในแต่ละเรื่องของวารสารเล่มนี้เป็นเพียงความเห็นส่วนตัวของผู้เขียน ไม่มีความเกี่ยวข้องกับคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี หรือคณาจารย์ท่านอื่นในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ผู้เขียนต้องยืนยันว่าความรับผิดชอบต่อทุกข้อความที่นำเสนอไว้ในบทความของตน หากมีข้อผิดพลาดหรือความไม่ถูกต้องใด ๆ
References
จุฑามาศ เจียมเจือจันทร์, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลก้านก่อด้วยลาดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol. 6: 324-337.
ทีปกา มีเสงี่ยม, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลรองเท้านารีกลุ่มใบลายด้วยลาดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol. 6: 347-357.
นฤมล ธนานันต์, จินต์ ทองสม, ชนิตโชต ปิยพิทยานันต์ และธีระชัย ธนานันต์, 2559, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและจำแนกชนิดของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มโดยใช้ลำดับ นิวคลีโอไทด์ของยีน matK และ rpoC1, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 24: 599-612.
นฤมล ธนานันต์, ภัทรา หงษ์ทองดี, วรุณธร เชื้อบุญมี และธีระชัย ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการระบุชนิดของกล้วยไม้สกุลเอื้องเทียนด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol. 6: 22-32.
นฤมล ธนานันต์, วริสรา แทนสง่า และธีระชัย ธนานันต์, 2557, การจาแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบด้วยลาดับนิวคลีโอไทด์ของตำแหน่งจำเพาะ, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 22: 664-673.
นฤมล ธนานันต์, วิภาวรรณ ประสิทธ์ และธีระชัย ธนานันต์, 2555, การจำแนกข้าวพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 และพันธุ์ปรับปรุงจากพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 1: 169-179.
ปิยดา บุสดี, นฤมล ธนานันต์ และธีระชัย ธนานันต์, 2559, การจำแนกพันธุ์มะม่วงในประเทศไทยจากลำดับดีเอ็นเอของยีน rpoC1 และ rbcL, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 983-993.
พรประภา ศิริเทพทวี, ธีระชัย ธนานันต์และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลรองเท้านารีกลุ่มใบสีเขียวด้วยลาดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol. 6: 338-346.
มาลินี อนุพันธ์สกุล, 2538, กล้วยไม้, พิมพ์ครั้งที่ 1, สำนักพิมพ์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, กรุงเทพฯ.
Barthet, M., 2006, Expression and Function of the Chloroplast-encoded Gene matK, Ph.D. Thesis, Virginia Polytechnic Institute and State University, Virginia.
Chase, M.W., Cowan, R.S., Hollingsworth, P.M., van der Berg, C., Madrinan, S., Petersen, G., Seberg, O., Jorgsensen, T., Cameron-Kenneth, M., Carine, M., Pedersen, N., Hedderson-Terry, H., Conrad, F., Salazar-Gerardo, A., Richardson-James, E., Hollingsworth-Michelle, L., Barraclough-Timothy, G., Kelly, L. and Wilkinson, M., 2007, A proposal for a standardized protocol to barcode all land plants, Taxon 56: 295-299.
Doyle, J.J. and Doyle, J.L., 1987, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull. 19: 11-15.
Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L. and Deward, J.R., 2003, Biological identifications through DNA barcodes, Proc. Royal Soc. B. 270: 313-321.
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1626 p.
Serino, G. and Maliga, P., 1998, RNA polymerase subunits encoded by the plastid rpo genes are not shared with the nucleus-encoded plastid enzyme, Plant Physiol. 117: 1165-1170.