การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกทุเรียนด้วยเครื่องหมายแฮตอาร์เอพีดี
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
บทคัดย่อ
ทุเรียนจัดเป็นราชาของผลไม้และเป็นผลไม้ที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจของประเทศไทย งานวิจัยนี้ได้ศึกษาความสัมพันธ์ของทุเรียน 30 พันธุ์ จากสวนบ้านเรา จังหวัดระยอง ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี เมื่อตรวจสอบไพรเมอร์แบบสุ่ม 72 ชนิด พบว่าสามารถคัดเลือกไพรเมอร์ 20 ชนิด ที่ให้ลายพิมพ์ดีเอ็นเออย่างชัดเจน เมื่อสร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอพบว่าปรากฏแถบดีเอ็นเอรวม 240 แถบ ขนาดประมาณ 300-2,500 คู่เบส ซึ่งเป็นแถบดีเอ็นเอที่ให้ความหลากรูป 205 แถบ (85.42 เปอร์เซ็นต์) และเมื่อสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์ด้วยโปรแกรม NTSYS-pc รุ่น 2.01e โดยเลือกวิธีการจัดกลุ่มแบบ UPGMA พบว่ามีค่าดัชนีความเหมือน 0.59-0.89 และสามารถแบ่งทุเรียนเป็น 2 กลุ่ม โดยผลการวิจัยนี้สามารถใช้ประโยชน์ในทางการค้าและการปรับปรุงพันธุ์ทุเรียน
คำสำคัญ : ทุเรียน; ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม; การจำแนก; แฮตอาร์เอพีดี
Abstract
Durian is the king of fruits and a major economic fruit of Thailand. This research investigated the relationships among 30 durian cultivars from Suanbanrao durian orchard in Rayong province using high annealing temperature-random amplified polymorphic DNA (HAT-RAPD) technique. The total of 72 primers used, 20 primers which gave obvious amplified PCR products were selected. Then, the selected primers were used for DNA fingerprinting and resulted in 240 DNA bands ranging from 300 to 2500 bp. The number of polymorphic bands was 205 (85.42 %). In addition, a dendrogram was constructed using UPGMA by the NTSYS-pc ver. 2.01e program based on similarity coefficient ranging from 0.59-0.89 and resulted in two major groups. This research could be useful as a guideline for trading and plant breeding.
Keywords: durian; genetic relationship; identification; HAT-RAPD
Article Details
บทความที่ได้รับการตีพิมพ์เป็นลิขสิทธิ์ของคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ข้อความที่ปรากฏในแต่ละเรื่องของวารสารเล่มนี้เป็นเพียงความเห็นส่วนตัวของผู้เขียน ไม่มีความเกี่ยวข้องกับคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี หรือคณาจารย์ท่านอื่นในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ผู้เขียนต้องยืนยันว่าความรับผิดชอบต่อทุกข้อความที่นำเสนอไว้ในบทความของตน หากมีข้อผิดพลาดหรือความไม่ถูกต้องใด ๆ
References
จุฑาทิพย์ พันธ์รูปท้าว, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2559, การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลหวาย หมู่ไนโกรเฮอร์ซูเธ และลูกผสมด้วยแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 5: 77-87.
ฐิตาพร มณีเนตร, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2560, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลหวาย หมู่แคลิสตาด้วยเครื่องหมายแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 6: 316-323.
ทรงพล สมศรี, 2551, ทุเรียนไทยและการปรับปรุงพันธุ์ : กรณีศึกษาพันธุ์จันทบุรี 1 จันทบุรี 2 จันทบุรี 3, สำนักพิมพ์กรมวิชาการเกษตร, กรุงเทพฯ.
ทรงพล สมศรี, ศุจิรัตน์ สงวนรังศิริกุล, วนิดา งามเงิน และธีรวุฒิ วงศ์วรัตน์, 2548, การจำแนกชนิด พันธุ์ สายต้นทุเรียน (Durio spp.) ด้วยเทคนิค DNA amplification fingerprinting (DAF), ว.วิชาการเกตร. 23(2): 188-210.
ปิยดา บุสดี, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2558, การจำแนกพันธุ์มะม่วงในประเทศไทยจากลำดับดีเอ็นเอของยีน rbcL และ rpoC1, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 983-993.
นฤมล ธนานันต์, ฐิติพร โท้มโสภา และธีระชัย ธนานันต์, 2555, การจำแนกข้าวพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 และพันธุ์ปรับปรุงจากพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 1: 169-179.
นฤมล ธนานันต์, ภัทรา หงษ์ทองดี และธีระชัย ธนานันต์, 2559, การจำแนกชนิดและการประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลเอื้องเทียนด้วยเครื่องหมายแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 5: 88-97.
พิทักษ์ ใจคง, 2550, ปฏิบัติการพืชเศรษฐกิจ (Economic Botany Laboratory) : พืชผลไม้, มหาวิทยาลัยรามคําแหง, กรุงเทพฯ. 437 น.
วริสรา แทนสง่า, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบ (Aerides) ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, Thai J. Sci. Technol. 3: 102-112.
สำนักคุ้มครองพันธุ์พืชแห่งชาติ, 2544, ฐานข้อมูลเชื้อพันธุ์ทุเรียน, มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, กรุงเทพฯ.
หิรัญ หิรัญประดิษฐ์, สุขวัฒน์ จันทรปราณิก และเสริมสุข สลักเพ็ชร์, 2541, เทคโนโลยีการผลิตทุเรียน, มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, กรุงเทพฯ.
หิรัญ หิรัญประดิษฐ์ และทรงพล สมศรี, 2530, การคัด clone ทุเรียนพันธุ์ที่ปลูกเป็นการค้าในปัจจุบัน, รายงานผลการค้นคว้าและวิจัยปี 2530, สถาบันวิจัยพืชสวน กรมวิชาการเกษตร, กรุงเทพฯ.
เอมอร รุ่งแจ้งสุวรรณ, ปิยรัษฎ์ เจริญทรัพย์, วิษุวัต สงนวล, อุษณีษ์ พิชกรรม, และศศิวิมล แสวงผล, 2556, การศึกษาความหลากหลายของพันธุ์ทุเรียน (Durio zibethinus L.) ในจังหวัดนนทบุรีโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุลเอสเอสอาร์, น. 45., การประชุมวิชาการพฤกษศาสตร์แห่งประเทศไทย ครั้งที่ 7, มหาวิทยาลัยรามคำแหง, กรุงเทพฯ.
ฮูดา แก้วศรีสม, กรกช นาคคนอง, และจรัสศรี นวลศรี, 2557, การวิเคราะห์พันธุกรรมของทุเรียนพื้นบ้านในภาคใต้โดยใช้เครื่องหมายไมโคร แซทเทลไลท์, ว.แก่นเกษตร 42: 271-276.
Anuntalabhochai, S., Chandet, R., Chiangda, J. and Apavatjrut, P., 2000, Genetic diversity within Lychee (Litchi chinensis Sonn.) based on RAPD analysis, Acta Hort. 575: 253-259.
Anuntalabhochai, S., Chundet, R., Buapong, N. and Cutler, R.W., 2009, Detection of DNA hypomethylation mediated floral induction in Longan and Spinach using the HAT-RAPD technique, Am. J. Appl. Sci. 6: 361-367.
Chundet, R., Cutler, R.W., Tasanon, M. and Anuntalabhochai, S., 2007, Hybrid detection in Lychee (Litchee chinensis Sonn.) cultivars using HAT-RAPD markers, Sci. Asia. 33: 307-311.
Collard, B.C.Y. and Mackill, D.J., 2009, Start codon targeted (SCoT) polymorphism: a simple novel DNA marker technique for generating gene-targeted markers in plants, Plant Mol. Biol. Rep. 27: 86-93.
Doyle, J.J. and Doyle, J.L., 1987, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull. 19: 11-15.
Lim, T.K., 1990, Durian: Diseases and disorders, Tropical Press Sdn. Bhd., Kuala Lumpur, Malaysia.
Macmillan, H.F., 1949, Tropical planting and gardening, 5th Ed., Macmillan, London.
Mendoza, D.R., 1941, Natural distribution of durians in the Philippines, Phil. J. Forest. 4: 27-35.
Rohlf, F.J., 2002, NTSYS-pc. Numerical taxonomy and multivariate analysis system. Applied Biostatistics, Inc., New York.
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
Vanijajiva, O., 2011, Genetic variability among durian (Durio zibethinus Murr.) cultivars in the Nonthaburi province, Thailand detected by RAPD analysis, J. Agri. Tech. 7: 1107-1116.
Vos, P., Hogers, R., Bleeker, M., Reijans, M., van de Lee, T., Hornes, M., Frijters, A., Pot, J., Peleman, J., Kuiper, M. and Zebeau, M., 1995, AFLP: A new technique for DNA fingerprintings, Nucleic. Acids. Res. 23: 4407-4414.
Weising, K., Nybom, H., Wolf, K. and Kahl, G., 2005, DNA Finger Printing in Plants, 2nd Ed., CRS Press, Boca Raton, F.L.
Williams, J.G., Kubelik, A.R., Livak, K.J., Rafalski, J.A. and Tingey, S.V., 1990, DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers, Nucl. Acids Res. 18: 6531-6535.
Wongsawad, P. and Wongsawad, C., 2007, DNA fingerprints of some heterophyid trematodes from adult and metacercarial stages in Thailand, Southeast Asian J. Trop. Med. Public Health. 38: 110-114.