การระบุชนิดของแบคทีเรียกรดแลคติกที่แยกได้จากน้ำพริกด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน 16S rRNA

Abstract

บทคัดย่อ

น้ำพริกเป็นอาหารประเภทเครื่องจิ้มชนิดหนึ่ง มีหลากหลายประเภท ประกอบด้วยเครื่องปรุงและสมุนไพรต่าง ๆ ที่เป็นประโยชน์ต่อร่างกาย รวมทั้งมีจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ เช่น แบคทีเรียกรดแลคติก ซึ่งพบได้ในอาหารที่เกิดจากการหมักแบบไม่ใช้ออกซิเจน ทำให้ได้ผลิตภัณฑ์ที่มีกรดแลคติกซึ่งสามารถช่วยยืดอายุในการเก็บรักษาอาหาร รวมทั้งสามารถป้องกันการเจริญเติบโตของแบคทีเรียก่อโรค งานวิจัยนี้ได้คัดกรองแบคทีเรียกรดแลคติกจากน้ำพริก 5 ชนิด โดยการเพาะเลี้ยงในอาหาร de Man Regosa Sharpe agar (MRS) ที่มีแคลเซียมคาร์บอนเนต 1 เปอร์เซ็นต์ แล้วตรวจสอบลักษณะสัณฐานและทดสอบทางชีวเคมี แยกแบคทีเรียได้ 29 ไอโซเลต เป็นแบคทีเรียกรดแลคติก 14 ไอโซเลต และ Pseudomanas 15 ไอโซเลต เมื่อตรวจสอบด้วยวิธีทางชีวโมเลกุลทำให้มั่นใจว่าเป็นแบคทีเรียกรดแลคติกสกุลต่าง ๆ ได้แก่ Lactobacillus, Weisella, และ Leuconostoc โดยการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ขนาดประมาณ 1,500 คู่เบส ของยีน 16S rRNA ด้วยโปรแกรม BLASTN เปรียบเทียบกับข้อมูลใน GenBank ของ NCBI พบว่าสามารถระบุชนิดของแบคทีเรียกรดแลคติกสกุลต่าง ๆ ได้เป็น Lactobacillus 4 ชนิด Weisella 1 ชนิด และ Leuconostoc 1 ชนิด และเมื่อสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและวิเคราะห์การจัดกลุ่ม พบว่าสามารถแบ่งกลุ่มและแยกความแตกต่างทางพันธุกรรมของแบคทีเรียได้ชัดเจนยิ่งขึ้น 

คำสำคัญ : การระบุชนิดของแบคทีเรีย; แบคทีเรียกรดแลคติก; น้ำพริก; ยีน 16S rRNA

Abstract

Chilli pastes are various pickers with many nutritious ingredients including spices and herbs. They also have other benefits from some fermented microorganisms such as lactic acid bacteria. Therefore, these products contain lactic acid which preserves the shelf life of food and inhibits the food pathogen and microbial spoilages. This study, we focused on screening and identifying lactic acid bacteria from chilli pastes those grown in de Man-Regosa Sharpe agar (MRS) with 1 % CaCO₃, followed by using molecular biology, the morphology study and biochemistry tests. The result showed that 29 isolates of bacteria were found clear zone on the agar. In 5 chilli pastes, they have 14 isolates of lactic acid bacteria and 15 isolates of Pseudomonas spp. By using polymerase chain reaction for investigating molecular biology, lactic acid bacterial isolates were identified as Lactobacillus, Weisella and Leuconostoc. Further investigation using 16S rRNA gene with BLASTN program and compared data in GenBank of NCBI, they could be identified for the species, i.e. 4 species of Lactobacillus, 1 species of Weisella and 1 species of Leuconostoc. Finally, each sample was clearly analyzed for phylogenetic tree and cluster analysis for evolutionary relationships and segmentation. 

Keywords: identification of bacterial species; lactic acid bacteria; chilli paste; 16S rRNA gene