การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกพริกด้วยเครื่องหมายสก๊อต

Abstract

บทคัดย่อ

พริกเป็นเครื่องเทศชนิดหนึ่งที่มีความสำคัญต่อการปรุงแต่งอาหารของคนไทย อีกทั้งยังสามารถใช้ประโยชน์ทางยาได้ด้วย แต่ปัจจุบันการจำแนกพริกในแต่ละรายงานยังไม่ค่อยตรงกัน ดังนั้นการนำเครื่องหมายดีเอ็นเอมาใช้การจำแนกพริกจึงมีความจำเป็น งานวิจัยนี้จึงนำเครื่องหมายสก๊อตมาวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกพริกในประเทศไทย โดยสกัดดีเอ็นเอจากตัวอย่างพริก 15 พันธุ์ มาตรวจสอบกับไพรเมอร์ 80 ชนิด พบว่าไพรเมอร์ 41 ชนิด สามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอได้ (คิดเป็น 51.25 เปอร์เซ็นต์) แล้วจึงสร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอของพริกด้วยไพรเมอร์ 22 ชนิด ที่เพิ่มปริมาณดีเอ็นเอได้อย่างชัดเจนและให้ลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่มีความหลากรูปสูง โดยพบแถบดีเอ็นเอที่เกิดขึ้นทั้งหมด 222 แถบ ขนาด 250-3,000 คู่เบส เมื่อวิเคราะห์เปรียบเทียบแถบดีเอ็นเอที่เกิดขึ้นพบว่ามีค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือน 0.56-0.93 และเมื่อวิเคราะห์ความสัมพันธ์โดยเลือกวิธีจัดกลุ่มแบบ UPGMA สามารถจำแนกพริกเป็น 3 กลุ่ม โดยกลุ่มที่ 1 เป็นพริก Capsicum annuum L. กลุ่มที่ 2 เป็นพริกที่มีถิ่นกำเนิดในต่างประเทศและพันธุ์ลูกผสม และกลุ่มที่ 3 เป็นพริก C. frutescens L. ซึ่งการจัดกลุ่มนี้สอดคล้องกับพันธุ์และลักษณะสัญฐานของพริก โดยข้อมูลที่ได้จากการวิจัยนี้เป็นประโยชน์ในการจำแนกพริกและสามารถนำไปวางแผนการปรับปรุงพันธุ์เพื่อส่งเสริมการปลูกเพื่อขายทางการค้าต่อไป

คำสำคัญ : พริก; เครื่องหมายสก๊อต; ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม; การจำแนก; เครื่องหมายดีเอ็นเอ

Abstract

Pepper (Capsicum spp.) is an important spice crop for food seasoning and pharmaceutical use. Nowadays, classification of pepper is necessary because many reports showed different result in classification of peppers. Then, start codon targeted (SCoT) markers were applied for identification and analysis of genetic relationship of the peppers in Thailand. The total 80 primers were screened and 41 primers or 51.25 percent of them could be used for DNA amplification. Twenty-two primers with clear amplified products and high polymorphism were selected to create DNA fingerprinting. A total of 222 DNA bands was amplified ranging from 250 to 3,000 bp in size. By comparison the differences in DNA banding patterns, similarity coefficients were ranged from 0.56 to 0.93. The dendrogram was constructed using unweighted pair group method with arithmetic average (UPGMA) and the 15 samples were classified into 3 groups. The first group was C. annuum L. The second group included the imported pepper and hybrid species. The third group comprised C. frutescens L. The Capsicum cultivars groups identified by this method is well corresponded with those of morphological characters. Finally, these results indicated that the SCoT markers are capable to verify and classify the peppers, and could be further used in the breeding program. 

Keywords: pepper; SCoT marker; genetic relationship; identification; DNA marker