การค้นหายีนที่เกี่ยวข้องกับการเป็นหมันของอับละอองเรณูของข้าวที่เป็นหมันเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงอุณหภูมิ (TGMS) โดยใช้เทคนิค cDNA-AFLP

Abstract

บทคัดย่อ

งานวิจัยนี้ได้ศึกษาการแสดงออกของยีนในอับละอองเรณูของข้าวเป็นหมันที่ถูกควบคุมโดยอุณหภูมิ (thermo-sensitive genic male sterility, TGMS) จำนวน 2 สายพันธุ์ โดยใช้เทคนิค cDNA-AFLP และใช้ไพรเมอร์ จำนวน 30 คู่ การศึกษานี้มีเป้าหมายเพื่อค้นหายีนที่เกี่ยวข้องกับการเป็นหมันของอับละอองเรณูของข้าวเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงอุณหภูมิ คัดเลือกแถบดีเอ็นเอที่ข้าว TGMS ทั้ง 2 สายพันธุ์ มีการแสดงออกของยีนในทำนองเดียวกันและให้ความแตกต่างระหว่างที่อุณหภูมิสูงและที่อุณหภูมิต่ำได้ จำนวน 124 แถบ ซึ่งเป็นแถบดีเอ็นเอที่แสดงออกในสภาวะที่อุณหภูมิสูง แต่ไม่มีการแสดงออกในที่อุณหภูมิต่ำ จำนวน 44 แถบ และแถบดีเอ็นเอที่แสดงออกในสภาวะอุณหภูมิต่ำ แต่ไม่แสดงออกที่อุณหภูมิสูง จำนวน 80 แถบ ได้คัดเลือก 64 แถบ โดยตัดเจล สกัดดีเอ็นเอ และส่งไปหาลำดับนิวคลีโอไทด์ ได้ผลลำดับนิวคลีโอไทด์ที่อ่านได้ 24 ตัวอย่าง และเมื่อเปรียบเทียบกับลำดับนิวคลีโอไทด์ในฐานข้อมูล Gramene ด้วยโปรแกรม BLAST พบว่าชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่อ่านได้ 24 ตัวอย่าง มีความเหมือนกับยีนในฐานข้อมูลข้าว 14 ยีน ความรู้ที่ได้จากการศึกษาในครั้งนี้สามารถนำไปใช้ประโยชน์ในการปรับปรุงพันธุ์ข้าวที่เป็นหมันเนื่องจากอุณหภูมิ เพื่อใช้ในการผลิตข้าวลูกผสมและการปรับปรุงพันธุ์ข้าวให้ทนกับการเปลี่ยนแปลงของอุณหภูมิต่อไปในอนาคต

คำสำคัญ : ข้าว; cDNA-AFLP; การเป็นหมันเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงของอุณหภูมิ

Abstract

This project studied gene expression in anther of 2 thermo-sensitive genic male sterile (TGMS) rice lines using cDNA-AFLP. Using 30 pairs of primer combinations, 124 different transcript-derived fragment (TDFs) were obtained, in which 44 TDFs were expressed under high temperature condition but were not expressed under low temperature condition, and 80 TDFs were expressed under low temperature condition but were not expressed under high temperature condition. A total of 64 TDFs were cut, purified and sent for sequencing, but only 24 readable sequences were obtained. Using Blast search in Gramene rice database, these sequences showed significant homology to 14 rice genes, The information gained from this study could be useful in rice breeding programs for TGMS lines used for hybrid production and for resistant lines to overcome temperature changes in the future.

Keywords: Oryza sativa; cDNA-AFLP; thermo-sensitive genic male sterility (TGMS)