การสร้างแผนที่พันธุกรรมของปาล์มน้ำมัน

Abstract

บทคัดย่อ

การศึกษานี้เป็นการสร้างแผนที่พันธุกรรมในปาล์มน้ำมัน (Elaeis guineensis Jacq.) จากประชากรลูกผสม F₁จำนวน 220 ต้น ที่เกิดจากการผสมข้ามระหว่างพันธุ์ Tenera สองพันธุ์ คือ clone B และ clone D วิเคราะห์แผนที่พันธุกรรมแบบ double pseudo-test cross โดยใช้เครื่องหมาย G-SSRs, EST-SSRs และ AFLP สร้างแผนที่ชนิดรวม (Integrated map) เชื่อมระหว่างแผนที่ clone B และ clone D โดยใช้เครื่องหมายที่มีจีโนไทป์แบบ intercross (เครื่องหมายโมเลกุลที่มีการกระจายตัวทั้งในพ่อและแม่) แผนที่พันธุกรรมที่ได้ประกอบไปด้วย G-SSRs จำนวน 116 เครื่องหมาย, EST-SSRs จำนวน 22 เครื่องหมาย และ AFLPs จำนวน 22 เครื่องหมาย จากจำนวนเครื่องหมายโมเลกุลทั้งหมด 160 เครื่องหมาย สร้างกลุ่มลิงค์เกจได้ 26 กลุ่ม รวมความยาวกลุ่มลิงค์เกจทั้งหมดได้ 1,285 cM ระยะห่างระหว่างเครื่องหมายเฉลี่ย 8.1 cM ในแผนที่พันธุกรรมนี้มีเครื่องหมาย G-SSR มีตำแหน่งลิงค์กับลักษณะความหนากะลา ในระยะทาง 6.4 cM แผนที่พันธุกรรมที่สร้างได้นี้นำไปพัฒนาให้เป็นแผนที่พันธุกรรมที่มีความอิ่มตัว และสามารถใช้สำหรับการพัฒนาเครื่องหมายที่สัมพันธ์กับ QTLs ของลักษณะที่สนใจ ซึ่งเป็นประโยชน์อย่างมากกับการปรับปรุงพันธุ์ปาล์มน้ำมัน

คำสำคัญ : แผนที่พันธุกรรม; ปาล์มน้ำมัน; SSR; ลักษณะความหนาของกะลา

Abstract

Genetic linkage maps of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) were constructed based on 220 F₁ progenies derived from a cross between two Tenera palms, clone B and clone D. The double pseudo-test cross mapping strategy was applied using G-SSRs, EST-SSRs and AFLPs markers. The intercross markers (the markers segregating in both parents) were used as bridges to align the two parent-specific genetic maps to produce an integrated map comprising 116 G-SSRs, 22 EST-SSRs and 22 AFLP markers. The 160 genetic markers were distributed on 26 linkage groups and covered  1,285 cM with an average spacing between two markers of 8.1 cM. A G-SSR marker was mapped at 6.4 cM from the Sh locus controlling shell-thickness phenotype. The map developed in this study provides an initial step in producing a saturated linkage map of the Elaeis guineensis and can be used for identification of QTLs associated with agronomic important traits in oil palm.

Keyword: genetic linkage map; oil palm; SSR; Sh locus