การใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoB และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA เพื่อวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของมะม่วงในประเทศไทย

Abstract

บทคัดย่อ

มะม่วง (Mangifera indica L.) เป็นไม้ผลที่มีความสำคัญชนิดหนึ่งของไทย โดยมะม่วงมีมากมายหลายพันธุ์ แต่มะม่วงที่สามารถส่งเป็นสินค้าออกไปยังต่างประเทศนั้นมีเพียงไม่กี่พันธุ์ เนื่องจากมะม่วงเป็นไม้ผลที่มีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูง อีกทั้งการจำแนกมะม่วงโดยใช้ลักษณะทางสัณฐานมักต้องใช้ระยะเวลาและมีความยุ่งยาก ดังนั้นงานวิจัยนี้จึงศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของมะม่วงโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoB และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA ทั้งนี้เพื่อการอนุรักษ์และการปรับปรุงพันธุ์ในอนาคต โดยรวบรวมมะม่วงพันธุ์ต่าง ๆ ที่พบในประเทศไทย จำนวน 18 พันธุ์ นำมาสกัดแยกดีเอ็นเอและเพิ่มปริมาณชิ้นดีเอ็นเอตำแหน่งจำเพาะดังกล่าวด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส แล้วนำลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้ไปวิเคราะห์ด้วยโปรแกรม ClustalW และ MEGA 6.0 พบว่าลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoB และชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA ไม่สามารถจำแนกมะม่วงทั้ง 18 พันธุ์ ออกจากกันได้ทั้งหมด ดังนั้นจึงควรใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ในบริเวณอื่นร่วมด้วย เพื่อให้ครอบคลุมลำดับนิวคลีโอไทด์ที่มีความผันแปรและเหมาะสมสำหรับการจำแนกพันธุ์มะม่วง 

คำสำคัญ : มะม่วง; ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม; ยีน rpoB; ชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA

Abstract

Mango (Mangifera indica L.) is one of the important tropical fruits which are popularly grown in Thailand. There are a lot of mango cultivars, but only a few of them can be exported. The mango is a high genetic diversity and classification using morphological features often require long and complicated. This research was focused on identification of mangoes cultivars for conservation and improvement of mango cultivars in the future. Eighteen mangoes cultivars in Thailand were collected to study genetic relationship and identification. Polymerase chain reaction (PCR) was used to amplification of the chloroplast rpoB gene and trnH-psbA intergenic spacer region with universal primers followed by DNA sequencing, and then compared by ClustalW for multiple sequences alignment and phylogenetic tree were constructed by MEGA 6.0. The results indicated that the nucleotide sequences of rpoB and trnH-psbA could not be distinguished all of 18 mango cultivars. Thus, it is suggested that the specific DNA sequences must simultaneously contain enough variability to be used for species identification. Although, used together with region-specific DNA sequences will be increase efficiency. 

Keywords: mango; genetic relationship; rpoB gene; trnH-psbA intergenic spacer region