การพัฒนาเครื่องหมาย ILP จากกลุ่มยีนที่เกี่ยวข้องกับการสร้างดอกปาล์มน้ำมัน (Elaeis guineensis Jacq.)

Abstract

บทคัดย่อ

ปาล์มน้ำมันเป็นพืชที่สำคัญ เนื่องจากมีความต้องการน้ำมันจากปาล์มเพิ่มขึ้น ปัจจัยหนึ่งที่มีความสำคัญต่อการให้ผลผลิตของปาล์มน้ำมัน คือ การพัฒนาการของดอกตัวผู้และดอกตัวเมีย กลุ่มยีน MADS box เกี่ยวข้องกับการพัฒนาของดอกจึงเป็นยีนที่สำคัญต่อผลผลิตของปาล์มน้ำมันในงานวิจัยนี้เป็นการพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุล ILP (intron length polymorphism) จากยีนที่เกี่ยวข้องกับ MADS box โดยการเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์ของ 12 expressed sequence tags (EST) ของกลุ่มยีนใน MADS box กับลำดับนิวคลีโอไทด์จีโนมของปาล์มน้ำมันเพื่อออกแบบไพรเมอร์เพิ่มปริมาณอินทรอน จากไพรเมอร์ที่ได้ทำการออกแบบทั้งหมด 38 คู่ไพรเมอร์ พบว่ามีไพรเมอร์ 25 คู่ไพรเมอร์ ที่สามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอและแสดงโพลิมอร์ฟิซึมในการวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของประชากรปาล์มน้ำมัน 41 ตัวอย่าง ค่าเฉลี่ย polymorphism information content (PIC) และค่าเฉลี่ยของจำนวนแอลลีล เท่ากับ 0.27 และ 3.12 ตามลำดับ และพบว่ามีเครื่องหมาย ILP จำนวน 6 เครื่องหมาย ที่แสดงโพลิ-มอร์ฟิซึมในตัวอย่างประชากรปาล์มลูกผสม F₁ ที่ใช้ในการสร้างแผนที่พันธุกรรม เครื่องหมาย ILP ที่พัฒนาได้นี้ แสดงให้เห็นว่าสามารถนำไปวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรม และมีศักยภาพในการนำไปสร้างแผนที่ทางพันธุกรรม ซึ่งสามารถนำไปใช้ในการปรับปรุงพันธุ์ปาล์มน้ำมันได้ต่อไป 

คำสำคัญ : ปาล์มน้ำมัน; MADS box; เครื่องหมาย ILP; ความหลากหลายทางพันธุกรรม; แผนที่ทางพันธุกรรม

Abstract

Oil palm is a value economic crop because of increasingly uses of oil palm products. The important factor of oil palm fruit production is the development of male and female inflorescences. MADS box genes are essential since they are related to development of oil palm inflorescences. In the present study, Intron Length Polymorphism (ILP) markers of MADS box genes were developed by aligning 12 expressed sequence tags (EST) of MADS box genes with the genomic sequence of oil palm in order to design primers for intron amplification. Of 38 ILP primers designed, 23 primers successfully amplified and were polymorphic in 41 oil palm accessions. PIC (polymorphism information content) average value and allele number were 0.27 and 3.12 per locus, respectively. Six polymorphic ILP markers showed polymorphism in mapping population. The ILP markers developed in the present study have been proved to be useful for genetic diversity assessment and linkage mapping which could be beneficial for oil palm breeding. 

Keywords: oil palm; MADS box; ILP marker; genetic diversity; genetic mapping