การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและจำแนกชนิดของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน matK และ rpoC1
Article Sidebar
Keywords:
กล้วยไม้ แวนด้า หมู่เข็ม ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม การจำแนก ยีน matK ยีน rpoC1 orchid Vanda section Ascocentrum genetic relationship identification matK rpoC1
Main Article Content
Abstract
บทคัดย่อ
แผนภูมิความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มที่พบเฉพาะในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ซึ่งสร้างจากลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน matK และยีน rpoC1 ด้วยวิธี neighbor-joining และ maximum likelihood พบว่าเครื่องหมายดีเอ็นเอสามารถใช้จำแนกกลุ่มกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มได้ครบทุกชนิดและศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมได้ การจำแนกและการจัดกลุ่มโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนเพียงยีนเดียวนั้นมีความผันแปรไปจากผลที่คาดไว้ เนื่องจากมีข้อมูลไม่เพียงพอ เมื่อใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน 2 บริเวณ ร่วมกัน พบว่ามีค่า CI และ RI เท่ากัน 0.62 และ 0.72 ตามลำดับ โดยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนทั้งสองสามารถแสดงการจัดกลุ่มความสัมพันธ์ของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มได้อย่างน่าเชื่อถือมากขึ้น ซึ่งสอดคล้องกับการจำแนกด้วยลักษณะสัณฐานและการจัดกลุ่มใหม่ของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็ม โดยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน matK และ rpoC1 มีความเหมาะสมต่อการศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มในระดับที่แตกต่างกัน อย่างไรก็ตาม เมื่อใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน 2 บริเวณ ร่วมกันจะให้ข้อมูลเพียงพอต่อการศึกษาชนิดของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มที่ใกล้ชิดกัน ดังนั้นความหลากหลายทางพันธุกรรมที่ได้จากการศึกษาครั้งนี้จึงสามารถนำไปใช้เป็นฐานข้อมูลสำหรับการปรับปรุงพันธุ์กล้วยไม้ได้ รวมทั้งใช้เป็นข้อมูลสำหรับการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชและอนุกรมวิธานกล้วยไม้ในประเทศไทยต่อไป
คำสำคัญ : กล้วยไม้; แวนด้า; หมู่เข็ม; ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม; การจำแนก; ยีน matK; ยีน rpoC1
Abstract
Phylogenetic trees of Vanda section Ascocentrum localized in Southeast Asia was constructed using matK and rpoC1 genes followed neighbor-joining and maximum likelihood. It was shown that chloroplast DNA could be used as markers to classify all of Vanda section Ascocentrum and revealed genetic relationships among species. While grouping and classification by a single gene reached some limitations, combined two gene datasets could effective divide groups of Vanda section Ascocentrum with CI and RI value of 0.62 and 0.72, respectively and was also consistent with results from morphological classification. In addition, it was obvious that clustering of Vanda section Ascocentrum by using matK and rpoC1 genes was instrumental to study genetic relationship among closed related orchid species. Knowledge obtained in this study provides a practical database of orchid genetic diversity that can be beneficial for various application including orchid taxonomy, breeding, as well as plant conservation as whole.
Keywords: orchid; Vanda; section Ascocentrum; genetic relationship; identification; matK; rpoC1
แผนภูมิความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มที่พบเฉพาะในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ซึ่งสร้างจากลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน matK และยีน rpoC1 ด้วยวิธี neighbor-joining และ maximum likelihood พบว่าเครื่องหมายดีเอ็นเอสามารถใช้จำแนกกลุ่มกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มได้ครบทุกชนิดและศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมได้ การจำแนกและการจัดกลุ่มโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนเพียงยีนเดียวนั้นมีความผันแปรไปจากผลที่คาดไว้ เนื่องจากมีข้อมูลไม่เพียงพอ เมื่อใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน 2 บริเวณ ร่วมกัน พบว่ามีค่า CI และ RI เท่ากัน 0.62 และ 0.72 ตามลำดับ โดยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนทั้งสองสามารถแสดงการจัดกลุ่มความสัมพันธ์ของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มได้อย่างน่าเชื่อถือมากขึ้น ซึ่งสอดคล้องกับการจำแนกด้วยลักษณะสัณฐานและการจัดกลุ่มใหม่ของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็ม โดยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน matK และ rpoC1 มีความเหมาะสมต่อการศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มในระดับที่แตกต่างกัน อย่างไรก็ตาม เมื่อใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน 2 บริเวณ ร่วมกันจะให้ข้อมูลเพียงพอต่อการศึกษาชนิดของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มที่ใกล้ชิดกัน ดังนั้นความหลากหลายทางพันธุกรรมที่ได้จากการศึกษาครั้งนี้จึงสามารถนำไปใช้เป็นฐานข้อมูลสำหรับการปรับปรุงพันธุ์กล้วยไม้ได้ รวมทั้งใช้เป็นข้อมูลสำหรับการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชและอนุกรมวิธานกล้วยไม้ในประเทศไทยต่อไป
คำสำคัญ : กล้วยไม้; แวนด้า; หมู่เข็ม; ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม; การจำแนก; ยีน matK; ยีน rpoC1
Abstract
Phylogenetic trees of Vanda section Ascocentrum localized in Southeast Asia was constructed using matK and rpoC1 genes followed neighbor-joining and maximum likelihood. It was shown that chloroplast DNA could be used as markers to classify all of Vanda section Ascocentrum and revealed genetic relationships among species. While grouping and classification by a single gene reached some limitations, combined two gene datasets could effective divide groups of Vanda section Ascocentrum with CI and RI value of 0.62 and 0.72, respectively and was also consistent with results from morphological classification. In addition, it was obvious that clustering of Vanda section Ascocentrum by using matK and rpoC1 genes was instrumental to study genetic relationship among closed related orchid species. Knowledge obtained in this study provides a practical database of orchid genetic diversity that can be beneficial for various application including orchid taxonomy, breeding, as well as plant conservation as whole.
Keywords: orchid; Vanda; section Ascocentrum; genetic relationship; identification; matK; rpoC1
Article Details
Section
Biological Sciences