การตรวจวินิจฉัยเชื้อวัณโรคในตัวอย่างชิ้นเนื้อที่ถูกตรึงด้วยฟอร์มาลินและฝังในพาราฟินด้วยชุดน้ำยาสำเร็จรูป abTESTM MTB qPCR KIT เปรียบเทียบกับวิธีพีซีอาร์แบบดั้งเดิม
Article Sidebar
Main Article Content
บทคัดย่อ
วัณโรคเป็นสาเหตุสำคัญของการเสียชีวิตจากการติดเชื้อทั่วโลก ซึ่งมีสาเหตุมาจากการติดเชื้อกลุ่ม Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) การตรวจวินิจฉัยด้วยเทคนิคพีซีอาร์ที่ถูกต้องและรวดเร็วมีความสำคัญต่อความสำเร็จในการรักษาวัณโรค การศึกษานี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อเปรียบเทียบประสิทธิภาพของการตรวจวิเคราะห์หาเชื้อ MTBC ในตัวอย่างชิ้นเนื้อที่ถูกตรึงด้วยฟอร์มาลินและฝังในพาราฟิน ระหว่างวิธีที่รวดเร็ว คือ ชุดน้ำยาสำเร็จรูป abTESTM MTB และวิธีพีซีอาร์แบบดั้งเดิม (C-PCR) ที่ราคาถูกกว่า แต่ใช้เวลาในการวินิจฉัยนานกว่า การศึกษานี้ใช้ตัวอย่างบล็อกชิ้นเนื้อของผู้ป่วยที่สงสัยการติดเชื้อวัณโรค ซึ่งส่งตรวจมายังสถาบันพยาธิวิทยา กรมการแพทย์ จำนวน 640 ตัวอย่าง สกัดดีเอ็นเอจากตัวอย่างบล็อกชิ้นเนื้อและตรวจวิเคราะห์หาเชื้อ MTBC ด้วยชุดตรวจสำเร็จรูป abTESTM MTB และวิธี C-PCR ผลการศึกษาพบว่าวิธี C-PCR มีความไวมากกว่าชุดตรวจสำเร็จรูป abTESTM MTB โดยพบ 199 ตัวอย่าง (ร้อยละ 30) ให้ผลบวกด้วยวิธี C-PCR และ 192 ตัวอย่าง (ร้อยละ 28) ให้ผลบวกด้วยวิธีชุดตรวจสำเร็จรูป abTESTM MTB ผลการเปรียบเทียบระหว่าง 2 วิธี โดยการวิเคราะห์ค่า Kappa พบว่าทั้ง 2 วิธี มีความสอดคล้องกันยอมรับได้ระดับดีมาก (K = 0.959, 95 % CI 0.936-0.983) โดยสรุปวิธี C-PCR มีประสิทธิภาพมากกว่า มีค่าใช้จ่ายต่ำกว่า ถึงแม้จะใช้เวลามากกว่า โดยเป็นอีกทางเลือกหนึ่งในการตรวจวิเคราะห์หาเชื้อ MTBC ในตัวอย่างชิ้นเนื้อที่ถูกตรึงด้วยฟอร์มาลินและฝังในพาราฟิน
Article Details
เอกสารอ้างอิง
Global Tuberculosis Report, 2016, World Health Organization (WHO), Geneva.
Gagneux, S., 2018, Ecology and evolution of Mycobacterium tuberculosis, Nat. Rev. Microbiol. 16: 202-213.
Singh, K.K., Muralidhar, M., Kumar, A., Chattopadhyaya, T.K., Kapila, K., Singh, M.K., Sharma, S.K., Jain, N.K. and Tyagi, J.S., 2000, Comparison of in house polymerase chain reaction with conventional techniques for the detection of Mycobacterium tuberculosis DNA in granulomatous lymphadenopathy, J. Clin. Pathol. 53: 355-361.
Inoue, M., Tang, W.Y., Wee, S.Y. and Barkham, T., 2011, Audit and improve evaluation of a real-time probe-based PCR assay with internal control for the direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex, Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 30: 131-135.
Cegielski, J.P., Devlin, B.H., Morris, A.J., Kitinya, J.N., Pulipaka, U.P., Lema, L.E., Wakatare, J.L. and Reller, L.B., 1997, Comparison of PCR, culture, and histopathology for diagnosis of tuberculous pericarditis, J. Clin. Microbiol. 35: 3254-3257.
Nakiyingi, L., Kateete, D.P., Ocama, P., Worodria, W., Sempa, J.B., Asiimwe, B.B., Katabazi, F.A., Katamba, A., Huang, L., Joloba, M.L. and Mayanja-Kizza, H., 2012, Evaluation of in-house PCR for diagnosis of smear-negative pulmonary tuberculosis in Kampala, Uganda, BMC Res. Notes 5: 487.
Hansen, W.L., Beuving. J., Bruggeman, C.A. and Wolffs, P.F., 2010, Molecular probes for diagnosis of clinically relevant bacterial infections in blood cultures, J. Clin. Microbiol. 48: 4432-4438.
Wang, H.Y., Lu, J.J., Chang, C.Y., Chou, W.P. and Hsieh, J.C., 2019, Development of a high sensitivity TaqMan-based PCR assay for the specific detection of Mycobacterium tuberculosis complex in both pulmonary and extrapulmonary specimens, Sci. Rep. 9: 113.
Zakham, F., Lahlou, O., Akrim, M., Bouklata, N., Jaouhari, S., Sadki, K., Seghrouchni, F., Elmzibri, M., Benjouad, A., Ennaji, M. and Elaouad, R., 2012, Comparison of a DNA based PCR approach with conventional methods for the detection of Mycobacterium tuberculosis in Morocco, Mediterr. J. Hematol. Infect. Dis. 4: e2012049.
Chantranuwat, C., Assanasen, T., Shuangshoti, S. and Sampatanukul, P., 2006, Polymerase chain reaction for detection of Mycobacterium tuberculosis in papanicolaou-stained fine needle aspirated smears for diagnosis of cervical tuberculous lymphadenitis, Southeast Asian J. Trop. Med. Public Health 37: 940-947.
Singh, H.B., Singh, P., Jadaun, G.P., Srivastava, K., Sharma, V.D., Chauhan, D.S., Sharma, S.K. and Katoch, V.M., 2006, Simultaneous use of two PCR systems targeting IS6110 and MPB64 for confirmation of diagnosis of tuberculous lymphadenitis, J. Commun. Dis. 38: 274-279.
Thierry, D., Cave, M.D., Eisenach, K.D., Crawford, J.T., Bates, J.H., Gicquel, B. and Guesdon, J.L., 1990, IS6110, an IS-like element of Mycobacterium tuberculosis complex, Nucl. Acids Res. 18(1): 188.
Das, N., Mendiratta, D., Narang, R., Thamke, D. and Narang, P., 2016, Suitability of IS6110 based polymerase chain reaction for the detection of Mycobacterium tuberculosis in sputum of new pulmonary tuberculosis cases, J. Mahatma Gandhi Inst. Med. Sci. 21: 35-39.
Lee, H.S., Park, K.U., Park, J.O., Chang, H.E., Song, J. and Choe, G., 2011, Rapid, sensitive, and specific detection of Mycobacterium tuberculosis complex by real-time PCR on paraffin-embedded human tissues, J. Mol. Diagn. 13: 390-394.
Thakur, R., Sarma, S. and Goyal, R., 2011, Comparison of DNA extraction protocols for Mycobacterium tuberculosis in diagnosis of tuberculous meningitis by real-time polymerase chain reaction, J. Glob. Infect Dis. 3: 353-356.
Rao, X., Lai, D. and Huang, X., 2013, A new method for quantitative real-time polymerase chain reaction data analysis, J. Comput. Biol. 20: 703-711.
Wilhelm, J. and Pingoud, A., 2003, Real-time polymerase chain reaction, ChemBioChem 4: 1120-1128.
Yuan, J.S., Reed, A., Chen, F., Stewart, C.N.Jr., 2006, Statistical analysis of real-time PCR data, BMC Bioinform. 7: 85.
Ruijter, J.M., Ramakers, C., Hoogaars, W.M., Karlen, Y., Bakker, O., van den Hoff, M.J. and Moorman, A.F.M., 2009, Amplification efficiency: Linking baseline and bias in the analysis of quantitative PCR data. Nucleic acids research 37: e45.
Landis, J.R. and Koch, G.G., 1977, The measurement of observer agreement for categorical data, Biometrics 33: 159-174.
Eisenach, K.D., Cave, M.D., Bates, J.H. and Crawford, J.T., 1990, Polymerase chain reaction amplification of a repetitive DNA sequence specific for Mycobacterium tuberculosis, J. Infect. Dis. 161: 977-981.
Gilbert, M.T., Haselkorn, T., Bunce, M., Sanchez, J.J., Lucas, S.B., Jewell, L.D., Marck, E.V. and Worobey, M., 2007, The isolation of nucleic acids from fixed, paraffin-embedded tissues-which methods are useful when?, PLoS ONE 2: e537.
Dietrich, D., Uhl, B., Sailer, V., Holmes, E.E., Jung, M., Meller, S. and Kristiansen, G., 2013, Improved PCR performance using template DNA from formalin-fixed and paraffin-embedded tissues by overcoming PCR inhibition, PLoS ONE 8: e77771.
Ludyga, N., Grünwald, B., Azimzadeh, O., Englert, S., Höfler, H., Tapio, S. and Aubele, M., 2012, Nucleic acids from long-term preserved FFPE tissues are suitable for downstream analyses, Virchows Archiv 460: 131-140.
Bastien, P., Procop, G.W. and Reischl, U., 2008, Quantitative real-time PCR is not more sensitive than conventional PCR, J. Clin. Microbiol. 46: 1897-1900.
