การพัฒนาการตรวจสอบเครื่องหมายสนิปที่สัมพันธ์กับผลผลิตน้ำยางของต้นยางพาราโดยใช้เทคนิค TaqMan
Article Sidebar
Main Article Content
บทคัดย่อ
ยางพาราเป็นหนึ่งในพืชที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจของประเทศไทย การคัดเลือกพันธุ์ลูกผสมที่ให้ผลผลิตน้ำยางสูงใช้ระยะเวลายาวนานและมีความแม่นยำต่ำ งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเทคนิค TaqMan ที่สามารถตรวจสอบเครื่องหมายสนิป ซึ่งสัมพันธ์กับผลผลิตน้ำยางของต้นยางพาราในช่วงฤดูแล้งและช่วงฤดูฝนอย่างมีประสิทธิภาพ ในตัวอย่างประชากรยางพาราธรรมชาติ สายพันธุ์จากบราซิล โดยเครื่องหมาย SNP6672 มียางพาราที่มีจีโนไทป์ heterozygous A/G ให้ค่าเฉลี่ยผลผลิตน้ำยางเฉลี่ยในช่วงฤดูแล้งลดลง 0.66 และ 0.72 กรัม/ต้น/ครั้งกรีด เมื่อเปรียบเทียบกับจีโนไทป์ homozygous A/A และ G/G และเครื่องหมาย SNP14857 มียางพาราที่มีจีโนไทป์ heterozygous C/T ให้ค่าเฉลี่ยผลผลิตน้ำยางเพิ่มขึ้นในช่วงฤดูแล้ง 1.37 กรัม/ต้น/ครั้งกรีด และในช่วงฤดูฝนเพิ่มขึ้น 3.0 กรัม/ต้น/ครั้งกรีด เมื่อเปรียบเทียบกับจีโนไทป์ homozygous T/T ดังนั้นการใช้เทคนิค TaqMan ในการศึกษาครั้งนี้ช่วยให้สะดวกในการคัดเลือก (marker assisted selection) ผลผลิตน้ำยางในกลุ่มประชากรขนาดใหญ่ โดยช่วยเพิ่มความมั่นใจว่าจะได้สายพันธุ์ยางพาราที่มีความเป็นเลิศภายในระยะเวลาที่สั้นลง
Article Details
เอกสารอ้างอิง
Rubber Planting Area in Rubber Academic Information 2010, The Printing House of the Agricultural Co-operative Federation of Thailand, Ltd., Rubber Research Institue Department of Agriculture, Available Source: http://www.rubber.co.th/rayong/ewt_dl_link.php?nid=58.%20, July 13, 2010. (in Thai)
Venkatachalam, P., Priya, P., Gireesh, T., Amma C.K.S. and Thulaseedharan, A., 2006, Molecular cloning and sequencing of a polymorphic band from rubber tree [Hevea brasiliensis (Muell.) Arg.]: The nucleotide sequence revealed partial homology with proline-specific permease gene sequence, Curr. Sci. 90: 1510-1515.
Lespinasse, D., Grivet, L., Troispoux, V., Rodier-Goud M., Pinard, F. and Seguin, M., 2000, Identification of QTLs involved in the resistance to South American leaf blight (Microcyclus ulei) in the rubber tree, Theor. Appl. Genet. 100: 975-984.
Lespinasse, D., Rodier-Goud, M., Grivet, L., Leconte, A., Legnate, H. and Sequin, M., 2000, A saturated genetic linkage map of rubber tree (Hevea spp.) based on RFLP, AFLP, microsatellite, and isozyme markers, Theor. Appl. Genet. 100: 127-138.
Silva, C.C., Mantello, C.C., Campos, T., Souza, L.0M., Gonçalves, P. and Souza, A.P., 2014, Leaf-, panel- and latex-expressed sequenced tags from the rubber tree (Hevea brasiliensis) under cold-stressed and suboptimal growing conditions: the development of gene-targeted functional markers for stress response, Mol. Breed. 34: 1035-1053.
Hirschhorn, J.N. and Daly, M.J., 2005, Genome-wide association studies for common diseases and complex traits, Nat. Rev. Genet. 6: 95-108.
Syvanen, A.C., 2005, Toward genome-wide SNP genotyping, Nat. genet. 37(Suppl.): S5-10.
Kawuki, R.S., 2009, Identification, characterisation and application of single nucleotide polymorphisms for diversity assessment in cassava (Manihot esculenta Crantz), Mol. breed. 23: 669-684.
Gore, M.A., Wright, M.H., Ersoz, E.S., Bouffard, P., Szekeres, E.S., Jarvie, T.P., Hurwitz, B.L., Narechania, A., Harkins, T.T., Grills, G.S., Ware, D.H. and Buckler, E.S., 2009, Large-scale discovery of gene-enriched SNPs, Plant Genome 2: 121-133.
Huang, X., Wei, X., Sang, T., Zhao, Q., Feng, Q., Zhao, Y., Li, C., Zhu, C., Lu, T., Zhang, Z., Li, M., Fan, D., Guo, Y., Wang, A., Wang, L., Deng, L., Li, W., Lu, Y., Weng, Q., Liu, K., Huang, T., Zhou, T., Jing, Y., Li, W., Lin, Z., Buckler, E.S., Qian, Q., Zhang, Q.F., Li, J. and Han, B., 2010, Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces, Nat. Genet. 42: 961-967.
Chanroj, V., Rattanawong, R., Phumichai, T., Tangphasornruang, S. and Ukoskit, K., 2017, Genome-wide association mapping of latex yield and girth in Amazonian accessions of Hevea brasiliensis grown in a suboptimal climate zone, Genomics 109: 475-484.
Gawel, N.J. and Jarret, R.L., 1991, A modified CTAB DNA extraction procedure for Musa and Ipomoea, Plant Mol. Biol. Rep. 9: 262-266.
Lifetechnology, 2012, Applied Biosystems QuantStudioTM 12K Flex Real-Time PCR System: Multi-Well Plates and Array Card Experiments User Guide (User Guide), (4470050 Rev.A), Appliedbiosystems, Available Source: http://www.lifetechno logies.com, July 13, 2010.
Endo, T., Fujii, H., Yoshioka, T., Omura, M. and Shimada, T. 2020, TaqMan-MGB SNP genotyping assay to identify 48 citrus cultivars distributed in the Japanese market, Breed. Sci. 70: 363-372.
di Rienzo, V., Bubici, G., Montemurro, C. and Cillo, F., 2018, Rapid identification of tomato Sw-5 resistance-breaking isolates of Tomato spotted wilt virus using high resolution melting and TaqMan SNP genotyping assays as allelic discrimination techniques, PLoS ONE 13(4): e0196738. doi:10.1371/journal.pone.0196738
Ukoskit, K., 2006, Genetics, Thammasat University Press, Pathum Thani, 474 p.
