ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ของดีเอ็นเอ–เอ และดีเอ็นเอ–บี ของเชื้อ Tomato leaf curl New Delhi virus–[Thailand:Kanchanaburi:Cucumber:2012] (ToLCNDV–[TH:KR:Cu:12]) สาเหตุอาการใบหงิกของแตงกวา ในจังหวัดกาญจนบุรี

บทคัดย่อ

งานวิจัยนี้เป็นการศึกษาโครงสร้างจีโนมของเชื้อเบโกโมไวรัสที่เข้าทำลายแตงกวาที่แสดงลักษณะอาการใบหงิกโดยไม่แสดงอาการด่างเหลืองจาก อ.เมือง จ.กาญจนบุรี ซึ่งยังไม่มีการรายงานถึงเชื้อสาเหตุของอาการดังกล่าวที่พบในประเทศไทย นำมาสกัดดีเอ็นเอรวมและเพิ่มปริมาณจีโนมของเชื้อเบโกโมไวรัสด้วย เทคนิค Rolling circle amplification (RCA) จากนั้นนำมาตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ BamHI สำหรับ DNA–A และ KpnI สำหรับ DNA–B จากการหาลำดับเบส พบว่า DNA–A มีขนาด 2,738 คู่เบส ประกอบด้วย 8 Open reading frame (ORFs) คือ AV1, AV2, AV3, AC1, AC2, AC3, AC4 และ AC5 ส่วน DNA–B มีขนาด 2,690 คู่เบส ประกอบด้วย 2 ORFs คือ BC1 และ BV1 เมื่อนำข้อมูลจีโนมไปเปรียบเทียบกับเบโกโมไวรัสในฐานข้อมูล Genbank พบว่ามีความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมใกล้ชิดกันอย่างมากกับเชื้อเบโกโมไวรัสสาเหตุโรคใบหงิกของมะเขือเทศที่พบในประเทศอินเดีย คือ Tomato leaf curl New Delhi virus isolate ToLCNDV–OM DNA–A (accession no. GU180095.1) และ DNA–B (accession no. GU180096.1) โดยมีลำดับนิวคลีโอไทด์เหมือนกันถึง 98 และ 94 เปอร์เซ็นต์ตามลำดับ และมีความสัมพันธ์กับจีโนมของเชื้อ ToLCNDV–[TH:Cuc:06] จากใบแตงกวาที่มีรายงานก่อนหน้านี้ ในส่วน DNA–A (accession no. AB330079) และ DNA–B (accession no. AB330080) เท่ากับ 97.26% และ 92.34% ตามลำดับ สำหรับเชื้อเบโกโมไวรัสที่พบในรายงานนี้ได้ตั้งชื่อว่า Tomato leaf curl New Delhi virus–[Thailand:Kanchanaburi:Cucumber:2012] (ToLCNDV–[TH:KR:Cu:12]) เมื่อนำข้อมูลของเชื้อเบโกโมไวรัสที่มีรายงานในประเทศไทยตั้งแต่ปี พ.ศ.2542–2555 ไปวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม พบว่าเชื้อเบโกโมไวรัสที่เข้าทำลายพืชวงศ์แตงมี 2 ชนิด คือ ToLCNDV และ Squash leaf curl China virus (SLCCNV) โดยไม่พบรายงานว่าเข้าทำลายพืชวงศ์อื่น เช่น พืชในวงศ์พริกและมะเขือ และวงศ์ถั่ว ยกเว้นผักหวานบ้านซึ่งมีรายงานการตรวจพบเชื้อ ToLCNDV ก่อนหน้านี้