การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลหวาย หมู่แคลิสตาด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcL และชิ้นดีเอ็นเอระหว่างยีน trnH กับ psbA
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
บทคัดย่อ
กล้วยไม้สกุลหวายเป็นกล้วยไม้สกุลใหญ่ที่นิยมปลูกเลี้ยงกันเป็นจำนวนมาก และมีความสำคัญทางเศรษฐกิจ ปัจจุบันการจำแนกชนิดของกล้วยไม้ด้วยลักษณะสัณฐานทำได้ยาก และสามารถเกิดความผิดพลาดสูง ซึ่งจำเป็นต้องใช้ผู้เชี่ยวชาญในการจำแนก งานวิจัยนี้จึงใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcL และชิ้นดีเอ็นเอระหว่างยีน trnH กับ psbA ประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและจำแนกกล้วยไม้สกุลหวาย หมู่แคลิสตา จำนวน 17 ชนิด โดยการเพิ่มปริมาณชิ้นดีเอ็นเอของยีน rbcL และชิ้นดีเอ็นเอระหว่างยีน trnH กับ psbA ด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส แล้วตรวจสอบลำดับนิวคลีโอไทด์และวิเคราะห์ด้วยโปรแกรม ClustalW จากนั้นสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมด้วยโปรแกรม MEGA7 ผลการศึกษาพบว่าลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcL และชิ้นดีเอ็นเอระหว่างยีน trnH กับ psbA สามารถจำแนกชนิดของกล้วยไม้สกุลหวาย หมู่แคลิสตา 7 และ 15 ชนิด ตามลำดับ เมื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของทั้ง 2 ยีน ร่วมกัน พบว่าจำแนกกล้วยไม้สกุลหวายหมู่แคลิสตาได้ทั้ง 17 ชนิด
คำสำคัญ : กล้วยไม้สกุลหวาย; หมู่แคลิสตา; ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม; ยีน rbcL; ชิ้นดีเอ็นเอระหว่างยีน trnH กับ psbA
Abstract
Dendrobium is the largest genus of orchid. Besides requiring the specialists, morphological identification of orchid species is quite difficult with high error. Therefore, the nucleotide sequences of the specific sites of plastid genes were used to identify 17 species of Dendrobium Section Callista. The plastid genes, rbcL gene and trnH-psbA intergenic spacer region were amplified and sequenced. All sequences were aligned by ClustalW and analyzed genetic relationship using MEGA7. The phylogenetic tree constructing based on the nucleotide sequences of rbcL gene and trnH-psbA intergenic spacer region could distinguish 7 and 15 out of 17 species, respectively. However, when analyzing both genes together, we found that all of 17 species were distinguished.
Keywords: Dendrobium; Callista; genetic relationship; rbcL; trnH-psbA
Article Details
บทความที่ได้รับการตีพิมพ์เป็นลิขสิทธิ์ของคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ข้อความที่ปรากฏในแต่ละเรื่องของวารสารเล่มนี้เป็นเพียงความเห็นส่วนตัวของผู้เขียน ไม่มีความเกี่ยวข้องกับคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี หรือคณาจารย์ท่านอื่นในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ผู้เขียนต้องยืนยันว่าความรับผิดชอบต่อทุกข้อความที่นำเสนอไว้ในบทความของตน หากมีข้อผิดพลาดหรือความไม่ถูกต้องใด ๆ
References
จินต์ ทองสม, ภัทรพร คุ้มภัย, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2558, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลแวนด้า หมู่เข็มโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcLและชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, ว. วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 994-1005.
จุฑามาศ เจียมเจือจันทร์, ธีระชัย ธนานันต์ และ นฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความ สัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลก้านก่อด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol 6: 324-337.
ทีปกา มีเสงี่ยม, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลรองเท้านารีกลุ่มใบลายด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol. 6: 347-357.
นฤมล ธนานันต์, ภัทรา หงษ์ทองดี, วรุณธร เชื้อบุญมี และธีระชัย ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการระบุชนิดของกล้วยไม้สกุลเอื้องเทียนด้วยลาดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol. 6: 22-32.
นฤมล ธนานันต์, วริสรา แทนสง่า และธีระชัย ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของตำแหน่งจำเพาะ, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 22: 664-673.
นฤมล ธนานันต์, วิภาวรรณ ประสิทธ์ และธีระชัย ธนานันต์, 2555, การจำแนกข้าวพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 และพันธุ์ปรับปรุงจากพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 1: 169-179.
ปิยดา บุสดี, นฤมล ธนานันต์ และธีระชัย ธนานันต์, 2559, การจำแนกพันธุ์มะม่วงในประเทศไทย จากลำดับดีเอ็นเอของยีน rpoC1 และ rbcL, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 983-993.
พรประภา ศิริเทพทวี, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยไม้สกุลรองเท้านารีกลุ่มใบสีเขียวด้วยลาดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rpoC1 และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, Thai J. Sci. Technol.
6: 338-346.
มาลินี อนุพันธ์สกุล, 2538, กล้วยไม้, พิมพ์ครั้งที่ 1, สำนักพิมพ์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, กรุงเทพฯ.
Chase, M.W., Cowan, R.S., Hollingsworth, P.M., VanderBerg, C., Madrinan, S., Petersen, G., Seberg, O., Jorgsensen, T., Cameron-Kenneth, M., Carine, M., Pedersen, N., Hedderson-Terry, H., Conrad, F., Salazar-Gerardo, A., Richardson-James, E., Hollingsworth-Michelle, L., Barraclough-Timothy, G., Kelly, L. and Wilkinson, M., 2007, A proposal for a standardized protocol to barcode all land plants, Taxon 56: 295-299.
Doyle, J.J. and Doyle, J.L., 1987, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull. 19: 11-15.
Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L. and Deward, J.R., 2003, Biological identifications through DNA barcodes, Proc. Royal Soc. B. 270: 313-321.
Kress, W.J. and Erickson, D.L., 2007, A two-locus global DNA barcode for land plants: The coding rbcL gene complements the non-coding trnH-psbA spacer region, PLoS One 2(6): e508.
Kress, W.J., Wurdack, K.J., Zimmer, E.A., Weigt, L.A. and Janzen, D.H., 2005, Use of DNA barcodes to identify flowering plants, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 23: 8369-8374.
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1626 p.
Soltis, D.E. and Soltis, P.S., 1998, Choosing an approach and an appropriate gene for phylogenetic analysis, pp.1-42, In Soltis, D.E., Soltis, P.S. and Doyle, J.J. (Eds.), Molecular Systematics of Plants II: DNA Sequencing, Springer, New York.