การวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของนิวเคลียร์ไรโบโซมอลไอทีเอสในบัวประดับสกุล Nymphaea ของประเทศไทย
Article Sidebar
Main Article Content
บทคัดย่อ
บทคัดย่อ
การวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของนิวเคลียร์ไรโบโซมอลไอทีเอส (nrITS) เพื่อการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมในบัวประดับสกุล Nymphaea ของประเทศไทยรวม 14 สายพันธุ์ ด้วยโปรแกรม BioEdit พบลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ ITS (internal transcribed spacer) ยาวประมาณ 900 คู่เบส ซึ่งประกอบด้วยบางส่วนของยีน 18S, ITS1, ยีน 5.8S, ITS2 และบางส่วนของยีน 26S โดยลำดับนิวคลีโอไทด์ของ ITS1 และ ITS2 มีความหลากหลายมากกว่าส่วนของยีน 18S, 5.8S และ 26S ลำดับนิวคลีโอไทด์ของ ITS1 ยาวกว่า ITS2 แต่ ITS1 มีค่า GC content น้อยกว่า ITS2 พบว่าบัวประดับทั้ง 14 สายพันธุ์ มีความยาวของ 5.8S เท่ากัน คือ 156 คู่เบส เมื่อสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ (phylogenetic tree) จากลำดับนิวคลีโอไทด์ของนิวเคลียร์ไรโบโซมอลไอทีเอสของบัวประดับสกุล Nymphaea ทั้ง 14 สายพันธุ์ ด้วยโปรแกรม MEGA6 โดยวิธี maximum likelihood ทดสอบความเชื่อมั่นด้วยค่า bootstrap จำนวน 1,000 ซ้ำ พบว่าสามารถแบ่งตัวอย่างบัวที่ศึกษาเป็น 5 กลุ่ม ของสกุลย่อยต่างๆ คือ บัวประดับสกุลย่อย Anecphya บัวประดับสกุลย่อย Brachyceras บัวประดับลูกผสมข้ามสกุลย่อย (intersubgeneric hybrid) ระหว่างสกุลย่อย Nymphaea กับ Brachyceras บัวประดับสกุลย่อย Lotos และบัวประดับสกุลย่อย Nymphaea สอดคล้องกับการจัดจำแนกบัวประดับตามหลักพฤกษศาสตร์
คำสำคัญ : บัวประดับ; นิวเคลียร์ไรโบโซมอลไอทีเอส; แผนภูมิความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ
Article Details
บทความที่ได้รับการตีพิมพ์เป็นลิขสิทธิ์ของคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ข้อความที่ปรากฏในแต่ละเรื่องของวารสารเล่มนี้เป็นเพียงความเห็นส่วนตัวของผู้เขียน ไม่มีความเกี่ยวข้องกับคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี หรือคณาจารย์ท่านอื่นในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ผู้เขียนต้องยืนยันว่าความรับผิดชอบต่อทุกข้อความที่นำเสนอไว้ในบทความของตน หากมีข้อผิดพลาดหรือความไม่ถูกต้องใด ๆ
เอกสารอ้างอิง
Borsch, T., Hilu, K.W., Wiersema, J.H., Löhne, C., Barthlott W. and Wilde, V., 2007, Phylogeny of Nymphaea (Nymphaeaceae): Evidence from substitutions and microstructural changes in the chloroplast trnT-trnF region, Int. J. Plant Sci. 168: 639-671.
Buckler E.S., Ippolito, A. and Holtsford, T.P., 1997, The evolution of ribosomal DNA: divergent paralogues and phylogenetic implications, Genetics 145: 821-832.
Conrad, H.S., 1905, The waterlilies: A Monograph of the Genus Nymphaea, The Carnegie Institution of Washington, Washington.
Dkhar, J., Kumaria, S., Rama Rao, S. and Tandon, P., 2012, Sequence characteristics and phylogenetic implications of the nrDNA internal transcribed spacers (ITS) in the genus Nymphaea with focus on some Indian representatives, Plant. Syst. Evol. 298: 93-108.
Doran, A.S., Les, D.H. and Moody, M.L., 2004, Nymphaea ‘William Phillips’ a new Intersubgeneric hybrid, HortScience 39: 446-447.
Doyle, J.J. and Doyle, J.L., 1987, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull. 19: 11-15.
Hall, T.A., 1999. BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Window 95/98/NT, pp. c1979-c2000, In Nucleic Acids Symposium Series, Vol. 41. No. 41, Information Retrieval Ltd., London.
Hao, D.C., Chen, S.L., Xiao, P.G. and Peng, Y., 2010, Authentication of medicinal plant by DNA-based marker and genomics, Chin. Herb. Med. 2: 250-261.
International Waterlily Collection, 2018, IWC News & Information Multiple Information Categories, Available Source: https://www.internationalwaterlilycollection.com/?page_id=4661, November 17, 2018.
IWGS, 2018, IWGS Events & Competitions, Available Source: http://iwgs.org/events, August 10, 2018.
Les, D.H., Doran, A.S., Moody, M.L. and Phillips, W.E., 2004, A genetically confirmed intersubgeneric hybrid in Nymphaea L. (Nymphaeaceae Salisb.), HortScience 39: 219-222.
Löhne, C., Borsch, T., Jacobs, S.W.L., Hellquist, C.B. and Wiersema, J.H., 2008, Nuclear and plastid DNA sequences reveal complex reticulate patterns in Australian water-lilies (Nymphaea subgenus Anecphya, Nymphaeaceae), Aust. Syst. Bot. 21: 229-250.
Schneider, E.L. and Williamson, P.S., 1993, Nymphaeaceae, pp. 486-493, In Kubitzki, K., Rohwer, J.G. and Bittrich, V. (Eds.), The Families and Genera of Vascular Plants Vol. 2, Springer, Berlin.
Sultana, S., Lim, Y.P., Bang, J.W. and Choi, H.W., 2011, Internal transcribed spacer (ITS) and genetic variations in Lilium native to Korea, Hort. Environ. Biotechnol. 52: 502-510.
Songpanich, P. and Hongtrakul, V., 2010, Intersubgeneric cross in Nymphaea spp. L. to develop a blue hardy waterlily, Sci. Hort. 124: 475-481.
Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. and Kumar, S., 2013, MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0, Mol. Biol. Evol. 30: 2725-2729.
Walter Pagels, 2000, Chromosome Counts Of Waterlilies And Other Nymphaeaceae, Available Source: http://www.victoria-adventure.org/waterlilies/walter_chromosome_counts.html, November 17, 2018.
Wheeler, W.C. and Honeycutt, R.L., 1988, Paired sequence difference in ribosomal RNAs: Evolutionary and phylogenetic implications, Mol. Biol. Evol. 5: 90-96.
White, T.J., Burns, T., Lee, S. and Taylor, J., 1990, Amplification and Direct Sequencing of Fungal Ribosomal RNA Genes for Phylogenetics, pp. 315-322, In Innis, M.A., Gelfand, D.H., Sninsky, J.J. and White, T.J. (Eds.), PCR protocols: A Guide to Methods and Applications, Academic Press, New York.
Yakovchuk, P., Protozanova, E. and Frank-Kamenetskii, M.D., 2006, Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix, Nucl. Acids Res. 34: 564-574.
Yang, C., Yang, L., Li, Y., Zhang, G., Zhang, C. and Wang, W., 2016, Sequence characteristics and phylogenetic implications of the nrDNA internal transcribed spacers (ITS) in Protospecies and Landraces of sugarcane (Saccharum officinarum L.), Sugar Tech. 18: 8-15.
Zeng, Q., Chen, H., Zhang, C., Han, M., Li, T., Qi, X., Xiang, Z. and He, N., 2015, Definition of eight mulberry species in the genus Morus by internal transcribed spacer-based phylogeny, PLoS ONE 10(8): e0135411.
