การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการระบุพันธุ์กล้วยไม้รองเท้านารีกลุ่มใบลายโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ ของยีน rbcL และ matK
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
Abstract
Lady’s slipper is one of the most economically important orchid in Thailand. At present, identification of orchid species is important but identification based on morphology is difficult. Besides, Paphiopedilum are risky to be extincted. So, we analyzed the phylogenetic tree and identification of 22 varieties of mottled-leaf Paphiopedilum base on nucleotide sequences of rbcL and matK genes. The universal primer sets were used to amplify rbcL and matK genes by polymerase chain reaction (PCR) and the PCR products were sequenced. Then, the multiple sequence alignment were analyzed by ClustalW and the phylogenetic tree were constructed base on the nucleotide sequences by MEGA7. The phylogenetic tree constructed from single-locus resulting in low effective power for identification. When combination of rbcL and matK sequences were used, the effective power for identification were better than single-locus. Therefore, the combination of multi-locus were recommended to improve the effectiveness of identification of mottled-leaf Paphiopedilum.
Keywords: Lady’s slipper; Paphiopedilum; identification; genetic relationship; nucleotide sequence
Article Details
References
[2] วิชรุจญ์ ทองคำ, ณัฐา โพธาภรณ์ และฉันทลักษณ์ ติยายน. 2558. ความสามารถในการผสมข้ามสกุลย่อยของกล้วยไม้รองเท้านารีบางชนิด, ว.เกษตร 3: 241-249.
[3] กรมวิชาการเกษตร, 2518, คู่มือจำแนกพืชอนุรักษ์ตาม พ.ร.บ., หน้า ข-จ, กระทรวงเกษตรและสหกรณ์, กรุงเทพฯ.
[4] CBOL Plant working Group, 2009, A DNA barcode for land plants, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 106: 12794-12797.
[5] นฤมล ธนานันต์, เกียรติชัย แซ่ไต่ และธีระชัย ธนานันต์, 2557, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สิงโตกลอกตาหมู่สิงโตสยามโดยใช้ลาดับนิวคลีโอไทด์ของยีนจำเพาะ, ว. วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 523-530.
[6] Wolfe, A.D. and de Pamphilis, C.W., 2016, The effect of relaxed functional constraints on the photosynthetic gene rbcL in photosynthetic and nonphotosynthetic parasitic plants, Mol. Biol. Evol. 15: 1243-1258.
[7] Hilu, K.W., Borsch, T., Muller, K., Soltis, D.E., Soltis, P.S., Savolainen, V., Chase, M.W., Powell, M.P., Alice, L.A., Evans, R., Saquet, H., Neinhuis, C., Slotta, T.A.B., Rohwer, J.G., Campbell, C.S. and Chatrou, L.W., 2003, Angiosperm phylogeny based matK sequence information, Am. J. Bot. 90: 1758-1776.
[8] Selvaraj, D., Sarma, R.K. and Sathishkumar, R., 2008, Phylogenetic analysis of chloroplast matK genefrom Zingiberaceae for plant DNA barcoding, Bioinformation 3: 24-27.
[9] Guo, Y.Y., Huang, L.Q., Liu, H.J. and Wang, X.Q., 2016, Promise and challenge of DNA barcoding in Venus Slipper (Paphiopedilum), PLoS One, 11: 1-13.
[10] นฤมล ธนานันต์, จาตุรงค์ สัมฤทธิ์ และธีระชัย ธนานันต์, 2557, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของข้าวมีสีโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcL และ rpoC1, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 22: 674-682.
[11] จินต์ ทองสม, ภัทรพร คุ้มภัย, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2558, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcL และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 994-1005.
[12] นฤมล ธนานันต์, ฐิติพร โท้มโสภา และธีระชัย ธนานันต์, 2558, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลหวายกลุ่มเอื้องสายโดยใช้ลาดับนิวคลีโอไทด์ของยีน matK และ rpoC1, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 1-10.
[13] ธีระชัย ธนานันต์, จุฑาทิพย์ พันธ์รูปท้าว และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการระบุพันธุ์กล้วยไม้สกุลหวาย หมู่ไนโกรเฮอร์ซูเธ และลูกผสมด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน matK และ rbcL, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 25: 579-590.
[14] Doyle, J.J., and Doyle, J.L., 1987, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull. 19: 11-15.
[15] นฤมล ธนานันต์, วิภาวรรณ ประสิทธิ์ และธีระชัย ธนานันต์, 2555, การจำแนกข้าวสายพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 และสายพันธุ์ปรับปรุงจากสายพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 1: 169-179.
[16] Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor
Laboratory, New York.
[17] Parveen, I., Singh, H.K., Raguvanshi, S., Pradhan, U.C. and Babbar, S.B., 2012, DNA barcoding of endangered Indian Paphiopedilum species, Mol. Ecol. Resour 12: 82-90.
[18] Kress, W.J., Wurdack, K.J., Zimmer, E.A., Weigt, L.A. and Janzen, D.H., 2005, Use of DNA barcodes to identify flowering plants, Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 102: 8369-8374.
[19] Gielly, L. and Taberlet, P., 1994, The use of chloroplast DNA to resolve plant phylogenies: Noncoding versus rbcL sequences, Mol. Biol. Evol. 5: 769-777.
[20] Fazekas, A.J., Burgess, K.S., Kesanakurti, P.R., Graham, S.W., Newmaster, S.G., Husband,B.C., Percy, D.M., Hajibabaei, M. and Barrett, S.C.H., 2008, Multiple multilocus DNA barcodes from the plastid genome discriminate plantspecies equally well, PLoS One 3: e2802.
[21] Chemisquy, M.A. and Morrone, O., 2012, Molecular phylogeny of Gavilea (Chloraeinae: Orchidaceae) using plastid and nuclear markers, Mol. Phylogenet. Evol. 62: 889-897.