การพัฒนาเครื่องหมาย RAPD-SCAR เพื่อใช้ในการระบุชนิดบัวสายสกุล Nymphaea
Article Sidebar
Published:
Jan 18, 2018
Keywords:
RAPD DNA marker waterlily Nymphaea
Main Article Content
Abstract
Abstract
RAPD-SCAR markers were developed for waterlily species identification among 27 samples of three subgenera, namely Anecphya, Nymphaea and Lotos. Thirty RAPD primers were screened and 18 primers (60 %) showed polymorphic bands. Four SCAR markers were obtained for 7 waterlily samples in subgenus Anecphya. NYM007 primer provides a specific band for N. atrans and N. immutabilis while the NYM010 could amplify only N. gigantea var. neorosea. Two SCAR markers were used for 10 waterlily samples in subgenus Nymphaea and NYM005 provides a specific band for Nymphaea ‘Sunrise’. The other two SCAR markers were developed for 10 waterlily samples in subgenus Lotos but no marker was obtained to specify this subgenus. Therefore, this study provides three RAPD-SCAR markers for identifying waterlily species in subgenus Anecphya and Nymphaea.
Keywords: RAPD; DNA marker; waterlily; Nymphaea
Article Details
Section
Biological Sciences
References
[1] Verdcourt, B., 1989, Flora of tropical East Africa Nymphaeaceae, Balkema, Rotterdam, 14 p.
[2] Borsch, T., Hilu, K.W., Wiersema, J.H., Lohne, C., Barthlott, W. and Wildes, V., 2007, Phylogeny of Nymphaea (Nymphaeaceae): Evidence from substitutions and microstructure changes in the chloroplast trnT-trnL region, Int. J. Pl. Sci. 168: 639-671.
[3] Volkowa, P.A. and Shipunov, A.B., 2007, Morphological variation of Nymphaea (Nymphaeaceae) in European Russia, Nord. J. Bot. 25: 329-338.
[4] มลิวรรณ นาคขุนทด, 2554, การเปรียบเทียบลักษณะทางสัณฐานวิทยาของละอองเรณูในบัวสายเขตอบอุ่นและเขตร้อน, ว.วิทยาศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยราชภัฏพิบูลสงคราม 12: 60-73.
[5] Slocum, P.D., 2005, Waterlilies and Lotuses: Species, Cultivars, and New Hybrids, Portland, Oregon, 265 p.
[6] Sharma, S., 1993. The 1837-1838 famine in U.P.: Some dimensions of popular action, Ind. Econ. Soc. Hist. Rev. 30: 337-372.
[7] มลิวรรณ นาคขุนทด และวสันต์ เอื้อมลฉัตร, 2555, การจัดจำแนกพืชสกุลบัวสาย (Genus Nymphaea L.) โดยใช้วิธีการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ trnT-L, ว.วิทยาศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร 6: 11-20.
[8] มลิวรรณ นาคขุนทด และณัฐวุฒิ วงศ์อนันต์, 2556, ความหลากหลายของรูปแบบนิวคลีโอไทด์บริเวณ ribosomal DNA ในบัวกินสาย, น. 322, การประชุมวิชาการระดับชาติ วิทยาศาสตร์วิจัย ครั้งที่ 5, มหาวิทยาลัยพะเยา, พะเยา.
[9] มลิวรรณ นาคขุนทด, 2557, ซิสเต็มมาติกระดับโมเลกุลของบัวสายสกุลย่อย Lotos โดยใช้ดีเอ็นเอในคลอโรพลาสต์และนิวเคลียส, น. 69, การประชุมวิชาการพฤกษศาสตร์แห่งประเทศไทย ครั้งที่ 8, มหาวิทยาลัยเชียงใหม่, เชียงใหม่.
[10] ภริตา ต้นสายเพ็ชร และเฌอมาลย์ วงศ์ชาวจันท์, 2555, การพัฒนาเครื่องหมาย RAPD-SCAR เพื่อใช้ในการคัดเลือกพันธุ์ไพล, น. 406-412, การประชุมทางวิชาการของมหาวิทยาลัยเกษตร ศาสตร์ ครั้งที่ 50 : สาขาส่งเสริมการเกษตรและคหกรรมศาสตร์ สาขาพืช, มหาวิทยาลัยเกษตร ศาสตร์, กรุงเทพฯ.
[11] จันทร์เพ็ญ สะระ, ฉันทนา วิชรัตน์, ธีรนุช เจริญกิจ และแสงทองพงษ์เจริญกิต, 2556, การพัฒนาเครื่องหมาย SCAR เพื่อใช้ในการจำแนกลำไยลูกผสมระหว่างพันธุ์ดอ 27 และสีชมพู, น. 244-247, การประชุมวิชาการพันธุศาสตร์แห่งชาติ ครั้งที่ 18, โรงแรมแอมบาสเดอร์ สุขุมวิท, กรุงเทพฯ.
[12] Sairkar, P.K., Sharma, A. and Shukla, N.P., 2016, SCAR marker for identification and discrimination of Commiphora wightii and C. myrrha, Mol. Biol. Int. 2016: Article ID 1482796.
[13] Poczai, P., Matyas, K.K., Szabo, I., Varga, I., Hyvonen, J., Cernak, I., Gorji, A.M., Decsi, K. and Taller, J., 2011, Genetic variability of Thermal Nymphaea (Nymphaeaceae) populations based on ISSR markers: Implications on relationships, hybridi-zation and conservation, Plant Mol. Biol. Rep. 29: 906-918.
[14] Les, D.H., Moody, M.L. and Doran, A.S., 2004, A genetically confirmed inter-subgeneric hybrid in Nymphaea L. (Nymphaeaceae Salisb.), Hort. Science 39: 219-222.
[15] Puripunyavanich, V., La-ongsri, W., Boonsirichai, K. and Chukiatman, P., 2014, Nymphaea siamensis, the new species of waterlily in Thailand, Acta. Hort. 1035: 87-98.
[16] Agrawal, G.K., Pandey, R.N. and Agrawal, V.P., 1992, Isolation of DNA from Cheorospondias asillaris leaves. Biotech Biodiv. 2: 19-24.
[17] Doyle, J. and Doyle, J. 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin 19: 11-15.
[18] วสันต์ เอื้อมลฉัตร, 2555, การจัดจำแนกพืชสกุลบัวสาย (Genus Nymphaea L.) โดยใช้วิธีการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ในคลอโรพลาสต์, วิทยานิพนธ์ปริญญาโท มหาวิทยาลัยนเรศวร, นเรศวร, 90 น.
[19] มลิวรรณ นาคขุนทด และปัทมา เสนทอง, 2552, การตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรมของสบู่ดำในประเทศไทยด้วยวิธีอาร์เอพีดี, ว.วิทยาศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร, 6: 55-65.
[20] Lohne, C., Borsch, T., Jacobs, S.W.L., Hellquist, C.B. and Wiersema, J.H., 2008, Nuclear and plastid DNA sequences reveal complex reticulate patterns in Australian water lilies (Nymphaea subgenus Anecphya, Nymphaeaceae), Austral. Syst. Bot. 21: 229-250.
[2] Borsch, T., Hilu, K.W., Wiersema, J.H., Lohne, C., Barthlott, W. and Wildes, V., 2007, Phylogeny of Nymphaea (Nymphaeaceae): Evidence from substitutions and microstructure changes in the chloroplast trnT-trnL region, Int. J. Pl. Sci. 168: 639-671.
[3] Volkowa, P.A. and Shipunov, A.B., 2007, Morphological variation of Nymphaea (Nymphaeaceae) in European Russia, Nord. J. Bot. 25: 329-338.
[4] มลิวรรณ นาคขุนทด, 2554, การเปรียบเทียบลักษณะทางสัณฐานวิทยาของละอองเรณูในบัวสายเขตอบอุ่นและเขตร้อน, ว.วิทยาศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยราชภัฏพิบูลสงคราม 12: 60-73.
[5] Slocum, P.D., 2005, Waterlilies and Lotuses: Species, Cultivars, and New Hybrids, Portland, Oregon, 265 p.
[6] Sharma, S., 1993. The 1837-1838 famine in U.P.: Some dimensions of popular action, Ind. Econ. Soc. Hist. Rev. 30: 337-372.
[7] มลิวรรณ นาคขุนทด และวสันต์ เอื้อมลฉัตร, 2555, การจัดจำแนกพืชสกุลบัวสาย (Genus Nymphaea L.) โดยใช้วิธีการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ trnT-L, ว.วิทยาศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร 6: 11-20.
[8] มลิวรรณ นาคขุนทด และณัฐวุฒิ วงศ์อนันต์, 2556, ความหลากหลายของรูปแบบนิวคลีโอไทด์บริเวณ ribosomal DNA ในบัวกินสาย, น. 322, การประชุมวิชาการระดับชาติ วิทยาศาสตร์วิจัย ครั้งที่ 5, มหาวิทยาลัยพะเยา, พะเยา.
[9] มลิวรรณ นาคขุนทด, 2557, ซิสเต็มมาติกระดับโมเลกุลของบัวสายสกุลย่อย Lotos โดยใช้ดีเอ็นเอในคลอโรพลาสต์และนิวเคลียส, น. 69, การประชุมวิชาการพฤกษศาสตร์แห่งประเทศไทย ครั้งที่ 8, มหาวิทยาลัยเชียงใหม่, เชียงใหม่.
[10] ภริตา ต้นสายเพ็ชร และเฌอมาลย์ วงศ์ชาวจันท์, 2555, การพัฒนาเครื่องหมาย RAPD-SCAR เพื่อใช้ในการคัดเลือกพันธุ์ไพล, น. 406-412, การประชุมทางวิชาการของมหาวิทยาลัยเกษตร ศาสตร์ ครั้งที่ 50 : สาขาส่งเสริมการเกษตรและคหกรรมศาสตร์ สาขาพืช, มหาวิทยาลัยเกษตร ศาสตร์, กรุงเทพฯ.
[11] จันทร์เพ็ญ สะระ, ฉันทนา วิชรัตน์, ธีรนุช เจริญกิจ และแสงทองพงษ์เจริญกิต, 2556, การพัฒนาเครื่องหมาย SCAR เพื่อใช้ในการจำแนกลำไยลูกผสมระหว่างพันธุ์ดอ 27 และสีชมพู, น. 244-247, การประชุมวิชาการพันธุศาสตร์แห่งชาติ ครั้งที่ 18, โรงแรมแอมบาสเดอร์ สุขุมวิท, กรุงเทพฯ.
[12] Sairkar, P.K., Sharma, A. and Shukla, N.P., 2016, SCAR marker for identification and discrimination of Commiphora wightii and C. myrrha, Mol. Biol. Int. 2016: Article ID 1482796.
[13] Poczai, P., Matyas, K.K., Szabo, I., Varga, I., Hyvonen, J., Cernak, I., Gorji, A.M., Decsi, K. and Taller, J., 2011, Genetic variability of Thermal Nymphaea (Nymphaeaceae) populations based on ISSR markers: Implications on relationships, hybridi-zation and conservation, Plant Mol. Biol. Rep. 29: 906-918.
[14] Les, D.H., Moody, M.L. and Doran, A.S., 2004, A genetically confirmed inter-subgeneric hybrid in Nymphaea L. (Nymphaeaceae Salisb.), Hort. Science 39: 219-222.
[15] Puripunyavanich, V., La-ongsri, W., Boonsirichai, K. and Chukiatman, P., 2014, Nymphaea siamensis, the new species of waterlily in Thailand, Acta. Hort. 1035: 87-98.
[16] Agrawal, G.K., Pandey, R.N. and Agrawal, V.P., 1992, Isolation of DNA from Cheorospondias asillaris leaves. Biotech Biodiv. 2: 19-24.
[17] Doyle, J. and Doyle, J. 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin 19: 11-15.
[18] วสันต์ เอื้อมลฉัตร, 2555, การจัดจำแนกพืชสกุลบัวสาย (Genus Nymphaea L.) โดยใช้วิธีการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ในคลอโรพลาสต์, วิทยานิพนธ์ปริญญาโท มหาวิทยาลัยนเรศวร, นเรศวร, 90 น.
[19] มลิวรรณ นาคขุนทด และปัทมา เสนทอง, 2552, การตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรมของสบู่ดำในประเทศไทยด้วยวิธีอาร์เอพีดี, ว.วิทยาศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร, 6: 55-65.
[20] Lohne, C., Borsch, T., Jacobs, S.W.L., Hellquist, C.B. and Wiersema, J.H., 2008, Nuclear and plastid DNA sequences reveal complex reticulate patterns in Australian water lilies (Nymphaea subgenus Anecphya, Nymphaeaceae), Austral. Syst. Bot. 21: 229-250.