การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของข้าวมีสีโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcL และ rpoC1
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
บทคัดย่อ
ข้าวเป็นธัญพืชหลักของโลกชนิดหนึ่งที่ให้สารอาหารประเภทคาร์โบไฮเดรต ข้าวมีสีเป็นข้าวที่มีแร่ธาตุและวิตามินที่สำคัญมากกว่าข้าวขาวทั่วไป อย่างไรก็ตาม ข้าวมีสีมีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูงและการจำแนกพันธุ์ด้วยการใช้ลักษณะสัณฐานมักมีความยุ่งยาก ดังนั้นการวิจัยครั้งนี้จึงใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcL และ rpoC1 เพื่อตรวจสอบข้าวมีสี 10 พันธุ์ ซึ่งเป็นข้าวเจ้า 8 พันธุ์ และข้าวเหนียว 2 พันธุ์ โดยเพิ่มปริมาณชิ้นดีเอ็นเอตำแหน่งจำเพาะดังกล่าวด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส แล้วนำไปตรวจสอบลำดับนิวคลีโอไทด์ หลังจากนั้นจึงวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ด้วยโปรแกรม ClustalW2 และ MEGA 4.0.2 ผลการวิเคราะห์พบว่าข้าวมีสีมีความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมสูง แต่ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcL และ rpoC1 ในข้าวมีสีทั้ง 10 พันธุ์ มีความแตกต่างกัน 50 และ 6 ตำแหน่ง ตามลำดับ ซึ่งสามารถประยุกต์ใช้ในการจำแนกพันธุ์ข้าวมีสีได้
คำสำคัญ : ข้าวมีสี; ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม; การจำแนก; ยีน rbcL; ยีน rpoC1
Abstract
Rice is a cereal of the world and one of the dietary carbohydrates. The colored rice has generally more important minerals and vitamins than white rice. However, identification of the colored rice cultivars with high genetic diversity by morphology was frustrated. In this research, the nucleotide sequences of rbcL and rpoC1 genes were used to identification of 10 colored rice cultivars, consists of 8 non-glutinous rice and 2 glutinous rice cultivars. Polymerase chain reaction (PCR) was used to amplification of rbcL and rpoC1 fragments and after that the PCR products were sequenced. Then, the nucleotide sequences were analyzed by ClustalW2 for multiple sequence alignment and phylogenetic tree were constructed by MEGA 4.0.2. The results show that the colored rice cultivars were highly genetic relationships, but the nucleotide sequences of rbcL and rpoC1 genes had 50 and 6 polymorphic sites, respectively. These polymorphic sites capable apply to identification of the colored rice cultivars.
Keywords: colored rice; genetic relationship; identification; rbcL gene; rpoC1 gene