การจำแนกเชื้อแบคทีเรียสาเหตุโรครวงไหม้ และเมล็ดด่างของข้าวโดยการวิเคราะห์ลำดับเบสของกลุ่มยีน

บทคัดย่อ

เชื้อแบคทีเรียสาเหตุโรครวงไหม้ของข้าวจำนวน 46 ไอโซเลท ที่เก็บตัวอย่างในช่วงปี พ.ศ. 2554–2556 เมื่อนำมาทดสอบคุณสมบัติทางสัณฐานวิทยา และชีวเคมีพบว่าเป็นแบคทีเรียแกรมลบ ท่อนสั้น ขนาดประมาณ 0.53–0.57x2–2.5 μm มีการสะสมของ Poly–β–hydroxybutyrate โคโลนีสีขาวออกเทา กลมนูนเล็กน้อย ขอบเรียบ ต้องการออกซิเจนในการเจริญ (stricky aerobe) เมื่อเลี้ยงบนอาหาร YDC โคโลนีจะกลมนูน สีขาว ไม่สร้างเมือกเยิ้ม สร้างเอนไซม์ oxidase ไม่สร้างเม็ดสีเรืองแสง (fluorescence pigment) แต่สร้างเม็ดสีที่ละลายน้ำ (water–soluble pigment) บนอาหาร King’s B เจริญได้บนอาหารที่มี 3% NaCl และที่มี pH 4, 8 และ 9 ลักษณะโคโลนีบนอาหารจำเพาะ S–PG ที่ใช้ในการแยกเชื้อ Burkholderia glumae พบว่ามีลักษณะโคโลนีทั้งแบบ Type A ลักษณะกลม นูน ขอบเรียบสีน้ำตาลอมแดง และ Type B โคโลนีสีม่วงสะท้อนแสงหรือตรงกลางมีสีม่วงแดง สามารถรีดิวซ์ไนเตรทเป็นไนไตรท์ ใช้เจลาติน แต่ไม่ใช้ arginine urease และแป้ง ซึ่งคล้ายคลึงกับคุณสมบัติของเชื้อ Burkholderia spp. เมื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ยีน 16S rRNA ของเชื้อแบคทีเรียทั้ง 46 ไอโซเลท พบว่าจัดอยู่ในกลุ่มจีนัสเชื้อ Burkholderia และจำนวน 45 ไอโซเลท เกาะกลุ่มย่อยอยู่กับเชื้อ B. glumae เมื่อตรวจสอบด้วยเทคนิค PCR โดยใช้ไพรเมอร์ที่จำเพาะต่อบริเวณ 16S–23S rDNA internal transcribed spacer ของเชื้อ Burkholderia พบว่า 45 ไอโซเลทให้ผลบวกกับไพรเมอร์ของ B. glumae และมีหนึ่งไอโซเลท คือ BGLCN ให้ผลบวกกับไพรเมอร์ของ B. gladioli เนื่องจากในประเทศไทยไม่มีแหล่งเก็บเชื้อมาตรฐาน (type strain) ทางด้านโรคพืช เพื่อให้นำมาใช้ในการศึกษาเปรียบเทียบด้วยเทคนิค DNA–DNA hybridization ซึ่งเป็นวิธีมาตรฐานในการจัดจำแนกชนิดของเชื้อแบคทีเรีย จึงนำเชื้อแบคทีเรียไอโซเลทตัวแทน ได้แก่ 1BGRE5–1, 1BGSP3–4, 1BGCR2–2, 2BGCN4–1, 2BGCN5–2, 3BGNP1–4, 3BGNP2–3, 3BGST2–1, 3BGNY1–1 และ 3BGNY2–4 มาศึกษาจำแนกด้วยวิธีดั้งเดิม และการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วนของยีน 16S rRNA, atpD, gltB, lepA และ recA ด้วยวิธี Multilocus sequence analysis (MLSA) สามารถระบุได้ว่าเชื้อแบคทีเรียทั้ง 10 ไอโซเลท สาเหตุโรครวงไหม้ของข้าวมีคุณสมบัติเหมือนกับของเชื้อ B. glumae