การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของพืชครามสกุล Indigofera ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี
Article Sidebar
Published:
May 1, 2020
Keywords:
indigo plant Indigofera genetic relationship HAT-RAPD
Main Article Content
Abstract
Indigo plant (Indigofera L.) as a small shrub that has indican substance in trunks and leaves. Besides using as a herb, the indican can form natural dye through the process of soaking in the water. This research assessed the genetic relationship of 15 Indigofera samples using high annealing temperature random amplified polymorphic DNA (HAT-RAPD) technique. Seventy-two random primers were screened, and 12 primers could clearly increase the DNA amplification product. The total of 204 DNA bands appeared in sizes ranging from 320 to 3,000 base pairs, resulting in all polymorphism (100 %). In addition, a dendrogram using NTSYS-pc version 2.01e was constructed by unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA). The coefficients of similarity were between 0.24-0.69, and could separate 15 Indigofera samples into 7 groups. The results of this research can be used to plan for further conservation and plant breeding.
Article Details
How to Cite
บัวบาน ศ., ธนานันต์ ธ., & ธนานันต์ น. (2020). การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของพืชครามสกุล Indigofera ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี. Thai Journal of Science and Technology, 9(3), 378–387. https://doi.org/10.14456/tjst.2020.27
Section
วิทยาศาสตร์ชีวภาพ
บทความที่ได้รับการตีพิมพ์เป็นลิขสิทธิ์ของคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ข้อความที่ปรากฏในแต่ละเรื่องของวารสารเล่มนี้เป็นเพียงความเห็นส่วนตัวของผู้เขียน ไม่มีความเกี่ยวข้องกับคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี หรือคณาจารย์ท่านอื่นในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ผู้เขียนต้องยืนยันว่าความรับผิดชอบต่อทุกข้อความที่นำเสนอไว้ในบทความของตน หากมีข้อผิดพลาดหรือความไม่ถูกต้องใด ๆ
References
เกียรติชัย แซ่ไต่, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2557, การจำแนกและวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลสิงโตกลอกตาหมู่สิงโตสยามด้วยเครื่องหมายแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, Thai J. Sci. Technol. 3(2): 92-101.
จาตุรงค์ สัมฤทธิ์, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของข้าวมีสีด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, Thai J. Sci. Technol. 3(2): 113-122.
จินต์ ทองสม, ธีระชัย ธนานันต์, นฤมล ธนานันต์, 2558, ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มด้วยแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23(3): 475-484.
ฐิติพร โท้มโสภา, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลหวายกลุ่มเอื้องสายด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, Thai J. Sci. Technol. 3(2): 82-91.
นรารัตน์ วัฒนาพันธ์ และวุฒิชัย ศรีช่วย, 2561, การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของข้าวพื้นเมืองในจังหวัดชายแดนภาคใต้โดยใช้เทคนิค RAPD และเทคนิค HAT-RAPD, ว.มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ 10(3): 206-217.
นฤมล ธนานันต์, วิภาวรรณ ประสิทธิ์ และธีระชัย ธนานันต์, 2555, การจำแนกข้าวพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 และพันธุ์ปรับปรุงจากพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 1(3): 169-179.
นิ่มนวล จันทรุญ, 2560, คราม : สีย้อมธรรมชาติ, แหล่งที่มา : http://research.msu.ac.th/artcul ture/?p=540, 24 กุมภาพันธ์ 2560.
พีรศักดิ์ วรสุนทโรสถ, 2544, โครงการทรัพยากรพืชในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้, พิมพ์ครั้งที่ 1, ห้างหุ้นส่วนจำกัดชวนพิมพ์, กรุงเทพฯ.
วริสรา แทนสง่า, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบ (Aerides) ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, Thai J. Sci. Technol. 3(2): 102-112.
วริสรา แทนสง่า, ธีระชัย ธนานันต์, บุญหงษ์ จงคิด และนฤมล ธนานันต์, 2557, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกขมิ้นด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 3(1): 29-35.
ศิริญยา คาชิมา, ธีระชัย ธนานันต์, และยงศักดิ์ ขจรผดุงกิตติ, 2562, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยจีโนม AAA ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 8(3): 300-308.
สุรินทร์ ปิยะโชคณากุล, 2552, เครื่องหมายดีเอ็นเอ : จากพื้นฐานสู่การประยุกต์, สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, กรุงเทพฯ.
Anuntalabhochai, S., Chundet, R., Chiangda, J. and Apavatjrut, P., 2002, Genetic diversity within Lychee (LitchiI Chinensis Sonn.), based on RAPD analysis, Int. Soc. Hort. Sci. 575: 253-259.
Collard, B.C.Y. and Mackill, D.J., 2009, Conserved DNA-derived polymorphism (CDDP): A simple and novel method for generating DNA markers in plants, Plant Mol. Biol. Rep. 27: 558-562.
Doyle, J.J. and Doyle, J.L. 1987, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull. 19: 11-15.
Leinemann, L., Kleinschmit, J., Fussi, B., Hosius. B., Kuchma, O., Arenhövel, W., Lemmen, P., Kätzel, R., Rogge, M. and Finkeldey, R., 2014, Genetic composition and differentiation of sloe (Prunus spinosa L.) populations in Germany with respect to the tracing of reproductive plant material, Plant Syst. Evol. 300: 2115-2125.
Mattagajasingh, I., Acharya L., Mukherjee, A.K., Panda, P.C. and Das, P., 2006, Genetic relationships among nine cultivated taxa of Calliandra Benth. (Leguminosae: Mimosoi deae) using random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers, Sci. Hort. 110: 98-103.
Mattapha, S. and Chantaranothai, P., 2012, The genus Indigofera L. (Legumimosae) in Thailand, Trop. Nat. Hist. 12: 207-244.
Meesangiem, T., Damrianant, S., Thanananta, T. and Thanananta, N., 2018, Genetic relationship among Paphiopedilum subgenus Brachypetalum section Brachypetalum using HAT-RAPD markers, Thai J. Sci. Technol. 7(1): 99-105.
Rohlf, F.J., 2002, NTSYS-pc Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System, Applied Biostatistics, New York.
Siritheptawee, P., Damrianant, S., Thanananta, T. and Thanananta, N., 2018, Genetic relationship assessment and identification of strap-leaf Paphiopedilum using HAT-RAPD markers, Sci. Technol. Asia 23(1): 16-21.
Srivastava, R., Shukla, S., Soni, A. and Kumar, A., 2009, RAPD-based genetic relationships in different Bougainvillea cultivars, Crop Breed. Appl. Biotechnol. 9: 154-163.
Suksathan, R., Anuntalabhochai, S., Jampeetong, A., Sookkhee, S. and Chansakaow, S., 2013, A phylogenetic analysis of Thai hedychium (Zingiberaceae) and development of SCAR marker for Hedychium flavescens Carey ex Roscoe, Chiang Mai J. Sci. 41: 286-297.
Williams, J.G.K., Kubelik, A.R., Livak K.J., Rafalski, J.A. and Tingey. S.U., 1990, DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers, Nucl. Acids Res. 8: 6531-6535.
Zhang, F., Lv, Y., Dong, H. and Guo, S., 2010, Analysis of genetic stability through intersimple sequence repeats molecular markers in micropropagated plantlets of Anoectochilus formosanus Hayata, a medicinal plant, Biol. Pharm. Bull. 33: 384-388.
จาตุรงค์ สัมฤทธิ์, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของข้าวมีสีด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, Thai J. Sci. Technol. 3(2): 113-122.
จินต์ ทองสม, ธีระชัย ธนานันต์, นฤมล ธนานันต์, 2558, ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มด้วยแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23(3): 475-484.
ฐิติพร โท้มโสภา, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลหวายกลุ่มเอื้องสายด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, Thai J. Sci. Technol. 3(2): 82-91.
นรารัตน์ วัฒนาพันธ์ และวุฒิชัย ศรีช่วย, 2561, การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของข้าวพื้นเมืองในจังหวัดชายแดนภาคใต้โดยใช้เทคนิค RAPD และเทคนิค HAT-RAPD, ว.มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ 10(3): 206-217.
นฤมล ธนานันต์, วิภาวรรณ ประสิทธิ์ และธีระชัย ธนานันต์, 2555, การจำแนกข้าวพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 และพันธุ์ปรับปรุงจากพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 1(3): 169-179.
นิ่มนวล จันทรุญ, 2560, คราม : สีย้อมธรรมชาติ, แหล่งที่มา : http://research.msu.ac.th/artcul ture/?p=540, 24 กุมภาพันธ์ 2560.
พีรศักดิ์ วรสุนทโรสถ, 2544, โครงการทรัพยากรพืชในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้, พิมพ์ครั้งที่ 1, ห้างหุ้นส่วนจำกัดชวนพิมพ์, กรุงเทพฯ.
วริสรา แทนสง่า, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบ (Aerides) ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, Thai J. Sci. Technol. 3(2): 102-112.
วริสรา แทนสง่า, ธีระชัย ธนานันต์, บุญหงษ์ จงคิด และนฤมล ธนานันต์, 2557, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกขมิ้นด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 3(1): 29-35.
ศิริญยา คาชิมา, ธีระชัย ธนานันต์, และยงศักดิ์ ขจรผดุงกิตติ, 2562, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยจีโนม AAA ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 8(3): 300-308.
สุรินทร์ ปิยะโชคณากุล, 2552, เครื่องหมายดีเอ็นเอ : จากพื้นฐานสู่การประยุกต์, สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, กรุงเทพฯ.
Anuntalabhochai, S., Chundet, R., Chiangda, J. and Apavatjrut, P., 2002, Genetic diversity within Lychee (LitchiI Chinensis Sonn.), based on RAPD analysis, Int. Soc. Hort. Sci. 575: 253-259.
Collard, B.C.Y. and Mackill, D.J., 2009, Conserved DNA-derived polymorphism (CDDP): A simple and novel method for generating DNA markers in plants, Plant Mol. Biol. Rep. 27: 558-562.
Doyle, J.J. and Doyle, J.L. 1987, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull. 19: 11-15.
Leinemann, L., Kleinschmit, J., Fussi, B., Hosius. B., Kuchma, O., Arenhövel, W., Lemmen, P., Kätzel, R., Rogge, M. and Finkeldey, R., 2014, Genetic composition and differentiation of sloe (Prunus spinosa L.) populations in Germany with respect to the tracing of reproductive plant material, Plant Syst. Evol. 300: 2115-2125.
Mattagajasingh, I., Acharya L., Mukherjee, A.K., Panda, P.C. and Das, P., 2006, Genetic relationships among nine cultivated taxa of Calliandra Benth. (Leguminosae: Mimosoi deae) using random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers, Sci. Hort. 110: 98-103.
Mattapha, S. and Chantaranothai, P., 2012, The genus Indigofera L. (Legumimosae) in Thailand, Trop. Nat. Hist. 12: 207-244.
Meesangiem, T., Damrianant, S., Thanananta, T. and Thanananta, N., 2018, Genetic relationship among Paphiopedilum subgenus Brachypetalum section Brachypetalum using HAT-RAPD markers, Thai J. Sci. Technol. 7(1): 99-105.
Rohlf, F.J., 2002, NTSYS-pc Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System, Applied Biostatistics, New York.
Siritheptawee, P., Damrianant, S., Thanananta, T. and Thanananta, N., 2018, Genetic relationship assessment and identification of strap-leaf Paphiopedilum using HAT-RAPD markers, Sci. Technol. Asia 23(1): 16-21.
Srivastava, R., Shukla, S., Soni, A. and Kumar, A., 2009, RAPD-based genetic relationships in different Bougainvillea cultivars, Crop Breed. Appl. Biotechnol. 9: 154-163.
Suksathan, R., Anuntalabhochai, S., Jampeetong, A., Sookkhee, S. and Chansakaow, S., 2013, A phylogenetic analysis of Thai hedychium (Zingiberaceae) and development of SCAR marker for Hedychium flavescens Carey ex Roscoe, Chiang Mai J. Sci. 41: 286-297.
Williams, J.G.K., Kubelik, A.R., Livak K.J., Rafalski, J.A. and Tingey. S.U., 1990, DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers, Nucl. Acids Res. 8: 6531-6535.
Zhang, F., Lv, Y., Dong, H. and Guo, S., 2010, Analysis of genetic stability through intersimple sequence repeats molecular markers in micropropagated plantlets of Anoectochilus formosanus Hayata, a medicinal plant, Biol. Pharm. Bull. 33: 384-388.