Assessment of the genetic relationship of aromatic rice using SCoT molecular marker
Keywords:
Aromatic rice, SCoT molecular marker, Genetic relationshipAbstract
Thailand has significant genetic diversity in rice varieties, and aroma is a primary characteristic representing a high value-added trait. And alleles of the aroma gene are distributed in rice varieties, especially landrace varieties grown in all country regions. This research aimed to study the genetic diversity of 26 aromatic rice varieties using the Start Codon Targets (SCoT) molecular marker. Fourteen SCoT primers were used, and the phylogenetic tree was constructed using NTSYSpc 2.2 program. The results showed that the genetic relationship and cophenetic correlation (r) were 0.60-0.86 and 0.76, respectively. According to genotypic data, the dendrogram showing genetic relationships among 26 aromatic rice genotypes was classified into two major groups according to phenotypic data. This result indicated that the dendrogram might be reliable. The obtained data can be used to plan for future rice conservation and breeding programs.
References
กรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ. (2560). แนวทางการพัฒนาการค้าข้าวหอมมะลิไทยในตลาดโลก. ค้นเมื่อ 10 ตุลาคม 2565. shorturl.at/bcx38
ช่อทิพย์ สกูลสิงหาโรจน์, วราภรณ์ แสงทอง, แสงทอง พงษ์เจริญกิต และศรีเมฆ ชาวโพงพาง. (2558). การโคลนและศึกษาคุณสมบัติของยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์โพรแอนโทไซยานิดินในเมล็ดข้าวเพื่อใช้เป็นยีนเครื่องหมายในการปรับปรุงพันธุ์ข้าว. รายงานการวิจัยฉบับสมบูรณ์ มหาวิทยาลัยแม่โจ้ เชียงใหม่.
ชุติมา เมฆวัน. (2563). แนวทางการสร้างมูลค่าแก่ผลิตภัณฑ์ข้าวพื้นบ้านที่สอดคล้องกับบริบทและวิถีบริโภคในปัจจุบัน
ในพื้นที่อำเภอราศีไศล จังหวัดศรีษะเกษ. วารสารศิลปกรรมศาสตร์ 12(1): 152-179.
นันทกา แสงจันทร์, ทิพย์วรรณ นันใจยะ และอัษฎาวุธ แสงจันทร์. (2561). ระบบฐานข้อมูลเพื่อการวางแผนพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์รายสินค้าของจังหวัดสระบุรี “ข้าว”. กลุ่มสารสนเทศการเกษตร สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดสระบุรี.
สิรินทร์ กุลเสวกกุล, ศันสนีย์ จำจด และต่อนภา ผุสดี. (2562). ความหลากหลายทางพันธุกรรมของข้าวพันธุ์พื้นเมืองที่สูงจากกลุ่มชาติพันธุ์ในภาคเหนือของประเทศไทย. วารสารแก่นเกษตร. 47(5): 901-916.
สุรีพร เกตุงาม. (2557). การปรับปรุงพันธุ์พืชระดับโมเลกุล. อุบลราชธานี: มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี.
Aesomnuk W., Ruengphayak S., Ruanjaichon V., Sreewongchai T., Malumpong C., Vanavichit A., Toojinda T., Wanchana S. and Arikit, S. (2021). Estimation of the genetic diversity and population structure of Thailand’s rice landraces using SNP markers. Agronomy. 11(5): 1-14.
Bryant R.J. and McClung A.M. (2011). Volatile profiles of aromatic and non-aromatic rice cultivars using SPME/GC–MS. Food Chemistry. 124: 501-513.
Buttery R.G., Ling L.C., Juliano B.O. and Turnbauhg J.G. (1983). Cooked rice aroma and 2-acetyl-1-pyrroline. Journal of Agricultural and Food Chemistry. 31: 823-826.
Collard B.C.Y. and Mackill D.J. (2009). Start codon targeted (SCoT) polymorphism: a simple novel DNA marker technique for generating gene-targeted markers in plants. Plant Molecular Biology Reporter. 27: 86-93.
Patidar A., Sharma R., Kotu G.K., Kumar A., Ramakrishnan R.S. and Sharma S. (2022). SCoT markers assisted evaluation of genetic diversity in new plant type (npt) lines of rice. Bangladesh Journal of Botany. 51(2): 335-341.
Ravi M., Geethanjali S., Sameeyafarheen F. and Maheswaran M. (2003). Molecular marker-based genetic diversity analysis in rice (Oryza sativa L.) using RAPD and SSR markers. Euphytica. 133: 243-252.
Sajib A.M., Hossain Md.M., Mosnaz A.T.M.J., Hossain H., Islam Md.M., Ali Md.S. and Prodhan S.H. (2012). SSR marker-based molecular characterization and genetic diversity analysis of aromatic landraces of rice (Oryza sativa L.). Journal of BioScience and Biotechnology. 1(2): 107-116.
Ting-Jang L., Hsiao-Ni C. and Huei-Ju W. (2011). Chemical constituents, dietary fiber, and γ-Oryzanol in six commercial varieties of brown rice from Taiwan. Cereal Chemistry. 88(5): 463-466.
Tsuzuki W., Komba S. and Kotake-Nara E. (2019). Diversity in γ-oryzanol profiles of Japanese black-purple rice varieties. Journal of Food Science and Technology. 56: 2778-2786.
Downloads
Published
Versions
- 2024-02-19 (2)
- 2023-08-30 (1)
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2023 Agriculture and Technology Journal
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
เนื้อหาและข้อมูลในบทความที่ลงตีพิมพ์ในวารสารทดสอบระบบ ThaiJo2 ถือเป็นข้อคิดเห็นและความรับผิดชอบของผู้เขียนบทความโดยตรงซึ่งกองบรรณาธิการวารสาร ไม่จำเป็นต้องเห็นด้วย หรือร่วมรับผิดชอบใดๆ
บทความ ข้อมูล เนื่อหา รูปภาพ ฯลฯ ที่ได้รับการดีพิมพ์ในวารสารทดสอบระบบ ThaiJo2 ถือเป็นลิขสิทธิ์ของวารสารทดสอบระบบ ThaiJo2 หากบุคคลหรือหน่วยงานใดต้องการนำทั้งหมดหรือส่วนหนึ่งส่วนใดไปเผยแพร่หรือเพื่อกระทำการใดๆ จะต้องได้รับอนุญาตเป็นลายลักอักษรณ์จากวารสารทดสอบระบบ ThaiJo2 ก่อนเท่านั้น
