ความแตกต่างทางพันธุกรรมของปลาโจกทรายในแม่น้ำโขง จังหวัดหนองคาย ประเทศไทย
Article Sidebar
Main Article Content
บทคัดย่อ
การศึกษานี้นำเสนอการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมครั้งแรกของ Cyclocheilichthys enoplos ซึ่งเป็นปลาชนิดหนึ่งที่อยู่ในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ และมีบทบาทสำคัญในเศรษฐกิจท้องถิ่นเป็นแหล่งอาหารสำหรับประชาชนในพื้นที่ ในการศึกษานี้ได้ใช้เครื่องหมายสก๊อต (Start Codon Targeted, SCoT, 9 primers) เพื่อประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของปลาโจกทรายสามกลุ่มประชากรจากธรรมชาติในแม่น้ำโขง จังหวัดหนองคาย ประเทศไทย ตัวอย่างปลาที่เก็บมาทั้งหมด 28 ตัวอย่าง ผลการทดสอบพบว่าให้แถบดีเอ็นเอที่ให้โพลิมอร์ฟิซึมรวม 158 แถบ และมีค่า % of polymorphic loci (% P) อยู่ระหว่าง 48.80-85.54 % ประชากรจาก อำเภอรัตนวาปี (RP) มีความแตกต่างทางพันธุกรรมของประชากรสูงที่สุด ในขณะที่ประชากรจาก อำเภอสังคม (SK) มีระดับการแตกต่างทางพันธุกรรมของประชากรที่ต่ำที่สุดค่าความหลากหลายทางพันธุกรรม (heterozygosity; He) และค่าดัชนีความหลากหลายทางพันธุกรรม (Shannon's Information index; I) ของทั้งสามประชากรอยู่ระหว่าง 0.195-0.296 และ 0.285-0.444 ตามลำดับ และแผนภาพจัดกลุ่มความสัมพันธ์จากค่า Nei's genetic distance และแผนภาพความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการจากโปรแกรม NTSYS-PC จัดแบ่งประชากรออกเป็น 2 กลุ่มที่แตกต่างกันอย่างชัดเจน การวิเคราะห์ความแปรปรวนทางพันธุกรรมของประชากรระดับโมเลกุล (AMOVA) ได้แสดงให้เห็นว่าส่วนใหญ่ของความแตกต่างเกิดขึ้นภายในกลุ่มประชากร (87 %) ในขณะที่ความแตกต่างระหว่างกลุ่มประชากรมีค่าน้อย (13 %) โดยการวิจัยนี้จะเป็นข้อมูลเบื้องต้นสำหรับการจัดการประชากรปลาโจกทรายในภูมิภาคนี้
Article Details
References
Almaaty, A. H. A. (2020). Potential of start codon targeted (SCoT) markers and SDS-PAGE to estimate genetic diversity and relationships among three gastropods species from the Mediterranean Sea, Port Said, Egypt. Egyptian Journal of Aquatic Biology and Fisheries, 24(Spec. issue 7), 133-143. doiI:10.21608/ejabf.2020.118135
Baran, E., Baird, I. G., & Cans, G. (2005). Fisheries bioecology at the Khone Falls (Mekong River, Southern Laos). Penang, Malaysia: WorldFish Center.
Buj, I., Marčić, Z., Čavlović, K., Ćaleta, M., Tutman, P., Zanella, D., Duplić, A., Raguž, L., Ivić, L., Horvatić, S. & Mustafić, P. (2020). Multilocus phylogenetic analysis helps to untangle the taxonomic puzzle of chubs (genus Squalius: Cypriniformes: Actinopteri) in the Adriatic basin of Croatia and Bosnia and Herzegovina. Zoological Journal of the Linnean Society, 189(3), 953-974.doi: 10.1093/zoolinnean/zlz133
Buj, I., Miočić-Stošić, J., Marčić, Z., Mustafić, P., Zanella, D., Mrakovčić, M., Mihinjač, T., & Ćaleta, M. (2015). Population genetic structure and demographic history of Aphanius fasciatus (Cyprinodontidae: Cyprinodontiformes) from hypersaline habitats in the eastern Adriatic. Scientia Marina, 79(4), 399-408. doi:10.3989/scimar.04198.06A
Coates, D., Pongsri, C., Poeu, O., Suntornratnana, U., Tung, N. T., & Viravong, S. (2006). Southeast Asian water environment 1.. In S. Ohgaki, K. Fukushi, H. Katayama, S. Takizawa, C. Polprasert (Eds.), Biodiversity and fisheries in the Mekong River Basin (pp. 3-10). London, UK: IWA Publishing.
Collard, B. C. Y., & Mackill, D. J. (2009). Start codon targeted (SCoT) polymorphism: a simple, novel DNA marker technique for generating gene-targeted markers in plants. Plant Molecular Bbiology Reporter, 27(1), 86-93. doi.org/10.1007/s11105-008-0060-5
Elian, S. M. A. M., Hussein, B. A., Abdelghany, M. F., Farag, M, E., & Soliman, M. H. (2021). Molecular characterization of four Mullet species based on SCoT and ISSR markers. Egyptian Journal of Aquatic Biology and Fisheries, 25(1), 1-23. doi:10.21608/ejabf.2021.146162
Hassan, M. M., Sabry, A., & Ismai, M. (2020). Molecular identification and characterization of Parrotfish species from the Farasan Islands, Red Sea-Saudi Arabia. Jordan Journal of Biological Sciences, 13(4), 535-541.
Hortle, K. G. (2009). Chapter 9 - Fisheries of the Mekong River Basin. In . I. C. Campbell (Ed.), The Mekong: Biophysical Environment of an International River Basin. (pp. 197-249). Amsterdam, the Netherlands: Elsevier Publishers. doi: 10.1016/B978-0-12-374026-7.00009-7
Kang, B., & Huang, X. (2021). Mekong fishes: biogeography, migration, resources, threats, and conservation. Reviews in Fisheries Science & Aquaculture, 30(2), 170-194. doi: 10.1080/23308249.2021.1906843
Lopera-Barrero, N. M., Povh, J., Ribeiro, R. P., Gomes, P. C., Jacometo, C., & Lopes, T. da S. (2008). Comparison of DNA extraction protocols of fish fin and larvae samples: modified salt (NaCl) extraction. Ciencia e Investigación Agraria, 35(1), 65-74.
Luo, D., Wang, J., & Peng, Z. (2018). The complete mitochondrial genome of Cyclocheilichthys enoplos (Teleostei, Cyprinidae). Mitochondrial DNA Part B Resources, 3(1), 220-221. doi: 10.1080/23802359.2018.1437825
Mapanao, R., Sakulsathaporn, A., Rattanavichai, W., & Chantabut, L. (2023). A study on feeds and feeding behaviour of soldier river barb (Cyclocheilichthys enoplos) in the Mekong Basin, Nong Khai Province. Prawarun Agricultural Journal, 20(2): 58–66. (in Thai)
Mashyaka, A., & Duong, T. Y. (2021). Genetic diversity analysis revealed possible long migration of Black sharkminnow (Labeo chrysophekadion) along the Mekong River. Songklanakarin Journal of Science & Technology, 43(4), 955-960.
Mir, M. A., Mansoor, S., Sugapriya, M., Alyemeni, M. N., Wijaya, L., & Ahmad, P. (2021). Deciphering genetic diversity analysis of saffron (Crocus sativus L.) using RAPD and ISSR markers. Saudi Journal of Biological Sciences, 28(2), 1308-1317. doi: 10.1016/j.sjbs.2020.11.063
Nguyen, N. T. T., & Duong, T. Y. (2022). High genetic diversity and gene flow among cultured and wild populations of bighead catfish (Clarias macrocephalus) in the Mekong Delta of Viet Nam inferred from ISSR markers. Journal of Fisheries and Environment, 46(2), 67-76.
Peakall, R., & Smouse, P. E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in excel. Population genetic software for teaching and research-an update. Bioinformatics, 28(19), 2537-2539. doi: 10.1093/bioinformatics/bts460
Rainboth, W. J. (1996). Fish of the Cambodian Mekong. FAO species identification field guide for fishery purpose. Rome, Italy: Food and Agriculture Organization.
Ratanatrivong, W., Jantasut, M., & Kaewla-iat, S. (1993). Culture of Cyclocheilichthys enoplos (Bleeker) for brood stock. Bangkok, Thailand: Department of Fisheries, Ministry of Agriculture and Co-operatives. (In Thai)
Rohlf, F. J. (2000). NTSYSpc: numerical taxonomy and multivariate analysis system version 2.1. New York, United States: Exeter Publishing Setauket.
Seel-audom, M., Sommit, N., & Karaket, T. (2021). Stomach contents of soldier river barb Cyclocheilichthys enoplos (Bleeker, 1850) in the Sirikit Dam reservoir, Uttaradit Province. Khon Kaen Agriculture Journal, 49(Suppl. 2), 767-772. (in Thai)
Uawonggul, N., Rattanamalee, C., & Daduang, S. (2019). Diversity of fish in Mekong River, Nakhon Phanom Province. KKU Science Journal, 47(3), 402-412. (in Thai)
Yeh, F. C., Yang, R. C. & Boyle, T. (1999). POPGENE. Microsoft windows based freeware for population genetic analysis. Release 1.31. Edmonton, Canada: University of Alberta.
Zhang, J., Yan, J., Huang, S., Pan, G., Chang, L., Li, J., Zhang, C., Tang, H., Chen, A., Peng, D., Biswas, A., Zhang, C., Zhao, L., & Li, D. (2020). Genetic diversity and population structure of cannabis based on the genome-wide development of simple sequence repeat markers. Frontiers in Genetics, 11, 958. doi: 10.3389/fgene.2020.00958