ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ของเบโกโมไวรัสสาเหตุโรคใบหงิกเหลืองพริกในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทย
Article Sidebar
Main Article Content
บทคัดย่อ
งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ของไวรัสใบหงิกเหลืองพริก เพื่อเป็นข้อมูลสนับสนุนการตรวจวินิจฉัยที่แม่นยำและนำไปใช้ในการปรับปรุงพันธุ์พริกให้ต้านทานโรคใบหงิกเหลืองต่อไป โดยเก็บตัวอย่างพริกที่แสดงอาการของโรคในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ พ.ศ. 2561 รวม 5 จังหวัด ได้แก่ จังหวัดชัยภูมิ นครราชสีมา บุรีรัมย์ สุรินทร์ และศรีสะเกษ เลือกตัวอย่างจากจังหวัดบุรีรัมย์ (BRM103) มาสกัดดีเอ็นและเพิ่มปริมาณจีโนมด้วยวิธี Rolling circle amplification (RCA) นำผลผลิตดีเอ็นเอมาตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ HindIII สำหรับ DNA-A และ SphI สำหรับ DNA-B เมื่อนำไปวิเคราะห์หาลำดับนิวคลีโอไทด์และเปรียบเทียบกับฐานข้อมูล GenBank พบว่า DNA-A มีขนาด 2,742 นิวคลีโอไทด์ ประกอบด้วย 6 open reading frame (ORFs) คือ AV1, AV2, AC1, AC2, AC3 และ AC4 ส่วน DNA-B มีขนาด 2,731 นิวคลีโอไทด์ ประกอบด้วย 2 ORFs คือ BC1 และ BV1 มีความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมใกล้ชิดกับ Pepper yellow leaf curl Thailand virus (PepYLCTHV) isolate KON-KG5 segment DNA-A (accession no.KT322141) สูงสุดที่ระดับ 98.58 % และ PepYLCTHV isolate KON-KG5B segment DNA-B (accession no. KX885224) สูงสุดที่ระดับ 97.44 % ตามลำดับ ตั้งชื่อว่า Pepper yellow leaf curl Thailand virus (PepYLCTHV) isolate BRM103 และรายงานไว้ในฐานข้อมูล GenBank โดย DNA-A และ DNA-B มี accession no. MK946436 และ MK946435 ตามลำดับ และเมื่อนำ DNA-A ของเชื้อไวรัสใบหงิกเหลืองพริกในประเทศไทยจำนวน 6 ไอโซเลทมาวิเคราะห์เปรียบเทียบกันด้วยวิธีการ pairwise sequence comparison พบว่าเชื้อ 5 ใน 6 ไอโซเลทเป็น species เดียวกัน โดยมี 4 ไอโซเลทที่จัดอยู่ใน strain เดียวกัน
Article Details
References
เครือพันธุ์ กิตติปกรณ์ และวันเพ็ญ ศรีทองชัย. 2545. โรคไวรัสที่สำคัญของพืชผักและพืชน้ำมัน. โรงพิมพ์ ชุมนุมสหกรณ์การเกษตรแห่งประเทศไทย จำกัด, กรุงเทพฯ.
ธนายุทธ์ จิรัฐพงค์. 2547. การเปรียบเทียบการผลิตแอนติบอดีในไก่และกระต่ายโดยใช้ Tobacco mosaic virus เป็นแอนติเจน. ปัญหาพิเศษ ภาควิชาโรคพืช คณะเกษตร กำแพงแสน มหาวิทยาเกษตรศาสตร์, กรุงเทพฯ.
ธีร์วศิษฐ์ แพทย์สมาน, รัชนี ฮงประยูร และสิริกุล วะสี. 2560. โพลีโคลนอลแอนติบอดีต่อเชื้อไวรัสใบด่างพริก: การผลิต คุณสมบัติ และการนำไปใช้ในการตรวจวินิจฉัย. วิทยาศาสตร์เกษตร. 48: 403-414.
พิสสวรรณ เจียมสมบัติ และบุณณดา ศรีคำผึ้ง. 2558. ความผันแปรทางพันธุกรรมของเบโกโมไวรัสสาเหตุโรคใบหงิกเหลืองของมะเขือเทศและพริกและการถ่ายทอดโรคด้วยแมลงหวี่ขาว. น. 109-118. ใน: รายงานการประชุมอารักขาพืชแห่งชาติครั้งที่ 12 วันที่ 20-22 ตุลาคม 2558. เชียงราย.
สำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร. 2561. การส่งออกพริก. กรมวิชาการเกษตร, กระทรวงเกษตรและสหกรณ์. แหล่งข้อมูล: http://www.oae.go.th/view/1/ข้อมูลการผลิตสินค้าเกษตร/TH-TH. ค้นเมื่อ 1 กันยายน 2562.
รัชนี ฮงประยูร, เอกสิทธิ์ โฆสิตสกุลชัย, คนึงนิตย์ เหรียญวรากร, วรรณวิไล อินทนู, สุภาพร กลิ่นคง, อนุมัติ อิงคนันท์, และบรรจบ วันกิ่ง. 2556. รายงานฉบับสมบูรณ์ เรื่องการพัฒนาระบบการตรวจสอบและควบคุมโรคอุบัติใหม่และอุบัติซ้ำซากในพืชผักตระกูลแตง. สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ.
รัชนี ฮงประยูร. 2558. เทคนิคทางซีรัมวิทยาในการตรวจวินิจฉัยโรคพืช. เพรชเกษมพริ้นติ้ง กรุ๊ป, นครปฐม.
วรลักษณ์ ฆะปัญญา. 2555. การแสดงออกของยีนโปรตีนห่อหุ้มอนุภาคเชื้อ Potato virus Y (PVY) ในเซลล์ E. coli DH5α และการผลิตโพลีโคลนอลแอนติบอดีที่มีความจำเพาะ. ปัญหาพิเศษ ภาควิชาโรคพืช คณะเกษตร กำแพงแสน มหาวิทยาเกษตรศาสตร์, กรุงเทพฯ.
สรรชัย จันทะจร และรัชนี ฮงประยูร. 2560. การผลิตโปรตีนห่อหุ้มอนุภาคลูกผสมเพื่อการผลิตโพลีโคลนอลแอนติบอดีที่จำเพาะต่อเชื้อ Tomato leaf curl New Delhi virus-[Thailand: Kanchanaburi: Cucumber: 2012]. วิทยาศาสตร์เกษตร. 48: 415-429.
Brown, J. K., F. M. Zerbini, J. Navas-Castillo, E. Moriones, R. Ramos-Sobrinho, J. C. Silva, and A. Varsani. 2015. Revision of Begomovirus taxonomy based on pairwise sequence comparisons. Arch. Virol. 160: 1593-1619.
Chiemsombat, P., B. Srikamphung, and S. Yule. 2018. Begomoviruses associated to pepper yellow leaf curl disease in Thailand. J. Agri. Res. 3: 1-11.
Delp, B. R., L. J. Stowell, and J. J. Marois. 1986. Evaluation of field sampling techniques for estimation of disease incidence. Phytopathology. 76: 1299-1305.
Doyle, J. J., and J. L. Doyle. 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin. 19: 11-15.
García-Andrés, S., G. P. Accotto, J. Navas-Castillo, and E. Moriones. 2007. Founder effect, plant host, and recombination shape the emergent population of begomoviruses that cause the tomato yellow leaf curl disease in the Mediterranean basin. Virology. 359: 302-312.
Hanley-Bowdoin, L., S. B. Settlage, B. M. Orozco, S. Nagar, and D. Robertson. 1999. Geminiviruses: models for plant DNA replication, transcription, and cell cycle regulation. Crit. Rev. Plant Sci. 18: 71–106.
Kenyon, L., W. S. Tsai, S. L. Shih, and L. M. Lee. 2014. Emergence and diversity of begomoviruses infecting solanaceous crops in East and Southeast Asia. Virus Res. 186: 104-113.
Kumar, S., M. Singh, A. K. Singh, and M. Rai. 2006. Identification of host plant resistant to pepper leaf curl virus in chilli (Capsicum species). Sci. Hort. 110: 359-361.
Marte, M., and C. Wetter. 1986. Occurrence of pepper mild mottle virus in pepper cultivars from Italy and Spain. J. Plant Dis. Prot. 93: 37-43.
Muhire, B. M., A. Varsani, and D. P. Martin. 2014. SDT: a virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PloS. One. 9: e108277.
Saitou, N., and M. Nei. 1987. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 4: 406-425.
Sambrook, J., E.F. Fritsch, and T. Maniatis. 1989. Molecular Cloning: a Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory. Cold Spring Harbor, New York.
Samretwanich, K., P. Chiemsombat, K. Kittipakorn, and M. Ikegami. 2000. A new geminivirus associated with a yellow leaf curl disease of pepper in Thailand. Plant Dis. 84: 1047.
Sanger, F., and A. R. Coulson. 1975. A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase. J. Mol. Biol. 94: 441-448.
Wyatt, S. D., and J. K. Brown. 1996. Detection of subgroup III geminivirus isolates in leaf extracts by degenerate primers and polymerase chain reaction. Phytopathology. 86: 1288-1293.