Allele-Specific PCR Development for CYP2C9 Genotyping การพัฒนาเครื่องหมาย allele-specific PCR เพื่อระบุจีโนไทป์ของยีน CYP2C9

  • Nurfa Karawan สาขาวิชาชีววิทยา คณะศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัยทักษิณ
  • Arunrut Vanichanon สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์พื้นฐาน คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยทักษิณ
  • Areerat Hnoonual ภาควิชาพยาธิวิทยา คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
Keywords: warfarin, CYP2C9 gene, AS-PCR

Abstract

CYP2C9 is an enzyme that has effects on pharmacokinetics of warfarin, an anticoagulant drug. This drug is a narrow therapeutic index drug because genetic polymorphisms of CYP2C9 have high effect on warfarin response. Genetic diversity of CYP2C9 with effects on therapeutic drug of warfarin were CYP2C9*2 (rs1799853) and CYP2C9*3 (rs1057910). There are several methods available for genotyping such as PCR-RFLP and real-time PCR. However, both methods are expensive, manifold steps and time consuming. Hence, the researchers aimed to develop an allele-specific polymerase chain reaction (AS-PCR) method for CYP2C9 genotyping. The expected PCR products of CYP2C9*2 were 154 bp (wild type allele), 230 bp (mutant allele) and 346 bp (control) whereas the expected PCR products of CYP2C9*3 were 128 bp (wild type allele), 200 bp (mutant allele) and 289 bp (control). The PCR reaction was optimized by adjusting annealing temperatures and MgCl2 concentration. The results revealed that annealing temperature at 65C and MgCl2 1.25 mM were the suitable PCR condition for both CYP2C9*2 and CYP2C9*3 genotyping. Sanger DNA sequencing method were used for result validation. In conclusion, AS-PCR developed in this study is a fast, simple and cost-effective technique to identify CYP2C9 genotype for warfarin dosage adjustment which is appropriate for the treatment.

Downloads

Download data is not yet available.

References

ชลภัทร สุขเกษม. (2554). การประยุกต์ใช้ตัวบ่งชี้ทางเภสัชพันธุศาสตร์เพื่อการปรับขนาดยาในเวชปฏิบัติ. จุฬาลงกรณ์เวชสาร, 55(1), 39-53.

นิตย์สุภา วัฒนชัย และสุทธิดา แก้วมุงคุณ. (2560). เภสัชวิทยาและปัจจัยที่มีผลต่อการตอบสนองของยาวาร์ฟาริน. ศรีนครินทร์เวชสาร, 32(2), 189-199.

สมาคมแพทย์โรคหัวใจแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์. (2553). แนวทางการรักษาผู้ป่วยด้วยยาต้านการแข็งตัวของเลือดชนิดรับประทาน. สืบค้นเมื่อ 1 มกราคม 2563. จาก: http://www.thaiheart.org/images/column_1292154183/warfarin_Guideline%281%29.pdf.

สุทธิดา แก้วมุงคุณ นิตย์สุภา วัฒนชัย และวิจิตรา ทัศนียกุล. (2559). ปัจจัยทางคลินิกและปัจจัยทางสิ่งแวดล้อมที่มีผลต่อการรักษาด้วยยาวาร์ฟารินในขนาดคงที่. ใน การประชุมวิชาการเสนอผลงานวิจัยบัณฑิตศึกษา ระดับชาติและนานาชาติ. ขอนแก่น.

Goldhaber, S.Z., Weitz, J.I. and Piazza, G. (2013). Pulmonary embolism. in creager, M.A., Beckman, J.A., Loscalzo J. (Eds.), Vascular Medicine: A Companion to Braunwald’s Heart Disease, pp. 627-638. Boston: Saunders Elsevier.

Maneechay, W., Chittithavorn, V., Lertlam, L., Sirisathienrooch, T., Duangpakdee, P. and Sangkhathat, S. (2017). Genotype distributions of CYP2C9 and VKORC1 in southern Thais and their association with warfarin maintenance dose in patients with cardiac surgery. Asian Biomedicine, 11(1), 81-87.

Wangkumhang, P., Chaichoompu, K., Ngamphiw, C., Ruangrit, U., Chanprasert, J., Assawamakin, A. and Tongsima, S. (2007). WASP: a web-based allele-specific PCR assay designing tool for detecting SNPs and mutations. BMC Genomics, 8(275), doi:10.1186/1471-2164/8/275.

Wattanachai, N., Kaewmoongkun, S., Pussadhamma, B. Makarawate, P., Wongvipaporn, C., Kiatchoosakun, S., Vannaprasaht, S. and Tassaneeyakul, W. (2017). The impact of non-genetic and genetic factors on a stable warfarin dose in Thai patients. The European Journal of Clinical Pharmacology, 73, 973-980

Park, Y.H. and Kohel, R.J. (1994). Effect of concentration of MgCl2 on random-amplified DNA polymorphism. Biotechniques, 16(4), 652-656.

Tyagi, A.K., Khoshbeen, M.B., Curtis, P.H., Uppugunduri, C.R.S. and Ansar, M. (2018). Development and validation of an allele-specific PCR assay for genotyping a promoter and exonic single nucleotide polymorphisms of MGMT gene. Journal of Biological Methods, 5(2), doi: 10.14440/jbm.2018.224.

Published
2020-06-28
Section
บทความวิจัย (Research Articles)