การพัฒนาปฏิกิริยาลูกโซ่โพลิเมอเรสแบบสี่ไพรเมอร์สำหรับการตรวจสนิปส์ (SNP) ของยีน Thyroglobulin (TG5) ในโคลูกผสมวากิว

บทคัดย่อ

งานวิจัยนี้พัฒนาเทคนิคปฏิกิริยาลูกโซ่โพลิเมอเรสแบบสี่ไพรเมอร์ Amplification Refractory Mutation System–PCR (ARMS-PCR) เพื่อใช้ในการตรวจหาสนิปส์ (Single nucleotide polymorphism, SNPs) ของยีนไทโรโกลบูลิน (TG5) ที่ตำแหน่งนิวคลีโอไทป์ C422T ซึ่งเป็นยีนที่มีอิทธิพลต่อลักษณะไขมันแทรกในโควากิว ปัจจุบันการตรวจหา SNPs ของยีนจะต้องใช้วิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลิเมอเรสร่วมกับการตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ (PCR-RFLP) หรือวิธีวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ (DNA sequencing) ซึ่งเป็นวิธีที่มีความจำเพาะสูง            มีขั้นตอนที่ซับซ้อนยุ่งยาก ค่าใช้จ่ายสูงและใช้ระยะเวลานานเมื่อเปรียบเทียบกับวิธี ARMS-PCR คณะผู้วิจัยจึงได้นำเทคนิค ARMS–PCR มาใช้ในการตรวจ SNPs ของยีน TG5 โดยนำตัวอย่างจีโนมิกส์ดีเอ็นเอที่สกัดจากขนหางของโคลูกผสมวากิวมาเป็นดีเอ็นเอต้นแบบ จากผลการทดลองพบว่า ไพรเมอร์ที่ออกแบบมาใช้ในเทคนิค ARMS-PCR สามารถระบุสนิปส์ที่ตำแหน่งนิวคลีโอไทป์ C422T ได้ โดยนำผลผลิต PCR มาแยกตามขนาดด้วยวิธี อิเล็กโทรโฟริซิส สามารถระบุได้ว่าตัวอย่างดีเอ็นเอจาก  โควากิวที่ปรากฏแถบดีเอ็นเอสองแถบขนาด 400 bp และ 199 bp มีจีโนไทป์เป็นโฮโมไซกัส T/T และตัวอย่างดีเอ็นเอที่ปรากฏแถบดีเอ็นเอขนาด 400 และ 275 bp มีจีโนไทป์เป็นโฮโมไซกัส C/C ในขณะที่ตัวอย่างดีเอ็นเอที่ปรากฏแถบดีเอ็นเอทั้งสามขนาด 400, 275 และ 199 bp มีจีโนไทป์เป็นเฮเทอไรไซกัส C/T และเมื่อเปรียบเทียบผลการวิเคราะห์สนิปส์ ด้วยเทคนิค ARMS-PCR กับ วิธีมาตรฐาน PCR–RFLP พบว่าให้ผลไม่แตกต่างกัน ซึ่งแสดงให้เห็นว่าเทคนิค ARMS-PCR ที่พัฒนาขึ้นสามารถตรวจสนิปส์ของยีน TG5 ได้อย่างถูกต้อง แม่นยำไม่แตกต่างจากวิธีมาตรฐาน ทั้งนี้ ARMS-PCR เป็นเทคนิคที่ทำได้ง่าย รวดเร็ว มีค่าใช้จ่ายต่ำกว่าการทำ PCR-RFLP และ DNA sequencing ซึ่งเทคนิค ARMS-PCR สามารถนำไปประยุกต์ใช้กับการวิเคราะห์สนิปส์ของยีนอื่น ๆ  ที่เกี่ยวข้องกับคุณภาพเนื้อโคเพื่อเป็นประโยชน์แก่เกษตรกรในการปรับปรุงพันธุ์ของโคเนื้อต่อไป