ความผันแปรทางพันธุกรรมระหว่างไอโซเลทของเชื้อราสกุล <I> Trichoderma </I> จากบริเวณรากของพริกและสารชีวภัณฑ์
Main Article Content
บทคัดย่อ
จากการสุ่มเก็บตัวอย่างดินบริเวณ rhizosphere ของพริกใน 5 พื้นที่ เพื่อแยกเชื้อรา Trichoderma spp. รวมทั้งจากสารชีวภัณฑ์ โดยวิธี dilution plate สามารถแยกเชื้อได้ 94 ไอโซเลท จากบริเวณรากพืช และ 6 ไอโซเลท จากสารชีวภัณฑ์ ในการจัดจำแนกเชื้อรา โดยอาศัยลักษณะทางสัณฐานวิทยา สามารถจัดจำแนกเชื้อราทั้ง 100 ไอโซเลท ออกเป็น 7 กลุ่ม species เมื่อนำมาจัดจำแนกโดยใช้เทคนิค PCR-RFLP ร่วมกับ universal primer ITS1 และ ITS4 พบว่า ผลผลิตของ PCR มีขนาด 600 คู่เบส และเมื่อนำมาย่อยด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ 3 ชนิด คือ SmaI, BamHI และ EcoRI พบว่า เอนไซม์ BamHI สามารถย่อยผลผลิตของ PCR ได้ทั้งหมดซึ่งแบ่งเชื้อราทั้งหมดออกเป็น 3 กลุ่ม ดังนี้ กลุ่มที่ 1 แถบ ดีเอ็นเอมีขนาดประมาณ 600 คู่เบสได้แก่ เชื้อรา T. harzianum, T. hamatum, T. aureoviride และ T. viride กลุ่มที่ 2 แถบ ดีเอ็นเอมีขนาด 480 และ 220 คู่เบส ได้แก่ เชื้อรา T. koningii กลุ่มที่ 3 แถบ ดีเอ็นเอที่มีขนาด 560 และ 140 คู่เบส ได้แก่ เชื้อรา T. longibrachiatum และ T. pseudokoningii โดยมีค่า similarity เท่ากับ 78% ซึ่งสอดคล้องกับการจัดจำแนกโดยอาศัยทางสัณฐานวิทยา
Article Details
References
Castle, A.J., D. Speranzini, N. Rghei, G. Alm, D. Rinker and J. Bissett. 1998. Morphological and molecular identification of Trichoderma isolates on North American mushroom farms. Applied and Environmental Microbiology 64: 133-137.
Larkin, R.P. and D.R. Fravel. 1998. Efficacy of various fungal and bacteria biocontrol organisms for control of Fusarium wilt of tomato. Plant Disease 82: 1022-1028.
Rifai, M. A. 1969. A revision of the genus Trichoderma. Mycological Papers No.116, Commonwealth Mycological Institute, Kew. 56 pp.
Rohlf, F.J. 2000. NTSYS-PC: Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System Version 2.1. Exeter Software, Setauket, New York. 206 pp.
Samuels, G.J., O. Petrini and S. Manguin. 1994. Morphological and macromolecular characterization of Hypocrea schweinitzii and its Trichoderma anamorph. Mycologia 86: 421-435.
Stasz, T.E., K. Nixon, G.E. Harman, N.F. Weeden and G.A. Kuter. 1989. Evaluation of phenetic species and phylogenetic relationships in the genus Trichoderma by cladistic analysis of isozyme polymorphism. Mycologia 81: 391-403.
White, T. J., T. Bruns, S. Lee, and J. Taylor. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics., pp. 315-322. In: M.A. Innis , D.H. Gelfand, J.J. Sninsky and T.J. White, (eds). PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. Academic Press, San Diego.
Yap, I.V. and R.J. Nelson. 1996. Winboot: A Program for Performing Bootstrap Analysis of Binary Data to Determine the Confidence Limits of UPGMA-based Dendograms. IRRI Discussion Paper Series No.14. International Rice Research Institute, Manila.