การพัฒนาเครื่องหมาย DNA ชนิด InDel เพื่อใช้คัดแยกอัลลีลของยีน Lin5 ที่เกี่ยวข้องกับ Sucrose invertase ในมะเขือเทศ
Article Sidebar
Main Article Content
บทคัดย่อ
ความหวานเป็นเป้าหมายสำคัญหนึ่งของการปรับปรุงพันธุ์มะเขือเทศรับประทานผลสด โดยยีน Lin5
ที่มีการแสดงออกจำเพาะในรังไข่ และผลที่กำลังพัฒนา มีหน้าที่แปลรหัสเป็น extracellular invertase ที่เปลี่ยนซูโครสเป็น
กลูโคส และ ฟรุกโทส จึงมีบทบาทเกี่ยวข้องกับปริมาณน้ำตาลในผลมะเขือเทศ การวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอของยีน Lin5 จาก
ตัวอย่างลำดับของ nucleotide จากมะเขือเทศ 11 สายพันธุ์ (4 ชนิด) ได้แก่ Solanum pimpinellifolium: ‘L3708’, ‘TOMAC547’;
S.lycopersicum:‘SD2’,’SD3’,‘O4’,‘Cherry154’,‘Cherry155’,‘Cherry267’, ‘Tony’; S. lycopersicum var. cerasiforme:
‘WVa700’ และ S. habrochaites: L06112 (C1) สามารถจดั กลมุ่ ไฟโลเจเนตกิ ส ์ ได้ 3 กลมุ่ คอื S. pimpinellifolium,
S. lycopersicum และ S. habrochaites และพบตำแหน่ง Deletion จำนวน 15 คู่เบส ที่แตกต่างชัดเจนบน exon 3 ที่สามารถ
แบ่งมะเขือเทศที่ศึกษาได้ออกเป็น 2 กลุ่ม คือกลุ่มอัลลีลของ S. lycopersicum และ กลุ่มอัลลีล S. pimpinellifolium โดยพบ
ว่ามะเขือเทศเชอร์รี่ผลเล็ก (cherry tomato) น่าจะได้อัลลีลมาจาก S. pimpinellifolium และอาจสามารถนำความแตกต่างที่พบ
มาพัฒนาเครือ่ งหมาย DNA ชนดิ InDel3477913 และนำไปใชคั้ดเลือกสายพันธ์ในงานปรับปรงุ พันธุ์เขือเทศให้มีความหวาน
สูงขึ้นได้อย่างมีประสิทธิภาพ
Article Details
วารสารเกษตรพระจอมเกล้า
References
เกษตร จตุจักร กรุงเทพฯ.
จรัส ศรีนวลศรี. 2548. เอกสารคำสอนการปรับปรุงพันธ์ุพืชสวน. ภาควชิ าพชื ศาสตร ์คณะทรัพยากรธรรมชาติมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร,์
สงขลา.
บุญส่ง เอกพงษ์. 2555. การจัดการผลิตมะเขือเทศใน หน่วยที่11 การจัดการการผลิตผักวงศ์พริกและ มะเขือ. เอกสารคำสอนชุดวิชาการ
จัดการการ ผลิตไม้ผลและผักเชิงเศรษฐกิจ. มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช สาขาวิชาเกษตรศาสตร์และสหกรณ์. สำนักพิมพ์
มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช. หน้า 11-35-1167.
สรพงศ์ เบญจศรี. 2554. เครื่องหมายโมเลกุลสำหรับการปรับปรุงพันธุ์พืช. วารสารวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น. 39:350-363.
สุรีพร เกตุงาม. 2546. เครื่องหมายดีเอ็นเอในงานปรับปรุงพันธุ์พืช. วารสารวิชาการมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี. 5:37-59.
Barril, P. and S. Nates. 2012. Introduction to agarose and polyacrylamide gel electrophoresis matrices with respect to
their detection sensitivities. pp. 1-14. In S. Magdeldin, ed. Gel Electrophoresis - Principles and Basics. InTech,
Available Source: https://www.intechopen.com/books/gel-electrophoresis-principles-and-basics/introduction-to-agarose-
and-polyacrylamide-gel-electrophoresis-matrices-with-respect-to-their-detect, 2 April 2018.
Chomdej, O., U. Pongpayaklers and J. Chunwongse. 2012. Resistance to tomato yellow leaf curl virus-Thailand isolate
(TYLCTHV-[2]) and markers loci association in BC2F1 population from a cross between Seedathip3 and a wild tomato,
Solanum habrochaites 'L06112' clone no.1. Songklanakarin Journal of Science and Technology 34(1).
Elliott, K. J., W. O. Butler, C. D. Dickinson, Y. Konno, T. S. Vedvick, L. Fitzmaurice and T. E. Mirkov. 1993. Isolation and
characterization of fruit vacuolar invertase genes from two tomato species and temporal differences in mRNA levels
during fruit ripen. Plant Mol. Biol. 21(3): 515-524.
Fridman, E., T. Pleban and D. Zamir. 2000. A recombination hotspot delimits a wild-species quantitative trait locus for
tomato sugar content to 484 bp within an invertase gene. Proc. Nat. Acad. Sci. 97(9): 4718-4723.
Fridman, E. and D. Zamir. 2003. Functional divergence of a syntenic invertase gene family in tomato, potato and
Arabidopsis. Plant Physiol. 131(2): 603-609.
Fulton, T. M., J. Chunwongse and S. D. Tanksley. 1995. Microprep protocol for extraction of DNA from tomato and other
herbaceous plants. Plant Mol. Biol. Rept.13(3): 207-209.
Godt, D. E. and T. Roitsch. 1997. Regulation and tissue-specific distribution of mRNAs for three extracellular invertase
isoenzymes of tomato suggests an important function in establishing and maintaining sink metabolism. Plant Physiol.
115(1): 273-282.
Montgomery, S. B., D. L. Goode, E. Kvikstad, C. A. Albers, Z. D. Zhang et al., 2013. The origin, evolution, and functional
impact of short insertion-deletion variants identified in 179 human genomes. Genome Res 23:749-761.
Petchaboon, K. 2012. The study of Genetic Diversity in Phytopthora infestans in Thailand and The Study of Allelic Variation
in Late Blight Resistance Gene (Ph-3) in Tomato. Dissertation, University of Kasetsart University.
Proels, R. K., B. Hause, S. Berger and T. Roitsch. 2003. Novel mode of hormone induction of tandem tomato invertase genes
in floral tissues. Plant Mol. Biol. 52(1): 191-201.
Song, X., H. Wei, W. Cheng, S. Yang, Y. Zhao, X. Li, D. Luo, H. Zhang and X. Feng. 2015. Development of INDEL marker
for genetic mapping based on whole genome resequencing in soybean. G3: Gene/Genome/Genetics 5(12): 2793-2799.
Tamura, K., G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski and S. Kumar. 2013. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis
version 6.0. Mol. Biol. Evol. 30(12): 2725-2729.
Untergasser, A., I. Cutcutache, T. Koressaar, J. Ye, B. C. Faircloth, M. Remm, S. G. Rozen. 2012. Primer3 new capabilities
and interfaces. Nucl. Acid. Res. 40(15):115-115.