The Development of InDel Marker for Selection of Lin5 Gene Associated with Sucrose Invertase in Tomato
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
Fruit sweetness is a target for fresh tomato breeding. Lin5 gene has been found specifically
express in ovaries and developing fruits. This gene encodes for extracellular invertase that cleaves sucrose
molecules into glucose and fructose, therefore Lin5 gene was found to associate with sugar content in
fruit. The analysis of Lin5 nucleotide sequence data from 4 tomato species including 11 tomato varieties
i.e., Solanum pimpinellifolium: ‘L3708’, ‘TOMAC547’, S. lycopersicum: ‘SD2’, ’SD3’, ‘O4’, ‘Cherry154’,
‘Cherry155’, ‘Cherry267’, ‘Tony’, S. lycopersicum var. cerasiforme: ‘Wva700’ and S. habrochaites: L06112
(C1) were investigated for a phylogenetic construction and represent three groups of S. pimpinellifolium,
S. lycopersicum and S. habrochaites. We found a 15 bp deletion on an exon 3 this polymorphism can
clearly distinguish between two tomato allele groups of S. lycopersicum and S. pimpinellifolium allele, also
found as in cherry tomato group that might be inherited from S. pimpinellifolium allele. The InDel3477913
marker was developed to differentiate the S. lycopersicum allele from the S.pimpinellifolium allele and
might be used effectively in selection for improving the sweetness in tomato.
Article Details
King Mongkut's Agricultural Journal
References
เกษตร จตุจักร กรุงเทพฯ.
จรัส ศรีนวลศรี. 2548. เอกสารคำสอนการปรับปรุงพันธ์ุพืชสวน. ภาควชิ าพชื ศาสตร ์คณะทรัพยากรธรรมชาติมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร,์
สงขลา.
บุญส่ง เอกพงษ์. 2555. การจัดการผลิตมะเขือเทศใน หน่วยที่11 การจัดการการผลิตผักวงศ์พริกและ มะเขือ. เอกสารคำสอนชุดวิชาการ
จัดการการ ผลิตไม้ผลและผักเชิงเศรษฐกิจ. มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช สาขาวิชาเกษตรศาสตร์และสหกรณ์. สำนักพิมพ์
มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช. หน้า 11-35-1167.
สรพงศ์ เบญจศรี. 2554. เครื่องหมายโมเลกุลสำหรับการปรับปรุงพันธุ์พืช. วารสารวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น. 39:350-363.
สุรีพร เกตุงาม. 2546. เครื่องหมายดีเอ็นเอในงานปรับปรุงพันธุ์พืช. วารสารวิชาการมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี. 5:37-59.
Barril, P. and S. Nates. 2012. Introduction to agarose and polyacrylamide gel electrophoresis matrices with respect to
their detection sensitivities. pp. 1-14. In S. Magdeldin, ed. Gel Electrophoresis - Principles and Basics. InTech,
Available Source: https://www.intechopen.com/books/gel-electrophoresis-principles-and-basics/introduction-to-agarose-
and-polyacrylamide-gel-electrophoresis-matrices-with-respect-to-their-detect, 2 April 2018.
Chomdej, O., U. Pongpayaklers and J. Chunwongse. 2012. Resistance to tomato yellow leaf curl virus-Thailand isolate
(TYLCTHV-[2]) and markers loci association in BC2F1 population from a cross between Seedathip3 and a wild tomato,
Solanum habrochaites 'L06112' clone no.1. Songklanakarin Journal of Science and Technology 34(1).
Elliott, K. J., W. O. Butler, C. D. Dickinson, Y. Konno, T. S. Vedvick, L. Fitzmaurice and T. E. Mirkov. 1993. Isolation and
characterization of fruit vacuolar invertase genes from two tomato species and temporal differences in mRNA levels
during fruit ripen. Plant Mol. Biol. 21(3): 515-524.
Fridman, E., T. Pleban and D. Zamir. 2000. A recombination hotspot delimits a wild-species quantitative trait locus for
tomato sugar content to 484 bp within an invertase gene. Proc. Nat. Acad. Sci. 97(9): 4718-4723.
Fridman, E. and D. Zamir. 2003. Functional divergence of a syntenic invertase gene family in tomato, potato and
Arabidopsis. Plant Physiol. 131(2): 603-609.
Fulton, T. M., J. Chunwongse and S. D. Tanksley. 1995. Microprep protocol for extraction of DNA from tomato and other
herbaceous plants. Plant Mol. Biol. Rept.13(3): 207-209.
Godt, D. E. and T. Roitsch. 1997. Regulation and tissue-specific distribution of mRNAs for three extracellular invertase
isoenzymes of tomato suggests an important function in establishing and maintaining sink metabolism. Plant Physiol.
115(1): 273-282.
Montgomery, S. B., D. L. Goode, E. Kvikstad, C. A. Albers, Z. D. Zhang et al., 2013. The origin, evolution, and functional
impact of short insertion-deletion variants identified in 179 human genomes. Genome Res 23:749-761.
Petchaboon, K. 2012. The study of Genetic Diversity in Phytopthora infestans in Thailand and The Study of Allelic Variation
in Late Blight Resistance Gene (Ph-3) in Tomato. Dissertation, University of Kasetsart University.
Proels, R. K., B. Hause, S. Berger and T. Roitsch. 2003. Novel mode of hormone induction of tandem tomato invertase genes
in floral tissues. Plant Mol. Biol. 52(1): 191-201.
Song, X., H. Wei, W. Cheng, S. Yang, Y. Zhao, X. Li, D. Luo, H. Zhang and X. Feng. 2015. Development of INDEL marker
for genetic mapping based on whole genome resequencing in soybean. G3: Gene/Genome/Genetics 5(12): 2793-2799.
Tamura, K., G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski and S. Kumar. 2013. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis
version 6.0. Mol. Biol. Evol. 30(12): 2725-2729.
Untergasser, A., I. Cutcutache, T. Koressaar, J. Ye, B. C. Faircloth, M. Remm, S. G. Rozen. 2012. Primer3 new capabilities
and interfaces. Nucl. Acid. Res. 40(15):115-115.
