Molecular Characterization of Squash Leaf Curl China Virus Infecting Pumpkin in Kanchanaburi Province
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
Molecular characterization of Squash leaf curl China virus (SLCCNV) was carried out on tissues taken from 19 pumpkin samples that showed begomovirus-like symptoms. The samples were collected from Wang Dong subdistrict, Muang district, Kanchanaburi province in 2016. They underwent preliminary screening with six antibodies specific to cucurbit-infecting viruses, and negative results were obtained from 14 samples. However,
all of them were positive for the specific primers to the coat protein genes belonging to Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) and SLCCNV. Sample KN44 was selected for genome amplification by rolling circle amplification. A single-cut digestion with BamHI for DNA-A and HindIII for DNA-B was performed and the DNA was cloned into pQE80-L plasmid vector. The recombinant plasmid was transformed into Escherichia coli DH5a for nucleotide sequencing. The results revealed that the DNA-A component was closely related to SLCCNV isolate Thailand segment A at 97.95 % identity. There were 5 open reading frames (ORFs) comprising AV1, AV2, AC1, AC2 and AC3. The DNA-B component was closely related to SLCCNV isolate Hainan segment B at 91.05% identity and contained 2 ORFs comprising BV1 and BC1. This study is special for a number of reasons, one of which is that this is the first time that genetic information concerned with the SLCCNV DNA-A and DNA-B genomes has been researched and made available in Thailand. This work will surely be of further benefit to researchers and plant breeders in the fields of disease resistance and disease surveillance.
Article Details
King Mongkut's Agricultural Journal
References
รุ่งทิพย์ จั่นเพ็ชร, วิชัย โฆสิตรัตน, Scott Adkins และสุจินต์ ภัทรภูวดล. 2559. การพัฒนาเทคนิค Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) เพื่อการตรวจสอบเชื้อ Squash leaf curl virus ของพืชวงศ์แตงในประเทศไทย. วารสารวิทยาศาสตร์เกษตร 48(2): 221-230.
สรรชัย จันทะจร และรัชนี ฮงประยูร. 2560. ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ของดีเอ็นเอ–เอ และดีเอ็นเอ–บี ของเชื้อ Tomato leaf curl New Delhi virus–[Thailand:Kanchanaburi:Cucumber:2012] (ToLCNDV–[TH:KR:Cu:12]) สาเหตุอาการใบหงิกของแตงกวา
ในจังหวัดกาญจนบุรี. วารสารวิทยาศาสตร์เกษตร 48(2): 231-244.
สำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร. 2561. ปริมาณและมูลค่าการส่งออกเมล็ดพันธุ์. กรมวิชาการเกษตร, กระทรวงเกษตรและสหกรณ์. http://www.oae.go.th/view/1/ปัจจัยการผลิต/TH-TH (20 พฤษภาคม 2562).
สุภาวิณี ปานสอาด, รัชนี ฮงประยูร, อรประไพ คชนันทน์, นุชนาถ วารินทร์, อัญจนา บุญชด และชาญณรงค์ ศรีภิบาล. 2552.
การตรวจสอบทางอิมมูโนวิทยาโดยใช้โพลีโคลนอลแอนติบอดีต่อโปรตีนห่อหุ้มกรดนิวคลีอิกแบบลูกผสมของทอสโพไวรัส.
วารสารวิทยาศาสตร์เกษตร 40(2): 157-166.
โสพิศ สว่างจิตร. 2554. ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อเจมินีไวรัสที่เข้าทำลายพืชตระกูลแตงในพื้นที่ภาคกลางประเทศไทย.
กรุงเทพฯ: มหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทา.
Brown, J. K., Zerbini, F. M., Navas-Castillo, J., Moriones, E., Ramos-Sobrinho, R., Silva, J. C., and Varsani, A. 2015.
Revision of Begomovirus taxonomy based on pairwise sequence comparisons. Archives of Virology 160(6): 1593-1619.
Idris, A. M., Mills-Lujan, K., Martin, K., and Brown, J. K. 2007. Melon chlorotic leaf curl virus: Characterization and differential reassortment with closest relatives reveal adaptive virulence in the Squash leaf curl virus clade and host shifting
by the host-restricted Bean calico mosaic virus. Virology 82(4): 1959-1967.
Ito, T., Sharma, P., Kittipakorn, K., and Ikegami, M. 2008a. Complete nucleotide sequence of a new isolate of Tomato leaf curl
New Delhi virus infecting cucumber, bottle gourd and muskmelon in Thailand. Archives of Virology 153(3): 611.
Ito, T., Ogawa, T., Samretwanich, K., Sharma, P., and Ikegami, M. 2008b. Yellow leaf curl disease of pumpkin in Thailand is associated with Squash leaf curl China virus. Plant Pathology 57(4): 597-787.
Kon, T., Dolores, L. M., Bajet, N. B., Hase, S., Takahashi, H., and Ikegami, M. 2003. Molecular characterization of a strain of
Squash leaf curl China virus from the Philippines. Journal of Phytopathology 151(10): 535-539.
Kumar, S., Stecher, G., and Tamura, K. 2016. MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution 33(7): 1870-1874.
Laufs, J., Traut, W., Heyraud, F., Matzeit, V., Rogers, S. G., Schell, J., and Gronenborn, B. 1995. In vitro cleavage and joining at
the viral origin of replication by the replication initiator protein of Tomato yellow leaf curl virus. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 92(9): 3879-3883.
Lin, S., and Che, H. 2013. PCR detection of whitefly transmitted geminivirus of Cucumis melo var. Saccharinus in Ledong,
Hainan Province. Journal of Tropical Biology 4(2): 124-128.
Marwal, A., Kumar, A., and Gaur, R. K. 2014. Transmission and host interaction of geminivirus in weeds. Plant virus-Host interaction 1(7): 43-161.
Melgarejo, A. T., Kon, T., Rojas, M. R., Paz-Carrasco, L., Murilo Zerbini, F., and Gilbertson, R. L. 2013. Characterization of
a new world monopartite begomovirus causing leaf curl disease of tomato in Ecuador and Peru reveals a new direction
in geminivirus evolution. Virology 87(10): 5397-5413.
Nawaz-ul-Rehman, M. S., and Fauquet, C. M. 2009. Evolution of geminiviruses and their satellites. FEBS Letters 583(12): 1825-1832.
Padidam, M., Sawyer, S., and Fauquet, C. M. 1999. Possible emergence of new geminiviruses by frequent recombination.
Virology 265(2): 218-225.
Robinson, R. W., and Decker-Walters, D. S. 1997. Cucurbits. Illustrated. New York: CAB International.
Saitou, N., and Nei, M. 1987. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.
Molecular Biology Evolution 4(4): 406-425.
Sambrook, J., and Russel, D. W. 1989. Molecular Cloning a Laboratory Manual. 3rd. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Sawangjit, S. 2009. The complete nucleotide sequence of Squash leaf curl China virus [Wax gourd] and its phylogenetic relationship to other geminiviruses. Science Asia 35(2): 131-136.
Tsai, W. S., Hu, C. J., Shung, D. P., Lee, L. M., Wang, J. T., and Kenyon, L. 2011. First Report of Squash leaf curl Philippines virus Infecting Chayote (Sechium edule) in Taiwan. Plant Disease 95(9): 1197.
Vincent, N. 2013. Geminivirus protein structure and function. Molecular Plant Pathology 14(6): 635-649.
