การศึกษาลักษณะทางชีวโมเลกุลของ Squash leaf curl China virus ที่เข้าทำลายฟักทอง ในจังหวัดกาญจนบุรี
Article Sidebar
Main Article Content
บทคัดย่อ
การศึกษาลักษณะทางชีวโมเลกุลของ Squash leaf curl China virus (SLCCNV) จากตัวอย่างฟักทองในตำบลวังด้ง อำเภอเมือง จังหวัดกาญจนบุรี ปี พ.ศ. 2559 โดยเก็บตัวอย่างฟักทองที่แสดงอาการโรคที่เกิดจากเชื้อเบโกโมไวรัส จำนวน 19 ตัวอย่าง นำมาตรวจสอบด้วยแอนติบอดีที่จำเพาะต่อเชื้อไวรัสซึ่งมีรายงานว่าเข้าทำลายพืชวงศ์แตง จำนวน 6 ชนิด พบว่าฟักทอง จำนวน 14 ตัวอย่าง ไม่ทำปฏิกิริยากับแอนติบอดีทั้งหมด แต่ให้ผลบวกเมื่อนำไปตรวจสอบด้วยเทคนิคพีซีอาร์โดยใช้
คู่ไพรเมอร์ที่จำเพาะกับโปรตีนห่อหุ้มอนุภาคของเชื้อ Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) และ SLCCNV ซึ่งจะให้แถบดีเอ็นเอขนาดประมาณ 2,700 คู่เบส เลือกตัวอย่าง KN44 ไปเพิ่มจำนวนจีโนมของเชื้อไวรัสด้วยวิธี rolling circle amplification และตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ BamHI เพื่อให้ได้ชิ้นยีน DNA-A และ HindIII เพื่อให้ได้ชิ้นยีน DNA-B นำดีเอ็นเอที่ตัดได้มาโคลนเข้าสู่พลาสมิดพาหะ pQE80-L และถ่ายฝากในแบคทีเรีย Escherichia coli สายพันธุ์ DH5a เพื่อส่งไปวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ ผลการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของตัวอย่าง KN44 DNA-A พบว่ามีค่าความคล้ายคลึงกับ SLCCNV isolate Thailand segment A ที่ 97.95% ประกอบด้วย 5 open reading frame (ORFs) ได้แก่ AV1, AV2, AC1, AC2 และ AC3 ในส่วนของ DNA-B มีค่าความคล้ายคลึงกับ SLCCNV isolate Hainan segment B ที่ 91.05% ประกอบด้วย 2 ORFs คือ BV1 และ BC1 ข้อมูลลักษณะทางพันธุกรรมจากงานวิจัยนี้เป็นรายงานครั้งแรกที่พบทั้ง DNA-A และ DNA-B ของเชื้อ SLCCNV ซึ่งจะเป็นประโยชน์ต่อนักปรับปรุงพันธุ์สำหรับการวิเคราะห์ความหลากหลายของเชื้อในกลุ่ม SLCCNV ในประเทศไทยในการพัฒนาพันธุ์ต้านทานโรคและวิธีการตรวจสอบเพื่อเฝ้าระวังโรคต่อไป
Article Details
วารสารเกษตรพระจอมเกล้า
References
รุ่งทิพย์ จั่นเพ็ชร, วิชัย โฆสิตรัตน, Scott Adkins และสุจินต์ ภัทรภูวดล. 2559. การพัฒนาเทคนิค Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) เพื่อการตรวจสอบเชื้อ Squash leaf curl virus ของพืชวงศ์แตงในประเทศไทย. วารสารวิทยาศาสตร์เกษตร 48(2): 221-230.
สรรชัย จันทะจร และรัชนี ฮงประยูร. 2560. ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ของดีเอ็นเอ–เอ และดีเอ็นเอ–บี ของเชื้อ Tomato leaf curl New Delhi virus–[Thailand:Kanchanaburi:Cucumber:2012] (ToLCNDV–[TH:KR:Cu:12]) สาเหตุอาการใบหงิกของแตงกวา
ในจังหวัดกาญจนบุรี. วารสารวิทยาศาสตร์เกษตร 48(2): 231-244.
สำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร. 2561. ปริมาณและมูลค่าการส่งออกเมล็ดพันธุ์. กรมวิชาการเกษตร, กระทรวงเกษตรและสหกรณ์. http://www.oae.go.th/view/1/ปัจจัยการผลิต/TH-TH (20 พฤษภาคม 2562).
สุภาวิณี ปานสอาด, รัชนี ฮงประยูร, อรประไพ คชนันทน์, นุชนาถ วารินทร์, อัญจนา บุญชด และชาญณรงค์ ศรีภิบาล. 2552.
การตรวจสอบทางอิมมูโนวิทยาโดยใช้โพลีโคลนอลแอนติบอดีต่อโปรตีนห่อหุ้มกรดนิวคลีอิกแบบลูกผสมของทอสโพไวรัส.
วารสารวิทยาศาสตร์เกษตร 40(2): 157-166.
โสพิศ สว่างจิตร. 2554. ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อเจมินีไวรัสที่เข้าทำลายพืชตระกูลแตงในพื้นที่ภาคกลางประเทศไทย.
กรุงเทพฯ: มหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทา.
Brown, J. K., Zerbini, F. M., Navas-Castillo, J., Moriones, E., Ramos-Sobrinho, R., Silva, J. C., and Varsani, A. 2015.
Revision of Begomovirus taxonomy based on pairwise sequence comparisons. Archives of Virology 160(6): 1593-1619.
Idris, A. M., Mills-Lujan, K., Martin, K., and Brown, J. K. 2007. Melon chlorotic leaf curl virus: Characterization and differential reassortment with closest relatives reveal adaptive virulence in the Squash leaf curl virus clade and host shifting
by the host-restricted Bean calico mosaic virus. Virology 82(4): 1959-1967.
Ito, T., Sharma, P., Kittipakorn, K., and Ikegami, M. 2008a. Complete nucleotide sequence of a new isolate of Tomato leaf curl
New Delhi virus infecting cucumber, bottle gourd and muskmelon in Thailand. Archives of Virology 153(3): 611.
Ito, T., Ogawa, T., Samretwanich, K., Sharma, P., and Ikegami, M. 2008b. Yellow leaf curl disease of pumpkin in Thailand is associated with Squash leaf curl China virus. Plant Pathology 57(4): 597-787.
Kon, T., Dolores, L. M., Bajet, N. B., Hase, S., Takahashi, H., and Ikegami, M. 2003. Molecular characterization of a strain of
Squash leaf curl China virus from the Philippines. Journal of Phytopathology 151(10): 535-539.
Kumar, S., Stecher, G., and Tamura, K. 2016. MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution 33(7): 1870-1874.
Laufs, J., Traut, W., Heyraud, F., Matzeit, V., Rogers, S. G., Schell, J., and Gronenborn, B. 1995. In vitro cleavage and joining at
the viral origin of replication by the replication initiator protein of Tomato yellow leaf curl virus. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 92(9): 3879-3883.
Lin, S., and Che, H. 2013. PCR detection of whitefly transmitted geminivirus of Cucumis melo var. Saccharinus in Ledong,
Hainan Province. Journal of Tropical Biology 4(2): 124-128.
Marwal, A., Kumar, A., and Gaur, R. K. 2014. Transmission and host interaction of geminivirus in weeds. Plant virus-Host interaction 1(7): 43-161.
Melgarejo, A. T., Kon, T., Rojas, M. R., Paz-Carrasco, L., Murilo Zerbini, F., and Gilbertson, R. L. 2013. Characterization of
a new world monopartite begomovirus causing leaf curl disease of tomato in Ecuador and Peru reveals a new direction
in geminivirus evolution. Virology 87(10): 5397-5413.
Nawaz-ul-Rehman, M. S., and Fauquet, C. M. 2009. Evolution of geminiviruses and their satellites. FEBS Letters 583(12): 1825-1832.
Padidam, M., Sawyer, S., and Fauquet, C. M. 1999. Possible emergence of new geminiviruses by frequent recombination.
Virology 265(2): 218-225.
Robinson, R. W., and Decker-Walters, D. S. 1997. Cucurbits. Illustrated. New York: CAB International.
Saitou, N., and Nei, M. 1987. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.
Molecular Biology Evolution 4(4): 406-425.
Sambrook, J., and Russel, D. W. 1989. Molecular Cloning a Laboratory Manual. 3rd. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Sawangjit, S. 2009. The complete nucleotide sequence of Squash leaf curl China virus [Wax gourd] and its phylogenetic relationship to other geminiviruses. Science Asia 35(2): 131-136.
Tsai, W. S., Hu, C. J., Shung, D. P., Lee, L. M., Wang, J. T., and Kenyon, L. 2011. First Report of Squash leaf curl Philippines virus Infecting Chayote (Sechium edule) in Taiwan. Plant Disease 95(9): 1197.
Vincent, N. 2013. Geminivirus protein structure and function. Molecular Plant Pathology 14(6): 635-649.