Evaluation of Genetic Diversity in Landrace Rice Germplasm using Morphological Traits and SSR Markers
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
Genetic diversity is a source of variability that important for plant breeding program. The aim of
this study was to evaluate the genetic diversity of 95 landrace rice varieties which planted in Sakon Nakhon
province using morphological traits and DNA marker. The morphological traits were collected and DNA
fingerprint of each variety was done by 24 SSR primers. All data were used for construction a dendrogram
by UPGMA method. The results found that morphological traits could identity the genetic variation in
landrace rice germplasm. Seed coat color traits have the highest variation than other traits. Moreover, the
similarity matrix ranged from 0.66 to 0.92. The genetic of PSRR 27 variety (Ephon 2) was highly closed with
PSRR29 variety (Wan2) which the similarity matrix was 0.92.Cluster analysis was shown that the 95
landrace rice varieties could be grouped in to seven clusters and cophenetic correlation was 0.75, which
is the reliability of rice germplasm grouping was moderate.
Article Details
King Mongkut's Agricultural Journal
References
จังหวัดพัทลุง โดยใช้ลักษณะทางสัณฐานวิทยาของเมล็ด. วารสารหาดใหญ่วิชาการ. 9: 25-31.
เปรมกมล มูลนิลตา จัตุรงค์ พิพัฒน์พิริยานนท์ ณัฏฐนิช ถาวรแก้ว และ กัญญานัย แก้วสง่า. 2557. การประเมินลักษณะเชื้อพันธุกรรม
ข้าวพืน้ เมอื งในพื้นที่ภาคเหนือตอนล่าง. สมั มนาวิชาการกลุ่มศูนย์วิจัยข้าวภาคเหนือตอนบนและภาคเหนือตอนล่าง. หน้า344-355.
เรืองวุฒิ ชุติมา กวี สุจิปุลิ สหณัฐ เพชรศรี และ ธัชคณิน จงจิตวิมล. 2559. การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของ
ข้าวพื้นเมืองในเขตภาคเหนือตอนล่างของประเทศไทยโดยใช้เทคนิคอาร์เอพีดี. วารสารวิชาการวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
มหาวิทยาลัยราชภัฎนครสวรรค์. 8:23-34.
สรพงศ์ เบญจศรี. 2554. เครื่องหมายโมเลกุลส?ำหรับการปรับปรุงพันธุ์พืช. วารสารวิทยาศาสตร์ มข. 39: 350-363.
Dellaporta S.L., J. Wood and J.B. Hicks.1983. A plant DNA minipreparation: version II. Plant Molecular Biology Reporter
1: 19-21.
IRRI. 1996. Standard Evaluation System for Rice. IRRI. Philippines.
Kumbhar, S.D., P.L. Kulwal, J.V. Patil, C.D. Sarawate, A.P. Gaikwad and A.S. Jadhav. 2015. Genetic diversity and population
structure in landraces and improved rice varieties from india. Rice Sci. 22: 99-107.
Lin, H.Y., Y.P. Wu, A.L. Hour, S.W.Ho, F.J.Wei, Y.C.Hsing and Y.R. Lin. 2012. Genetic diversity of rice germplasm used in
Taiwan breeding programs. Bot Stud. 53: 363-376.
Patil A. H., V. Premi, V. Sahu, M. Dubey, G. R. Sahu and G. Chandel. 2014. Identification of elite rice germplasm line
for grain protein content, SSR based genotyping and DNA fingerprinting. Int. J. Pl. An and Env. Sci. 4: 127-136.
Rabbani, M. A., Z. H. Pervaiz and M. S. Masood. 2008. Genetic diversity analysis of traditional and improved cultivars
of Pakistani rice (Oryza sativa L.) using RAPD markers. Electron. J. Biotechnol. 3: 1-10.
Sirithunya, P., E. Roumen, S. Mongkolsomrit, S. Sriprakhon, P. Hutamekalin and T. Sreewongchai. 2001. Instruction manual
workshop on molecular genetic analysis on diversity of blast pathogen in Thailand. Yothee laboratory Unit Bangkok,
Thailand.
