ในทางวิชาการ หรือในทางบริหารจัดการ เราจำแนกงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ออกได้เป็น 2 ประเภทใหญ่ ๆ ได้แก่ งานวิจัยพื้นฐาน และงานวิจัยประยุกต์ ในขณะที่งานวิจัยพื้นฐาน หมายถึงลักษณะงานวิจัยที่มุ่งสร้าองค์ความรู้ใหม่ หรือสร้างข้อมูลและความเข้าใจพื้นฐาน งานวิจัยประยุกต์ก็จะหมายถึงงานวิจัยเพื่อพัฒนาเทคโนโลยี โดยประยุกต์ใช้ข้อมูลและองค์ความรู้จากงานวิจัยพื้นฐานที่มีรายงานไว้แล้ว

จากการที่ได้มีโอกาสอ่านเอกสารรายงานผลการวิจัยทั้งเพื่อเป็นพื้นฐานสำหรับงานวิจัยของตนเองจากรายงานที่นักศึกษาได้ไปสืบค้นมาเพื่อการเรียนการสอนจาก การที่ต้อง Review ผลงานวิจัยจากแหล่งต่าง ๆ มีความรู้สึกว่าในปัจจุบันเรายังขาดแคลนงานวิจัยพื้นฐานอีกมาก ซึ่งนับว่าเป็นอันตรายอย่างมากสำหรับการพัฒนาวิชาการของประเทศในระยะยาว

การดำเนินงานวิจัยเชิงประยุกต์ โดยใช้ข้อมูลพื้นฐานและองค์ความรู้จากตำรา และผลงานวิจัยในต่างประเทศเพียงอย่างเดียวจะไม่ทำให้เราก้าวไกลจนเป็นเลิศทางวิชาการได้ เหมือนกับการที่ประเทศของเราลงทุนด้านอุตสาหกรรมต่าง ๆ โดยซื้อโรงงานและชุดเทคโนโลยีเข้ามาดำเนินการ อาจจะทำให้เรามีผลิตภัณฑ์ออกมาจริง แต่เราจะไม่เคยพึ่งตนเองในเชิงวิชาการใด ๆ ได้เลยเราจะขายได้เพียงผลิตภัณฑ์ แต่ไม่มีโอกาสใดเลยที่จะเป็นผู้ขายเทคโนโลยี ซึ่งมีราคาแพงกว่าผลิตภัณฑ์หลายเท่าและงานก็สบายกว่าด้วย

ข้อด้อยของการทำวิจัยเชิงประยุกต์มากกว่างานวิจัยพื้นฐาน จะมองเห็นได้ค่อนข้างง่าย จากข้อสังเกตต่อไปนี้ เทคโนโลยีที่เราพัฒนาได้ไม่มีความแม่นยำและแน่นอน เราสามารถใช้สารเคมีเกษตรบางชนิดเร่งการออกดอก หรือบังคับการออกดอกนอกฤดูของมะม่วงได้ แต่ก็ไม่เคยได้ผลร้อยเปอร์เซ็นต์หรือบางปีก็ใช้ได้ผล บางปีก็ไม่ได้ผลเลยต้นมะม่วงออกดอกเพียงครึ่งเดียว เราพบว่าอาหารสัตว์สูตรหนึ่งทำให้สัตว์สามารถเปลี่ยนอาหารเป็นเนื้อได้ในอัตราที่สูงมาก แต่เมื่อนำไปใช้ในอีกจังหวัดหนึ่ง หรืออีกฤดูหนึ่งกลับพบว่าต่ำกว่าที่เคยรายงานไว้มาก อย่างนี้เป็นต้น ความแตกต่างของผลการทดลองเหล่านี้เรามักจะวิจารณ์กันได้เพียงแต่ "อาจเป็นเพราะว่าพืชคนละพันธุ์กัน" หรือ "สภาพสิ่งแวดล้อมของการทดลองแตกต่างกัน" สาเหตุที่แท้จริงที่จะมาอธิบายปรากฏการณ์เหล่านี้ ต้องอาศัยองค์ความรู้พื้นฐานมาเป็นตัวอธิบายจึงจะทำให้เกิดความเข้าใจ และเกิดปัญญาในการพัฒนางานวิจัยที่ต่อเนื่องไปได้

ด้วยเหตุนี้ งานวิจัยพื้นฐาน จึงเป็นประเภทของงานที่เราควรให้ความสนใจสนับสนุน และกระตุ้นให้มีมากขึ้นอีกมาก คงไม่ใช่หมายเฉพาะในสถาบันอุดมศึกษาเท่านั้น แต่รวมไปถึงสถาบันวิจัยต่าง ๆ ที่ปัจจุบันก็ได้มีการพัฒนาศักยภาพด้านบุคลากรและเครื่องมือจนก้าวหน้าพอที่จะดำเนินการได้แล้ว